Whole genome sequencing and genome annotation of levan producing Halomonas smyrnensis AAD6
Levan üreten Halomonas smyrnensis AAD6'nin tüm genom dizilemesi ve gen açiklamalarinin eldesi
- Tez No: 330750
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Genetik, Bioengineering, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 154
Özet
Halomonas smyrnensis AAD6 gram-negatif, aerobik, ekzopolisakkarit üreten ve orta derecede halofilik bir bakteridir. Bu bakteri yüksek miktarda levan biyopolimeri üretmektedir. Levan, suda ve yağda iyi çözünebilirliği, güçlü adezivite, biyouyumluluk ve filmleşme özellikleri nedeniyle gıda, besicilik, kozmetik, ilaç ve kimya sanayisinde birçok potansiyel kullanım alanına sahip bir fruktoz homopolimeridir. Sistem biyolojisi çalışmalarında genom dizisi, gen-protein eşleştimeleri ve metabolik yapılandırmanın detaylı analizi için başlangıç noktasıdır. Bu nedenle, sadece onun genetik ve metabolik ağlarıyla ilgili bilgi birikimini geliştirecek ek bilgi sağlamak için değil, aynı zamanda mikrobiyal levan üretiminin akılcı tasarımı ve optimizasyonu ile ilgili araştırmaları da hızlandırmak için Halomonas smyrnensis AAD6'nın tüm genom dizilemesi yapılmıştır. Hem dizileme hem de biyoinformatik aşamalarında hibrit bir strateji uygulanmıştır. İki farklı yeni nesil dizileme teknolojisi (Roche 454 GS FLX+ Sistemi ve Ion Torrent Dizileyici) kullanılmış olup, 140x kapsama sağlanmış ve okuma parçalarının yeniden birleştirilmesi gerçekleştirilmiştir. Halomonas smyrnensis AAD6'nın taslak genom dizisi toplam 3,561,919 bp (%67.9 G+C oranı) uzunluğunda 34 süpercontig ile oluşturulmuştur. Taslak genomda tanımlanan genlerin açıklamalarının eldesi sonucu 3237 kodlayıcı dizi ve 64 RNA tespit edilmiştir. Buna ek olarak, birçok biyolojik mekanizma bu kodlayıcı bölgeler tarafından kodlanan protein ve enzimlerin tayini ile aydınlatılmıştır. Halomonas smyrnensis AAD6'nın tüm genom dizisi, bu bakterinin biyoteknolojik ve endüstriyel potansiyelinin anlaşılmasına yönelik öngörüler sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Halomonas smyrnensis AAD6Halomonas smyrnensis AAD6 is a gram negative, aerobic, exopolysaccharide producing and moderately halophilic bacterium. The bacterium is known to produce high levels of levan, which is a fructose homopolymer with many potential uses in foods, feeds, cosmetics, pharmaceutical and chemical industries due to its outstanding properties like high solubility in oil and water, strong adhesivity, good biocompatibility and film-forming ability. In systems biology research, the microbial genome sequence is the starting point for detailed analysis of identifying gene-protein associations and metabolic reconstruction. Therefore, we performed whole genome sequence of Halomonas smyrnensis AAD6, which will not only provide additional information to enhance our understanding of its genetic and metabolic network but also accelerate research on rational design and optimization of microbial levan production. A hybrid strategy was implemented both in sequencing and bioinformatics stages. Two different next generation sequencing technologies (Roche 454 GS FLX+ System and Ion Torrent Sequencer) were performed with 140x coverage and the reads were de novo assembled. The draft genome of Halomonas smyrnensis AAD6T was structured with 34 supercontigs with a genome size of 3,561,919 bp (G+C content 67.9%). The annotation of the draft genome resulted with 3237 coding sequences and 64 RNAs. In addition, many biological mechanisms have illuminated by the determination of proteins and enzymes encoded by this coding regions. The whole genome sequence of Halomonas smyrnensis AAD6 provides insights into its biotechnological and industrial potential.
Benzer Tezler
- Genome mapping of phosphate solubilizing bacteria using bioinformatic analysis
Fosfat çözücü bakterinin biyoenformatik analizlerle genom haritasının çıkarılması
UĞUR ÇABUK
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
GenetikBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NUSRET ZENCİRCİ
DR. ÖĞR. ÜYESİ ERCAN SELÇUK ÜNLÜ
- Hacıhaliloğlu kayısı çeşidi genomunun de novo dizilenmesi ve anotasyonu
Whole genome de novo sequencing and annotation of apricot variety Hacıhaliloğlu
SAFFET TEBER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatErciyes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
- Batı Akdeniz Bölgesi'nde bulunan Tetranychidae türlerinin morfolojik ve moleküler tanılanması, Tetranychus urticae Koch, 1836 popülasyonları arasındaki genetik farklılıklarile endosimbiyontların belirlenmesi
Morphological and molecular identification of Tetranychidae species found in the West Mediterranean Region and determination of genetic differences between the populations of Tetranychus urticae Koch 1836 and endosymbionts
HİLAL ŞULE TOSUN
- Genome analysis and in vitro probiotic characterization of a novel Lactiplantibacillus plantarum HSA51 from fermented turnip
Fermente şalgamdan yeni bir Lactiplantibacillus plantarum HSA51'in genom analizi ve in vitro probiyotik karakterizasyonu
GHIZLANE EL OUAJJITE
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyomühendislikBahçeşehir ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ENES SEYFULLAH KOTİL
- The isolation of plasmids and investigation of antibiotic resistance genes and toxins in novel Bacillus cereus Sensu lato strains
Yerel Bacillus cereus Sensu lato suşlarında plazmid izolasyonu ve antibiyotik direnç genleri ve toksinlerinin incelenmesi
ABDUL AZIZ KARIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiErciyes ÜniversitesiTarım Bilimleri ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. SEMİH YILMAZ