Quality assessment of denovo sequence assembly tools
Denovo sekans montaj araçlarının kalite değerlendirmesi
- Tez No: 325726
- Danışmanlar: DOÇ. DR. JENS ALLMER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 64
Özet
Yeni nesil sekanslama teknolojileri inanılmaz bir hızla gelişti; yeni çalışma alanları için gerekli zemini hazırlayarak özellikle genomik biliminde çığır açtı ve önceleri fazlasıyla zor olarak görülen birçok gelişmenin gerçekleştirilmesine olanak tanıdı. Bu teknolojinin sunduğu muazzam veri sürekli daha da hassas ve hatasız olsa da, biyolojik diziyi halen çok küçük boyutlu parçalar halinde vermekte ve bu durum daha büyük dizilerin oluşturulması için küçük dizilerin sıralanıp birleştirilmesinden oluşan bir başka uygulamanın gerçekleştirilmesini gerekli kılmaktadır. Bu uygulama dizi montajlama araçları tarafından yerine getirilmektedir ve referans genomun eksikliği durumunda de novo sekans montajlama işlemi haline gelir. Milyonlarca küçük boyutlu diziden biyolojik kriterlere uygun şekilde daha büyük dizilerin oluşturulmasının önünde birçok zorluk yatmaktadır ve bu zorlukların aşılabilmesi için birçok bilimsel çalışma yapılmaktadır. Bilgisayar biliminin kazanımlarını, bilgisayar donanım teknolojilerinin eriştiği son noktayı kullanabilecek ve yeni duyurulmuş sekanslama teknolojileri ile uyumlu çalışacak araçlar tasarlanmaktadır. Bu araçların vadettiklerinin doğrulanması gereklidir. Bu bağlamda 5 adet yoğun kullanılan sekans montaj aracını incelemeye aldık; 2 bağımsız genomik veri ile dizi montajlaması yaptırdık. Dizi montaj kalitesinin dile getirilmesinde kullanılan genel istatiksel metriklerin yanı sıra daha önce bahsedilmemiş istatiksel yönden de inceledik. Bunun yanı sıra çalışmamızda kullandığım organizmanın genomunda var olduğu deneysel olarak ortaya konmuş verilerin elde ettiğimiz dizi montajlarında varlığı doğrulamak üzere çalışmalar gerçekleştirdik
Özet (Çeviri)
High-throughput next generation sequencing technologies progressed very rapidly; revolutionized genomics by providing a robust working field for new studies to be performed and promising the facilitation of the achievements that was extremely challenging before. Although the massive output of these instruments is getting more accurate, still delivers the projection of the real sequence in very short fragments; which necessitates another process of merging and ordering those fragments to reconstruct the larger sequences. This process is performed by sequence assemblers and in the absence of a reference genome; it becomes a de novo sequence assembly. Since assembling millions of fragments in biological aspects have many obvious challenges, there have been many studies specifically focused on developing tools that can adapt to newly announced sequencing technologies, take advantage of the computer science achievements and the technological advancement of computer hardware to the utmost. But these sequence assemblers also need to justify the gain they claim. We took 5 of the commonly used assemblers and assembled two genomic datasets, mined the never mentioned statistics before and commonly used statistics that thought to be the representative of the quality of the assembly. On top of that we also used experimentally validated data that is known to be a part of the organisms? genome and trailed those in assemblies
Benzer Tezler
- Cuff prolapsusu nedeniyle kolpokleizis ve sakrospinöz ligament fiksasyonu yapılan hastaların postoperatif dönemde üriner sistem bulgularının ve hayat kalitesinin karşılaştırılması
Başlık çevirisi yok
EKİN ERSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Kadın Hastalıkları ve DoğumSağlık Bilimleri ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BATUHAN TURGAY
- Skolyoz cerrahisinde üç boyutlu yazıcı teknolojisi ile oluşturulan birebir boyuttaki hasta modelinin deformite anlama, sınıflama ve ameliyat planlamasına etkisi
The effect of the one size patient model created with three-dimensional printing technology in scoliosis surgery on deformity understanding, classification and surgery planning
VOLGA ÖZTÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Ortopedi ve TravmatolojiEge ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ANIL MURAT ÖZTÜRK
- Quality assessment of different soil types for implement of shallow foundation
Başlık çevirisi yok
MOHAMMED ABBAS MAALA
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
İnşaat MühendisliğiAltınbaş Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUNCER ÇELİK
- Quality assessment of metagenomic algorithms and creation of a single pipeline
Metagenomik algoritmaların nitelik değerlendirmesi ve tek bir boru hattı oluşturulması
MUHAMMET ABDURRAHMAN ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyoistatistikKonya Gıda ve Tarım ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KIVANÇ BİLECEN
- Quality assessment of high-throughput DNA sequencing data via range analysis
Aralık analizi ile yüksek hacimli DNA sekans verilerinin kalite değerlendirilmesi
ALI FOTOUHI
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Assoc. Prof. Dr. MUHAMMED OĞUZHAN KÜLEKCİ