Quality assessment of denovo sequence assembly tools
Denovo sekans montaj araçlarının kalite değerlendirmesi
- Tez No: 325726
- Danışmanlar: DOÇ. DR. JENS ALLMER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 64
Özet
Yeni nesil sekanslama teknolojileri inanılmaz bir hızla gelişti; yeni çalışma alanları için gerekli zemini hazırlayarak özellikle genomik biliminde çığır açtı ve önceleri fazlasıyla zor olarak görülen birçok gelişmenin gerçekleştirilmesine olanak tanıdı. Bu teknolojinin sunduğu muazzam veri sürekli daha da hassas ve hatasız olsa da, biyolojik diziyi halen çok küçük boyutlu parçalar halinde vermekte ve bu durum daha büyük dizilerin oluşturulması için küçük dizilerin sıralanıp birleştirilmesinden oluşan bir başka uygulamanın gerçekleştirilmesini gerekli kılmaktadır. Bu uygulama dizi montajlama araçları tarafından yerine getirilmektedir ve referans genomun eksikliği durumunda de novo sekans montajlama işlemi haline gelir. Milyonlarca küçük boyutlu diziden biyolojik kriterlere uygun şekilde daha büyük dizilerin oluşturulmasının önünde birçok zorluk yatmaktadır ve bu zorlukların aşılabilmesi için birçok bilimsel çalışma yapılmaktadır. Bilgisayar biliminin kazanımlarını, bilgisayar donanım teknolojilerinin eriştiği son noktayı kullanabilecek ve yeni duyurulmuş sekanslama teknolojileri ile uyumlu çalışacak araçlar tasarlanmaktadır. Bu araçların vadettiklerinin doğrulanması gereklidir. Bu bağlamda 5 adet yoğun kullanılan sekans montaj aracını incelemeye aldık; 2 bağımsız genomik veri ile dizi montajlaması yaptırdık. Dizi montaj kalitesinin dile getirilmesinde kullanılan genel istatiksel metriklerin yanı sıra daha önce bahsedilmemiş istatiksel yönden de inceledik. Bunun yanı sıra çalışmamızda kullandığım organizmanın genomunda var olduğu deneysel olarak ortaya konmuş verilerin elde ettiğimiz dizi montajlarında varlığı doğrulamak üzere çalışmalar gerçekleştirdik
Özet (Çeviri)
High-throughput next generation sequencing technologies progressed very rapidly; revolutionized genomics by providing a robust working field for new studies to be performed and promising the facilitation of the achievements that was extremely challenging before. Although the massive output of these instruments is getting more accurate, still delivers the projection of the real sequence in very short fragments; which necessitates another process of merging and ordering those fragments to reconstruct the larger sequences. This process is performed by sequence assemblers and in the absence of a reference genome; it becomes a de novo sequence assembly. Since assembling millions of fragments in biological aspects have many obvious challenges, there have been many studies specifically focused on developing tools that can adapt to newly announced sequencing technologies, take advantage of the computer science achievements and the technological advancement of computer hardware to the utmost. But these sequence assemblers also need to justify the gain they claim. We took 5 of the commonly used assemblers and assembled two genomic datasets, mined the never mentioned statistics before and commonly used statistics that thought to be the representative of the quality of the assembly. On top of that we also used experimentally validated data that is known to be a part of the organisms? genome and trailed those in assemblies
Benzer Tezler
- Cuff prolapsusu nedeniyle kolpokleizis ve sakrospinöz ligament fiksasyonu yapılan hastaların postoperatif dönemde üriner sistem bulgularının ve hayat kalitesinin karşılaştırılması
Başlık çevirisi yok
EKİN ERSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Kadın Hastalıkları ve DoğumSağlık Bilimleri ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BATUHAN TURGAY
- Skolyoz cerrahisinde üç boyutlu yazıcı teknolojisi ile oluşturulan birebir boyuttaki hasta modelinin deformite anlama, sınıflama ve ameliyat planlamasına etkisi
The effect of the one size patient model created with three-dimensional printing technology in scoliosis surgery on deformity understanding, classification and surgery planning
VOLGA ÖZTÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Ortopedi ve TravmatolojiEge ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ANIL MURAT ÖZTÜRK
- Ruh sağlığı ve hastalıkları hastanelerindeki psikofarmakolojik tedavilerin kalite değerlendirmesi
Quality assessment of psychopharmacological treatments in mental health hospitals
HÜLYA ENSARİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2000
PsikiyatriSağlık BakanlığıRuh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET EMİN CEYLAN
DOÇ. DR. AYTÜL HARİRİ
- Quality assessment of image inner geometry for linear array and pushframe sensors
Çizgi ve çerçeve tarayıcı uydu algılayıcılarının görüntü iç geometrisinin kalite değerlendirmesi
LEVENT DOĞUKAN ÖZLÜ
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Havacılık ve Uzay MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SULTAN KOCAMAN GÖKÇEOĞLU
- Emlak fotoğraflarının kalite değerlendirilmesi: Derin öğrenme tabanlı bir yaklaşım
Quality assessment of real estate photographs: A deep learning-based approach
AKIN YAŞAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSakarya ÜniversitesiBilgisayar ve Bilişim Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. YÜKSEL YURTAY