Integrating biological pathways and genomic profiles with ChiBE 2
Biyolojik yolakların ve genomik profillerin ChiBE 2 yoluyla entegrasyonu
- Tez No: 335652
- Danışmanlar: DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Hücresel yolaklar, Cellular pathways
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Biyolojik yolaklar bizlere bir organizmanın devamlılığını sağlayan etkileşimlerin mekansal ve zamansal organizasyonu hakkında bilgiler sunabilir. Fakat yolaklar büyük ve karmaşık olabilecekleri için, onlardan bilgi elde etmek basit bir işlem değildir. Ayrıca sadece görselleştirme odaklı analizler bizlere sınırlı miktarda bilgi sağlayabilirken, bu görsellerin deneysel sonuçlar ile entegre edilmesi farklı ve ilginç etkileşimleri açığa çıkarabilir. Bu nedenle, biyolojik yolakların analizi ve daha detaylı anlaşılması üzerine yoğunlaşmış yazılım araçlarına sahip olmanın önemi büyüktür. ChiBE, BioPAX formatında saklanan yolak verilerinin görselleştirilmesi, düzenlenmesi ve analizi üzerine odaklanmış bir yazılım aracıdır. Yazılımın ikinci versiyonu geliştirilirken çizge üzerinde aramalar, yüksek çıktılı deney sonuçlarının entegrasyonu ve veritabanı bağlantılarının sağlanması üzerine yoğunlaşan eklemeler yapıldı. Ayrıca ChiBE'nin görsel sembolleri de SBGN tarafından belirlenmiş standartları takip edecek şekilde güncellendi. Daha önceden tanımlanmış olan yolak sorgulama algoritmaları BioPAX modelleri üzerinde kullanılabilecek şekilde uyarlandı. Bunlara ek olarak yeni yolak sorgulama türleri de geliştirildi. Bu algoritmaların eklenmesiyle birlikte, ChiBE artık yolakları daha küçük parçalara ayrıştıran ve karmaşık çizgelerin detaylı analizini sağlayan birçok farklı yola sahip oldu. Mikrodizi deneyleri sonuçlarına kolay erişim sunmak için GEO veritabanına ulaşım noktası eklendi. Ayrıca, kanser hücrelerinin genomik durumu hakkında bilgi sunmak için `cBio Cancer Genomics Portal?ı da ChiBE içerisinden erişilebilir hale getirildi. Bunlara ek olarak, DAVID veritabanına da kolay bir erişim sunulmaya başlandı. Böylelikle, kullanıcılar bir gen listesini bilinen biyolojik terimlerle eşleştirme şansına sahip olacaklar. Bu yeni özellikler ve iyileştirmelerle birlikte ChiBE 2 genomik odaklı iş akışına elverişli, geniş çapta analiz seçenekleri sunan ve biyolojik yolaklar hakkındaki bilgi birikimimizi derinleştirebilecek kapsamlı bir yazılım aracı haline geldi.
Özet (Çeviri)
Biological pathways store information about spatial and temporal organization of interactions taking place in an organism. However, extracting knowledge from these pathways is not trivial as they can be huge and complicated. Additionally, simple visualization of pathways will only reveal limited knowledge. Therefore, it is critical to have tools that are specialized in analyzing and understanding biological pathways. ChiBE is one such tool that can visualize, manipulate and analyze pathway data stored in BioPAX format. There have been improvements in ChiBE regarding pathway searches, high throughput data integration, and database connections. Visual notation has been updated to follow standards in visualizations defined by the SBGN. Previously defined pathway query algorithms have been adapted to be compatible with the BioPAX model. New query types have also been designed to offer a wider range of options. With these queries, ChiBE now offers a variety of ways of pathway decomposition and thorough analysis of complex pathway views. To offer easy access to expression microarrays, a gateway to the GEO database has been added. The cBio Cancer Genomics Portal is also now reachable within ChiBE to obtain information about genomic status of various cancer cells. Furthermore, a connection to DAVID database is available, in case users want to annotate a list of genes with respect to biological terms associated with them. With these new features and improvements, ChiBE 2 has become a comprehensive tool that offers a wide range of analysis options with a genomics-oriented workflow to deepen our understanding of biological pathways.
Benzer Tezler
- Tromboanjiitis obliterans (Buerger hastalığı) hastalarındaintravenöz ilioprost tedavisinin distal kan akımı üzerineorta dönem etkisinin klinik ve in silico yöntemlerleklopidogrel ve asetil salisilik asit direnci ilekarşılaştırılarak incelenmesi
Investigation of the mid-term effect of intravenous iloprost treatment on distal blood flow in patients with thromboangiitis obliterans (Buerger's disease), compared with clopidogrel and acetylsalicylic acid resistance using clinical and in silico methods
İREM CANIAZ KINALI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Göğüs Kalp ve Damar Cerrahisiİstanbul ÜniversitesiKalp ve Damar Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLGÜN BOZBUĞA
- Çizgisel kaynaktan ışıyan elektromağnetik dalgaların mükemmel iletken silindir takkesinden optik gibi saçılması
Başlık çevirisi yok
ADNAN GÖRÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Makine MühendisliğiUludağ ÜniversitesiElektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. H. ERGUN BAYRAKÇI