Küçük molekül ağırlıklı sıçan idrar proteinlerinin karakterizasyonu
Characterization of small molecular weight rat urine proteins
- Tez No: 337982
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. SEVİL AKSU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
Bu çalışma, Wistar tipi erkek sıçanın idrarında bulunan düşük molekül ağırlıklı proteinlerin ve bunların izoformlarının araştırılması amacıyla yapılmıştır. Deneyler için 2 adet sağlıklı erkek Wistar sıçanı kullanılmıştır. Sıçan idrarlarında bulunan proteinler iki boyutlu jel elektroforezi yöntemiyle birbirlerinden ayrılarak saflaştırılmıştır. İdrar örneklerinde bulunan düşük molekül ağırlıklı proteinlerden iki boyutlu jellerde görünür hale getirilebilen 29 adet spot tanımlanmıştır. Bunların tanımlanması için MALDI-TOF-kütle spektrometri yöntemi kullanılmıştır. Kütle ölçümleriyle her bir spot için peptid kütle parmak izi (PMF) spektrumları elde edilmiştir. Spektrumlardan yararlanarak bir protein veri tabanı olan Mascot?ta taramalar sonucunda, spotlarda bulunan proteinler tanımlanmıştır. 19 spot ?2u-globulin, diğer 10 spot çeşitli proteinler ile eşleşerek sonuç vermiştir. Proteinlerin büyük bir çoğunluğu ?2u-globulin proteini ile eşleştiğinden dolayı, bunların sahip olabilecekleri sekans dizileri araştırılmıştır. Bu araştırma için NCBI (National Center for Biotechnology Information) veri tabanı kullanılmıştır. Bu veri tabanında, ?2u-globulin proteini için verilmiş olan ve aminoasit farklılıkları bulunan 15 adet kayıtın sekans dizilerine göre, spotların hangi sekansla eşleştiği araştırılarak tespit edilmeye çalışılmıştır. Spektrumlarda tespit edilen peptid piklerine göre farklı sekanslar arasından her bir spotun olası protein izoformları için ayırım yapılabilmiştir. Birçok spotun PMF sonuçları ile seçilmiş peptidleri alınan MS-MS sonuçları ile de desteklenmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study was made to investigate small molecular weight proteins and their isoforms were invetigated in male Wistar rat urine. Two healthy Wistar rats were used for the experiments. Proteins found in the urine of rats were separated and purified with the two-dimensional gel electrophoresis technique. Out of the small molecular weighted proteins found in the urine samples twenty nine of the spots visualised on two dimensional gels were identified. For identification of them MALDI-TOF mass spectrometry was used. Measuring masses we will get peptide mass fingerprint spectra for each spot. Proteins found in the spots were identified using the data reached from the spectra by searching in the protein database MASCOT. 19 spots matched with ?2u-globulin and the other 10 spots matched with various other proteins. Because most of the proteins matched with ?2u-globulin, it was examined in which sequence they are. For this examination the NCBI (National Center for Biotechnology Information) database was used. It was tried to determine the sequences matching with the proteins found in the spots according to the 15 recorded sequences for the ?2u-globulin protein with aminoacid differences. According to the detected peptide peaks in the spectra, for each spot separation of possible protein izoforms within different sequences could be done. For a lot of spots the PMF results were supported with the MS/MS results taken for selected peptides.
Benzer Tezler
- Polietilen glikol ile bağlanmış polimetakrilik asit P(MAA-g-EG) hidrojellerinden hazırlanmış inceltilmiş partiküllere küçük molekül ağırlıklı ilaçların bağlanması, in vitro ve in vivo özelliklerinin incelenmesi
In vitro and in vivo evaluation of small molecular weight drug loaded crushed particles prepared from poly (methacrylic acid) grafted with poly (ethylene glycol)
OYA SİPAHİGİL
Doktora
Türkçe
2003
Eczacılık ve FarmakolojiMarmara ÜniversitesiFarmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. AYLA GÜRSOY
PROF.DR. NİCHOLAS A. PEPPAS
- Siyatik sinir kontüzyonu yapılan sıçanlarda Curcumin'in sinir rejenerasyonu üzerine olan lokal ve sistemik etkisinin araştırılması
Research on Curcumin?s local and systemic effects onto regeneration of the rats sciatic nerve contusion
MEHMET KILINÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
NöroşirürjiGaziosmanpaşa ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. EROL ÖKSÜZ
- Farklı hesperidin dozları, nonsteroid antiinflamatuar ilaç ve düşük molekül ağırlıklı heparinin intraplevral yapışıklığı önleme üzerine etkilerinin araştırılması: Sıçan deney modeli
Investigation of the effects of different hesperidin doses, nonsteroid anti-inflammatory drug and low molecular weight heparin on intrapleural adhesion prevention: Rat experimental model
BARIŞ SARIÇOBAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Göğüs Kalp ve Damar CerrahisiNecmettin Erbakan ÜniversitesiGöğüs Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAMER ALTINOK
- Regulation of tau on septin3 in neuronal branching
Septin3' ün nöronal dallanma üzerindeki etkisinin tau tarafından düzenlenmesi
DİDEM BARAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Alkylacrylamide-based semi-interpenetrating networks for temperature-sensitive smart systems
Sıcaklığa duyarlı akıllı sistemler için alkilakrilamid bazlı yarı iç içe geçmiş ağyapılar
BİRGÜL KALKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NERMİN ORAKDÖĞEN