Modeling of TLR4 signal transduction pathway
TLR4 sinyal yolağının modellenmesi
- Tez No: 328148
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YAVUZ EKŞİ, DOÇ. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Allerji ve İmmünoloji, Biyofizik, Biyokimya, Allergy and Immunology, Biophysics, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 162
Özet
Yaşam ile ilgilenen bilim alanlarının başlıca uğraşısı yaşamsal birimi oluşturan parçaların düzenini ve dinamiğini anlamaktır. Bu uğraş karmaşık etkileşimler içeren çok parçacık problemini çözmeye benzer, ki bu durumda parçacıkların yerini yüksek sayıda gen, protein ve diğer moleküller alır. Biyolojik yapıyı oluşturan temelleri anlamanın etkin yolarından biri de bilgisayar ortamında bu tarzda hesaplamalı modeller oluşturmaktır. Biz bu çalısmada vücudun doğal bağışıklık sisteminde önemli rol oynayan NF?B-I?B sinyal modülünü kotrol teorisi yöntemleri kullanarak, ve yine hayati açıdan çok onemli TLR4-MyD88, interferon beta sinyal yolağı isimli iki yolağını reaksiyon kinetiği differansiyel denklemleri kullanarak bilgisayar ortamında modelledik. Bağışıklık sistemini sinyal yolaklarının bu tür bilgisayar modelleri ile kombinasyonu, yolakları tek tek incelendiği zaman açıklamanın mümkün olmadığı pek çok olaya çözüm getirebilir. Bu durum göz önünde bulundurularak bu çalışmadaki modeller ile literatürdeki ilgili yolaklarının modelleri uyumlu olarak geliştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
A principal challenge for the life sciences is to understand the organization and dynamics of those components that make up a living system. Understanding the systems of cellular processes is very similar to solving many body problems including complex interactions, in this case among a large number of genes, proteins and other molecules. One way to achieve such an aim is passing thought the investigation of signaling pathways by computational modeling approaches. In this study we examine NF?B-I?B signalling module by control theory methods and the interactions between the TLR4 MyD88 independent pathway and interferon pathway by utilizing reaction kinetics ODEs. The model designed to reproduce the published IRF3, IFNß, data in the literature and to estimate the profile for ISGF3 after triggered directly by IFNß and in indirect manner by MyD88 independent pathway.
Benzer Tezler
- Investigation of glucose metabolism on helicobacter-activated B cells
Helicobacter-aktive B hücrelerinde glikoz metabolizmasının incelenmesi
IŞILAY AKDAĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Biyobenzetim modelleme olarak insan MCF-7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hatlarında adiponektin uygulamasının Toll benzeri reseptörler (TLR) üzerine etkisinin histolojik, moleküler genetik ve biyokimyasal yönden incelenmesi
The histological, molecular genetic and biochemical analysis of adiponectin application on Toll-like receptors (TLR) in human MCF-7 and MDA-MB-231 breast cancer lines as biomimetics modeling
MELDA ŞAHİN
Doktora
Türkçe
2022
BiyomühendislikSüleyman Demirel ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURGÜL ŞENOL
- Multipl sklerozun progresif sürecinin dişi wistar sıçanlarda deneysel otoimmün ensefalomiyelit modeli ile incelenmesi ve pentoksifilinin etkileri
Investigation of the progressive process of multiple sclerosis using an experimental autoimmune encephalomyelitis model in female wistar rats and the effects of pentoxifylline
BARIŞCAN ÇİMEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET YILDIRIM SARA
- Immunostimulatory mechanisms and immunotherapeutic applications of polysaccharide nanocarrier complexed with nucleic acid based TLR ligands
Nükleik asit temelli TLR ulaklarıyla kompleks oluşturan polisakkarit nanotaşıyıcıların immünstimulan mekanizmaları ve immünöterapötik uygulamaları
GİZEM TİNCER KÖNİG
Doktora
İngilizce
2013
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İHSAN GÜRSEL
- Modeling of tunnel form buildings by equivalent frame method
Başlık çevirisi yok
NASEİM GHUNEİM
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
İnşaat MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERGİN ATIMTAY