Whole genome sequencing and genome annotation of levan producing Halomonas smyrnensis AAD6
Levan üreten Halomonas smyrnensis AAD6'nin tüm genom dizilemesi ve gen açiklamalarinin eldesi
- Tez No: 330750
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Genetik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Genetics, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Biyopolimerler, Dizi eşleme, Genetik, Genom, Halofilik bakteriler, Levan, Bioinformatics, Biopolymers, Sequence alignments, Genetics, Genome, Halophilic bacteria, Levan
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Halomonas smyrnensis AAD6 gram-negatif, aerobik, ekzopolisakkarit üreten ve orta derecede halofilik bir bakteridir. Bu bakteri yüksek miktarda levan biyopolimeri üretmektedir. Levan, suda ve yağda iyi çözünebilirliği, güçlü adezivite, biyouyumluluk ve filmleşme özellikleri nedeniyle gıda, besicilik, kozmetik, ilaç ve kimya sanayisinde birçok potansiyel kullanım alanına sahip bir fruktoz homopolimeridir. Sistem biyolojisi çalışmalarında genom dizisi, gen-protein eşleştimeleri ve metabolik yapılandırmanın detaylı analizi için başlangıç noktasıdır. Bu nedenle, sadece onun genetik ve metabolik ağlarıyla ilgili bilgi birikimini geliştirecek ek bilgi sağlamak için değil, aynı zamanda mikrobiyal levan üretiminin akılcı tasarımı ve optimizasyonu ile ilgili araştırmaları da hızlandırmak için Halomonas smyrnensis AAD6'nın tüm genom dizilemesi yapılmıştır. Hem dizileme hem de biyoinformatik aşamalarında hibrit bir strateji uygulanmıştır. İki farklı yeni nesil dizileme teknolojisi (Roche 454 GS FLX+ Sistemi ve Ion Torrent Dizileyici) kullanılmış olup, 140x kapsama sağlanmış ve okuma parçalarının yeniden birleştirilmesi gerçekleştirilmiştir. Halomonas smyrnensis AAD6'nın taslak genom dizisi toplam 3,561,919 bp (%67.9 G+C oranı) uzunluğunda 34 süpercontig ile oluşturulmuştur. Taslak genomda tanımlanan genlerin açıklamalarının eldesi sonucu 3237 kodlayıcı dizi ve 64 RNA tespit edilmiştir. Buna ek olarak, birçok biyolojik mekanizma bu kodlayıcı bölgeler tarafından kodlanan protein ve enzimlerin tayini ile aydınlatılmıştır. Halomonas smyrnensis AAD6'nın tüm genom dizisi, bu bakterinin biyoteknolojik ve endüstriyel potansiyelinin anlaşılmasına yönelik öngörüler sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Halomonas smyrnensis AAD6Halomonas smyrnensis AAD6 is a gram negative, aerobic, exopolysaccharide producing and moderately halophilic bacterium. The bacterium is known to produce high levels of levan, which is a fructose homopolymer with many potential uses in foods, feeds, cosmetics, pharmaceutical and chemical industries due to its outstanding properties like high solubility in oil and water, strong adhesivity, good biocompatibility and film-forming ability. In systems biology research, the microbial genome sequence is the starting point for detailed analysis of identifying gene-protein associations and metabolic reconstruction. Therefore, we performed whole genome sequence of Halomonas smyrnensis AAD6, which will not only provide additional information to enhance our understanding of its genetic and metabolic network but also accelerate research on rational design and optimization of microbial levan production. A hybrid strategy was implemented both in sequencing and bioinformatics stages. Two different next generation sequencing technologies (Roche 454 GS FLX+ System and Ion Torrent Sequencer) were performed with 140x coverage and the reads were de novo assembled. The draft genome of Halomonas smyrnensis AAD6T was structured with 34 supercontigs with a genome size of 3,561,919 bp (G+C content 67.9%). The annotation of the draft genome resulted with 3237 coding sequences and 64 RNAs. In addition, many biological mechanisms have illuminated by the determination of proteins and enzymes encoded by this coding regions. The whole genome sequence of Halomonas smyrnensis AAD6 provides insights into its biotechnological and industrial potential.
Benzer Tezler
- Testosteron dihidrotestosteron ve östrojenin benign prostat hiperplazisindeki etyolojik rolleri
The roles of testosterone, dihydrotestosterone and estradiole on the etiology of benign prostatic hyperplasia
HALUK TOKUÇOĞLU
- Eksternal etmoidektomiler
Başlık çevirisi yok
ERCÜMENT AKMAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kulak Burun ve BoğazGazi ÜniversitesiKulak Burun Boğaz Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NECMETTİN AKYILDIZ
- Sanayi politikaları ve planlı dönemde imalat sanayine etkileri
Başlık çevirisi yok
AHMET CAFOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
EkonomiGazi ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YALÇIN EROL
- Pulmoner hipertansiyon etyopatogenezinde prostasiklin ve lökotrien C4'ün rolü
Possible role of leukotrien C4 and prostacyclin in the development of pulmonary hypertension
ÜLKÜ AYBERK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Gebelik ve doğum olgularında prolaktin düzeylerinin değerlendirilmesi
The Evaluation of prolactin values during pregnancy labour and in deliveries
TÜLİN AKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. MÜLAZIM YILDIRIM