Genome analysis and in vitro probiotic characterization of a novel Lactiplantibacillus plantarum HSA51 from fermented turnip
Fermente şalgamdan yeni bir Lactiplantibacillus plantarum HSA51'in genom analizi ve in vitro probiyotik karakterizasyonu
- Tez No: 728138
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ENES SEYFULLAH KOTİL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Bahçeşehir Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Şalgam turp, hafif acı bir tada sahip bir kök sebzedir. Yüksek lif içeriği ile bağırsak iltihabı riskini azaltmaya yardımcı olduğu bilinmektedir. Çalışmamızda yeni bir Lb. plantarum HSA51 suşu kullanıldı. Seçilen HSA51 suşu gram pozitif, kısa çubuk ve katalaz negatiftir. İzolat, mide ve bağırsak simülasyonu koşullarında hayatta kalma açısından incelendi; bu, suşun canlılığını ve bağırsak ortamını taklit eden safra ve pH koşullarına karşı direncini koruyabildiğini gösterdi. HSA51'in metabolizması hakkında daha fazla bilgi edinmek için, Illumina MiSeq platformu kullanılarak suşun tüm genom dizilimi yapıldı. Dizileme sonucunda elde edilen diziler, 179 contig'den oluşan auto PATRIC 3.6.8 kullanılarak birleştirildi ve RAST algoritması kullanılarak genom analizi yapıldı. 3,386,821 bp'lik tek bir dairesel kromozomdan oluşan Lactiplantibacillus HSA51 genomunun, 59 transfer RNA (tRNA) geni, iki ribozomal RNA (rRNA) operonu dahil 3402 gen içerdiği tahmin edilmiştir. Fonksiyonel atamalara sahip 1542 varsayılan protein ve 1860 protein de açıklama ile tahmin edildi. Sonuçlar, izole edilen Lactiplantibacillus plantarum HSA51'in yüksek bir probiotic potansiyeline sahip olduğunu ortaya koydu.
Özet (Çeviri)
Turnip or '' Şalgam'' is a slightly bitter-flavoured root vegetable. It is known for its benefits due to its high fibre that helps reduce the risk of intestinal inflammation. Our study involves the new Lb. plantarum HSA51 strain isolated from a traditionally fermented non-alcoholic beverage called shalgam from the Southern region of Anatolia following incubation on MRS agar at 30°C for five days. The selected HSA51 strain is gram-positive, short rod and catalase-negative. The isolate was examined for its ability to survive in gastric and intestinal simulated conditions, which showed that the strain was able to maintain its viability and resistance to bile and pH conditions mimicking the gut environment.The Whole-genome sequencing was performed using the Illumina Miseq platform to learn more about the metabolic capabilities of HSA51. The sequences were assembled using auto PATRIC 3.6.8. consisting of 630 contigs, preliminary genome annotation was performed using the RAST algorithm. The Lactiplantibacillus HSA51 genome consists of a single circular chromosome of 3,910,029 bp that is predicted to carry 4281 genes, including 50 transfer RNA (tRNA) genes, four ribosomal RNA (rRNA) operons. The annotation included 1481 hypothetical proteins and 2800 proteins with functional assignments.
Benzer Tezler
- Lactobacillus reuteri E81'de kodlanan glukansükraz ve glukanotransferaz enzimlerinin biyokimyasal karakterizasyonu, bu enzimler ile özgün prebiyotikoligosakkaritlerin üretimi
Biochemical characterization of glucansucrase and glucanotransferase enzymes encoded in Lactobacillus reuteri E81, production of unique prebiotic oligosaccharides with these enzymes
HÜMEYRA İSPİRLİ
Doktora
Türkçe
2020
BiyoteknolojiYıldız Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. OSMAN SAĞDIÇ
DOÇ. DR. ENES DERTLİ
- İnsan kaynaklı probiyotik mikroorganizma adaylarının izolasyonu ve tüm genom analizleriyle karakterizasyonu
Isolation of probiotic microorganism candidates of human source and characterization by whole-genome analysis
İLKNUR SARIKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoteknolojiErciyes ÜniversitesiBiyoinformatik Sistemler Biyolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZKAN UFUK NALBANTOĞLU
- Türkiye'de şap viruslarının tanı ve tiplendirilmesinde multipleks RT-PCR tekniği geliştirilmesi ve tanısal değerinin araştırılması
Devolopment of multiplex RT-PCR technique for FMDV diagnosis and typing in Turkey
BEYHAN SAREYYÜPOĞLU
Doktora
Türkçe
2009
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiViroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM BURGU
- Development of novel tools for cancer diagnosis, prognosis and treatment using intra- or inter-species transcriptome meta-analysis
Tür içi ve türler arası transkriptom meta-analizi kullanılarak kanser teşhisi, prognozu ve tedavisi için yeni araçların geliştirilmesi
HUMA SHEHWANA
Doktora
İngilizce
2017
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Fare spermatogonyal kök hücrelerinde CRISPR-CAS9 ile hedefli genom düzenleme
Genom editing in mouse spermatogonial stem cell using crispr-cas9
SÜHEYLA YEŞİLBOSTAN