Geri Dön

Molecular analysis of protocadherins in mammalian cells

Protocadherinlerin memeli hücrelerinde moleküler analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 332195
  2. Yazar: GÜRKAN MOLLAOĞLU
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Moleküler Tıp, Biology, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 112

Özet

Cadherin proteinleri hücre-hücre adezyonunda görev alan büyük bir transmembran protein ailesidir ve protocadherinler bu ailenin en büyük alt grubudur. Cadherinler iyi çalışılmış olsa da protocadherinler hakkındaki bilgi kısıtlıdır. Protocadherinlerin hücre adezyonunda rol aldığı gösterilmiştir ve nöron tanımlanmasında moleküler işaretçi oldukları düşünülmektedir. Ayrıca, yakın zamanda yapılan çalışmalar protocadherinlerin kanser ve nörolojik hastalıklarla ilişkisini açığa çıkarmıştır. Bu çalışmada biz hücre döngüsüne dayalı hücresel yerleşim gösteren bir protocadherini karakterize etmeyi amaçladık. Araştırdığımız protocadherinin çeşitli mutant versiyonlarını ürettik ve fizyolojik ve mutant proteinlerin hücresel lokasyonlarını hücre döngüsü boyunca mikroskop ile takip ettik. Ayrıca, sitoplazmik domainin, protenin hücre döngüsüne bağlı yerleşiminin kontrolündeki rolünü araştırdık. Sitoplazmik domainin etkilşim partnerlerini tanımlamak için iki doğrudan yöntem kullandık: 1. GST-füzyon afinite kromatografisini takiben kütle spektroskopisi; 2. BioID metodu (yakınlık-bağımlı biyotin tanımlamanın biyotin-streptavidin afinite kromatografisi ve kütle spektroskopisiyle kombinasyonu). Bu iki deneysel strateji protocadherinin aday etkileşim partnerlerini keşfetmemizi sağladı. Ek olarak, boncuk öbekleşme deneyi gerçekleştirdik. Çalıştığımız spesifik protocadherinin homofilik adezyon aktivitesi olmadığını gösterdik. Bu araştırma projesi protocadherinler hakkında yeni bilgiler ortaya koydu ve protocadherinlerin kanser tanı ve tedavisinde kullanılabilme potansiyelini gösterdi.

Özet (Çeviri)

Cadherins are a big family of transmembrane, cell-cell adhesion proteins and protocadherins constitute the largest subgroup of cadherins. Although cadherins are extensively studied, less information is available about protocadherins. Protocadherins have been shown to function in cell adhesion and they are thought to be the molecular markers of neuronal identity. Also, recent studies revealed the involvement of protocadherins in cancer and neurodegenerative diseases. We aimed to characterize a protocadherin, which showed a cell cycle dependent subcellular localization. We generated various mutant versions of the protocadherin and analyzed subcellular localizations of wild type and mutated proteins throughout the cell cycle using microscopy. We also investigated the role of the cytoplasmic domain in regulation of cell cycle dependent localization of the protein. In order to identify the interaction partners of the cytoplasmic domain, we used two orthogonal approaches: 1. GST-fusion pull-down assay followed by mass spectrometry; 2. BioID method (proximity-dependent biotin identification combined with biotin-streptavidin affinity chromatography and mass spectrometry). These two experimental strategies helped us to discover interaction partner candidates of the protocadherin. Furthermore, we performed bead aggregation assay. We demonstrated that the protocadherin that we studied does not have homophilic adhesion activity. This research project produced novel knowledge about the protocadherins and showed the promise of protocadherins to be used in cancer diagnosis and treatment.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    881939

    Molecular analysis of cortical malformation in mammalian cortex by using proteomics approaches

    Proteomik yaklaşımlar kullanılarak memeli korteksindeki kortikal malformasyonun moleküler analizi

    BERFU NUR YİĞİT

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    GenetikKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN

  2. Tez No

    82900

    Molecular analysis of the CAG repeat length at the IT 15 locus in the Turkish population and molecular diagnosis of CAG/Polyglutamine repeat diseases

    Türk toplumunda IT 15 lokusundaki CAG tekrar sayısının moleküler analizi ve CAG/Poliglutamin tekrarı hastalıklarının moleküler tanısı

    NAGEHAN ERSOY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. A. NAZLI BAŞAK

  3. Tez No

    82952

    Molecular analysis of the factor IX gene in the Turkish population

    Faktör IX geninin Türk toplumunda moleküler analizi

    Ü.VENÜS ONAY

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. S. HANDE ÇAĞLAYAN

  4. Tez No

    82970

    Molecular analysis of SMN,NAIP and BTFZpuu genes in Turkish spinal muscular atrophy (SMA) families

    Türk spinal kas atrofisi (SMA) ailelerinde SMN, NAIP ve BTFZpuu genlerinin moleküler analizi

    SEVTAP SAVAŞ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BETÜL KIRDAR

  5. Tez No

    79353

    Molecular analysis of hematological malignancies

    Hematolojik kanserlerde moleküler analiz

    Z.BUKET YILMAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1998

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TAYFUN ÖZÇELİK

Geri Dön