Selective fluorescence sensing of biological thiols using a bodipy based bifunctional probe and the catalytic activity of short peptide amphiphile nanostructures: Implications on the origin of life
Bodipy tabanlı bifonksiyonel sensor ile biyolojik tiyollerin floresans seçici tayini ve yaşamın kaynağı arayışında kısa peptit amfifil nanoyapıların katalitik aktivitelerinin incelenmesi
- Tez No: 335653
- Danışmanlar: PROF. DR. ENGİN UMUT AKKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 153
Özet
Kemosensör geliştirme çalışmaları modern kimyanın ilgi çeken alanlarından birisidir ve bu alana tüm dünyadan büyük katkılar bulunmaktadır. Tiyollerin biyolojik sistemlerdeki önemi büyüktür. Biyolojik öneme sahip tiyollerden sistin (Cys), homosistin (Hcy) ve glutatiyon (GSH) kilit rol oynamaktadır. Benzer yapılara sahip bu tiyolerin hücre içi değerlerinin değişmesi durumunda sedef hastalığı, karaciğer yetmezliği, kanser, lökosit kaybı gibi birçok hastalık meydana gelmektedir. Bu sebeplerden ötürü, tiyol tayini çalışmaları büyük öneme sahiptir. Optik problar ve özellikle floresans olan optik problar kolay, hassas ve düşük algılama limitleri ve gerçek zamanlı analiz imkânları nedeniyle sıklıkla bu amaca yönelik kullanılmaktadır. Bu çalışmada BODIPY tiyollerin kovalent bağlanması için Michael alıcısı nitro-stiren grubu ile ve tiyollerin N-uçlarının tanınmasını sağlayan aza-taç eter grubu ile modifiye edilmiştir. İlk defa bu çalışma ile bu üç önemli tiyol, zincir uzunlukları arasındaki farklardan yararlanarak floresans spektroskopisi ile birbirinden ayırt edilmiştir. Birçok senaryoya göre ilksel koşullar altında kısa peptitlerin (2-4 aminoasit) oluşabildiği bilinmektedir. Bu çalışmada, ilkel koşullarda daha yüksek derişimlerde bulunduğu bilinen Gly, Ala, Asp ve Cys aminoasitleri ile kısıtlanarak kısa peptit kütüphanesi oluşturulmuştur. Asetillenmiş N-ucuna sahip peptitlerin, değişik boyut ve şekillerde nanoyapılar oluşturduğu gözlenmiş ve bu yapıların değişik koşullar altındaki katalitik etkinlikleri incelenmiştir. Bu çalışmada peptit yapıları ve oluşan nanoyapılar ve/veya katalitik etkinlik ilişkileri üzerindeki bulgular sunulmuştur.
Özet (Çeviri)
Chemosensor development is an attractive field of modern chemistry and there exist large amount of contribution from all over the world. The biological importance of thiols triggered the development of sensors to differentiate especially cysteine (Cys), homocysteine (Hcy) and glutathione (GSH) which play key roles in biological systems. Concentration of those thiols results in number of diseases and their structural similarity complicates the differentiation. Optical probes especially fluorescent ones are widely employed for that purpose since it offers simplicity, sensitivity and low detection limits as well as real time analysis. BODIPY core is decorated with a Michael acceptor nitro-styrene group to covalent incorporation of thiols and with an aza-crown moiety to recognition of N-terminus of them. The work in this thesis is the first example in which one of them is separated from others or three of them separated from each other?s by chain length difference using fluorescence spectrometry. Formation of short peptides (2-4 aa residues) is considered to be likely under primordial conditions, following a number of scenarios. In this work, it is constructed a short peptide library limiting our choice of amino acids to those believed to be available at larger concentrations such as Gly, Ala, Asp and Cys. It is demonstrated that when acylated at the N-terminus, nanostructures of varying size and shapes were formed. Investigations on the catalytic activity of these nanostructures under different conditions are presented. The findings on the correlation of peptide structure and nanostructure formation and/or catalytic activity are presented.
Benzer Tezler
- İyon seçici sol-jel film sentezi ve optik sensör olarak kullanmı
Ion selective sol-gel film synthesis and usage as optical sensor
MERVE UMUTLU
- Fluorescence detection of biological thiols and axially chiral bodipy derivatives and alternative methodologies for singlet oxygen generation for photodynamic action
Biyolojik tiyollerin floresan tayini ve aksiyal kiral bodipy türevleri ve fotodinamik etki için alternatif yollar ile singlet oksijen üretimi
SAFACAN KÖLEMEN
Doktora
İngilizce
2014
Kimyaİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENGİN UMUT AKKAYA
- Aza–bodipy compounds with fluorescent property for determination of bio–thiols
Biyo–tiyollerin tayini için floresan özellikli aza–bodipy bileşikleri
BLEDA CAN SADIKOĞULLARI
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ÖZDEMİR
- Rational design and synthesis of bodipy dyes for molecular sensing, light harvesting and photodynamic applications
Bodıpy boyasının moleküler sensörler, ışık hasat edebilen sistemler ve fotodinamik terapi uygulamaları için rasyonel tasarımı ve sentezi
TUĞBA ÖZDEMİR KÜTÜK
Doktora
İngilizce
2014
Kimyaİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENGİN UMUT AKKAYA
- Hedef kimyasala duyarlı floresan malzemelerin sentezi ve kimyasal sensörlerde kullanımı
Synthesis of fluorescent materials sensitive to target chemicals and usage in chemical sensors
FEHMİ KARAGÖZ
