Fasulye (Phaseolus vulgaris L.)'de ekonomik öneme sahip bazı agronomik karakterleri kontrol eden dna markırlarının ilişki haritalaması ile saptanması
Detection of dna markers controlling some economically important agronomic characters by association mapping in common bean (Phaseolus vulgaris L.)
- Tez No: 335216
- Danışmanlar: PROF. DR. M. BAHATTİN TANYOLAÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bağlantı dengesizliğine (Linkage Disequilibrum, LD) dayanan ilişki haritaları, kantitatif özellik lokusu (Quantitative Trait Locus, QTL) haritalarına alternatif ve önemli özellikleri kontrol eden genlerin belirlenmesinde etkili bir metotdur. Bu çalışmada 66 fasulye genotipi kullanılmış ve 233 Amplified Fragment Lenght Polymorphism (AFLP), 105 Single Nucleotide Polymorphism (SNP) ve 80 Simple Sequence Repeat (SSR) markırı analiz edilmiştir. Bu populasyonda LD ve populasyon yapısı belirlenmiştir. Tüm genomu kapsayacak şekilde yüksek LD değeri saptanmıştır (r2?0.1, p<0.01). STRUCTURE programında populasyon yapısı belirlenmiştir ve 66 fasulye genotipi kendi arasında 7 (K=7) ana gruba ayrılmıştır. TASSEL (Trait Analysis by aSSociation, Evolution and Linkage) programında Genel Lineer Model (General Linear Model, GLM) metodu kullanılarak markır ve 5 fenotipik özellik (liflilik özelliği, tohum taslağı sayısı, bitki tipi, bitki büyüme şekli ve çiçeklenme zamanı) arasında ilişki saptanmıştır. Beş fenotipik özellik ile ilişkili toplamda 62 markır önemli olarak belirlenmiştir (r2?0.1, p<0.01). Bu çalışma ile ilk kez 66 fasulye genotipi arasında ilişki haritası yapılmıştır. Fasulyede yapılan bu ilişki haritalama çalışması QTL haritalama metodlarına alternatif olacaktır.
Özet (Çeviri)
Association mapping (AM), based on linkage disequillibrum (LD), is an alternative method for quantative trait locus (QTL) mapping and is a powerful tool for detection of genes controlling important traits. In this study, 66 common bean accessions were used and genotyped using 233 Amplified Fragment Lenght Polymorphism (AFLP), 105 Single Nucleotide Polymorphism (SNP) and 80 Simple Sequence Repeat (SSR) markers. LD of pairwise loci and population structure were analyzed. High level of LD (r2?0.1, p<0.01) was found in the accessions at the whole genome level. Population structure was determined using STRUCTURE software and mainly seven groups (K=7) were identified among 66 common bean genotypes. The association analysis between markers and five agronomical traits (pod fiber, seed per pod, plant type, growth habit and days to flowering) was performed using a General Linear Model (GLM) in TASSEL (Trait Analysis by aSSociation, Evolution and Linkage). Marker and quantitative trait associations were identified and 62 markers were found to be associated with five traits (r2?0.1, p<0.01). The results of this study were determined first time of the significant potential and of association mapping of quantitative traits in 66 common bean accessions. Also, these results suggest that association mapping in common bean could be a useful alternative to QTL mapping.
Benzer Tezler
- Expansin gen ailesinin fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde biyoinformatik karakterizasyonu ve abiyotik stres ile ilişkisinin araştırılması
Bioinformatic characterization of Expansin gene family in common bean (Phaseolus vulgaris L.) and its relationship with abiotic stress
MERVE NUR ŞANLI
- Organik koşullarda yetiştirilmiş fasulyede (Phaseolus vulgaris L.) anlatımı artan genlerin SSH yöntemiyle izolasyonları
Analysis of genes isolated from common bean grown under organic conditions using SSH method
ÖZLEM TURAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
GenetikYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ŞENAY VURAL KORKUT
DR. ESRA YÜCA
- Abiyotik stres altında fasulyede (phaseolus vulgaris L.) bulunan ZF-HD transkripsiyon faktörü gen ailesinin genom çapında analizi ve ekspresyon profili
Genome-wide analysis and expression profiling of the ZF-HDtranscription factor gene family in common bean (phaseolusvulgaris l.) under abiotic stress
AYLİN KAVAKLI ERSAN
- Tokat ekolojik koşullarında ekim sıklığının kuru fasülye (phaseolus vulgaris L.) çeşitlerinde verim ve verim unsurlarına etkileri
Başlık çevirisi yok
İBRAHİM TAYYAR
- Erzurum ve Erzincan illerinde fasulye bitkisinde (Phaseolus vulgaris L.) görülen bakteriyel hastalık etmenlerinin tanılanması ve Pseudomonas syringae pv. phaseolicola ve Xanthomonas campestris pv. phaseoli`ye karşı çeşitli fasulye genotip/varyeteleri
Identification of bacterial pathogen caused disease on bean (Phaseolus vulgaris L.) in Erzurum and Erzincan, and determination of bean genotypes/cultivars for resistance against Pseudomonas syringae pv. phaseolicola and Xanthomonas campestris pv. pha
MESUDE FİGEN DÖNMEZ