Dna dizi analiz cihazından kaynaklanan belirsizliklerin yapay zeka teknikleri kullanılarak ortadan kaldırılması
The elimination of uncertainties caused by dna sequencing device using artificial intelligence techniques
- Tez No: 332155
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BURAK ORDİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Matematik, Genetics, Mathematics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Matematik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada moleküler biyoloji alanında uzman kişilerin bilgilerinden yararlanarak DNA analiz cihazının ürettiği hataları teşhis etmeye yardımcı olacak algoritmalar geliştirilmiş ve bilgisayar programları hazırlanmıştır. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı?nda kullanılan ABI 310 DNA analizi cihazının düzgün aralıklı pikler üretememesi çalışmanın yapılma gereğidir. Ege Üniversitesi?nin bu birimi moleküler tıp araştırma alanında ulusal ve uluslararası platformda çok sayıda resmi ve özel kuruma hizmet vermektedir. Araştırmalarda kullanılan ABI 310 cihazı, kapiler elektroforeze dayalı DNA analizi cihazıdır. Bu cihazın ürettiği veriler işlenmiş ve bu verilerin güvenilirlikleri tespit edilmiştir. Ayrıca geliştirilen programın yapısına uygun yeni bir hizalama algoritması uygulanmıştır.
Özet (Çeviri)
In this paper, algorithms and computer programs that will help diagnosing errors generated by DNA analysis device have been developed by of experts in the utilizing knowledge field of molecular biology. The reason why this study has been made is the fact that ABI 310 DNA analysis device used in Ege University, Faculty of Medicine, Department of Pediatrics fails to generate evenly-spaced peaks. This unit of Ege University serves a large number of national and international public and private institutionsin the field of molecular medicine research. ABI 310 device used in their studies is a DNA analysis device based on capillary electrophoresis. In this study, the data produced by the device has been processed and the verification process has been performed. In addition, a new alignment algorithm has been developed.
Benzer Tezler
- Spinal musküler atrofi hastalığı tanısında kullanılabilecek NGS-tabanlı dizi analizi kitinin geliştirilmesi
Development of an NGS-based sequence analysis kit for the diagnosis of spinal muscular atrophy disease
ARAZ ALPAY
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiSağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BUKET KOSOVA
- Optimization and use of DNA sequencing by capillary electrophoresis for comparative yeast genotype analysis
Kapiler elektroforezine dayalı DNA dizileme yönteminin optimizasyonu ve mayada karşılaştırmalı genotip analizi için kullanılması
CİHAN ERDİNÇ GÜLSEV
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
- Eski ve bozulmuş örneklerde mitokondriyal dna dizinlenmesi
Mitochondrial dna sequencing of old and degraded samples
SELÇUK ERDEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Adli Tıpİstanbul ÜniversitesiFen Bilimleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HAVVA ALTUNÇUL
- İmmün yetmezlikli hastalardan elde edilen sitomegalovirüs (cmv) suşlarının genotiplerinin belirlenmesi ve gansiklovir direncinin araştırılması
Determination of genotypes and investigation of ganciclovir resistance in cytomegalovi̇rüs (cmv) strains isolated in i̇mmünocompromised patients.
AYŞENUR COŞKUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELMA GÖKAHMETOĞLU
- Antarktika Horseshoe adası'nın mikrobiyal biyoçeşitliliğinin metagenomik analizi
Metagenomic analysis of microbial biodiversity of of Horseshoe island, Antarctic
MİRAÇ ERCAN GÜRSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HİLAL AY