Structural aspects of ASC speck formation and its potential novel functions
ASC zerresi oluşumunun yapısal özellikleri ve potansiyel yeni işlevleri
- Tez No: 338923
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NESRİN ÖZÖREN, PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Allerji ve İmmünoloji, Biyoloji, Allergy and Immunology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 144
Özet
Enflamazomlar sitoplazmada bulunan patojenleri ve hücresel hasarı tespit eden al-gılayıcılardır. NLRP3, NLRC4 ve AIM2 enflamazomlarının uyarılması sonucu hücre çe-kirdeğinin yanında mikrometre boyutlarında ASC zerresi adında, enflamazom aktivitesinin gerçekleştiği platform olduğu düşünülen bir yapı oluşmaktadır. ASC proteini payrin bölgesi (PYD) ve kaspaz bağlanma bölgesi (CARD) isimli iki bölgeden oluşmuştur ve bu bölgeler yüksek miktarda anlatıldığı durumda filament yapıları oluşturmaktadır. EGFP-ASC kaynaşık proteini üzerinde mutasyonlar oluşturarak ASC zerresini bozan mutasyonları ta-radık. Oluşturduğumuz mutasyonların bir bölümü ASC zerresini, ASC?ı oluşturan bölge-lerinin oluşturduğu filament yapılarına benzer yapılara dönüştürdü. Bu mutasyon tara-masına paralel olarak, PYD veya CARD ayrışık mutant bölgelerini tek başına anlatarak yaptığımız deneylerde; tam boyutlu ASC proteininde ASC zerrelerini bozan mutasyonların kısaltılmış proteinlerde filament yapısını bozduğunu tespit ettik. PYD?nin oluşturduğu fil-ament yapılarının tip I etkileşmesi sonucu oluştuğu önerilmiştir. Tip I etkileşmesini bozan D48A mutasyonlu PYD kullanarak, yabanıl PYD filamentlerine mutant D48A-PYD?nin bağlanabildiğini gösterdik. Bu sonuç PYD?nin alternatif bağlanma modlarının olduğunu önermektedir. ASC proteininde oluşturduğumuz mutasyonların ASC zerrelerinin yapısını tamamen değiştirmesi, ASC zerre yapısının düzenli bir yapı olduğunu önermektedir. Tezin ikinci kısmı, ASC zerrelerinin sitozolik çeşitli proteinleri ko-agrege edebildiği gözlemine dayanmaktadır. ASC zerrelerinin sitozolik proteinlerini ko-agrege edebilmesinin antijen sunumunda önemli olabileceğini önermekteyiz. ASC proteini halihazırda enflamazoma bağlı ve bağımsız yolaklar ile antijen sunumu ile ilişkilendirilmiştir. ASC zerreleri üzerinde sitoplazmik proteinlerin ko-agregasyonu ve antijen sunumundaki potansiyel ilişkisinden, ileride aşı teknolojisinin geliştirilmesinde yararlanılabilir.
Özet (Çeviri)
Inflammasomes are cytoplasmic sensors that detect presence of intracellular patho-gens or cellular damage. Activation of NLRP3, NLRC4 and AIM2 inflammasomes is ac-companied by formation of a micrometer sized perinuclear structure called the ASC speck which is thought to be the platform for inflammasome activity. We carried out a mutational screen on the EGFP-ASC fusion protein in to determine ASC speck disrupting mutations. The ASC protein has two domains, namely pyrin domain (PYD) and caspase recruitment domain (CARD) which form filament structures when overexpressed in HEK293T cells as seperate domains. A subset of mutations we introduced in the full length ASC protein changed the globular ASC speck structure into filaments, which were similar to the fila-ments formed by the individual domains of ASC. We repeated a parallel mutational screen on PYD or CARD as seperate domains and found that mutations disrupting the ASC speck in the full length ASC construct also disrupt the filaments in the domain only constructs. The filaments formed by PYD was proposed to be formed by type I inter-actions. By using the type I binding mode deficient D48A mutant PYD, we showed that D48A-PYD is able to interact with wt PYD filaments, which indicates that PYD has alternative binding modes. Our results suggest that the ASC speck is an organized structure, as single mutations introduced in ASC changes the ultimate structure completely. The second part of the thesis is based on the observation that the ASC speck is able to co-aggregate a wide range of cytosolic proteins on itself. We postulate that antigen co-aggregation of the ASC speck might be important in antigen presentation. The ASC protein has already been implicated in the antigen presentation pathway via inflammasome dependent and independent mechanisms. Co-aggregation of cytosolic proteins on the ASC speck has potential implications in antigen presentation pathway which could be exploited to build better vaccines in the future.
Benzer Tezler
- Analitik hiyerarşi prosesi yardımıyla kalite fonksiyon açınımında önceliklendirme
Başlık çevirisi yok
CEM GÖRKEM ÖZARPACI
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ETHEM TOLGA
- Büyükçekmece ilçesinde kayma dalgası hızı kullanılarak mikrobölgeleme çalışmaları
Microzonation studies by using shear wave velocity in Büyükçekmece
UMUT CEYHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Jeofizik Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. OĞUZ GÜNDOĞDU
- NLPR3 genin mutasyonlarının veya polimorfizmlerinin genotip − fenotip ilişkisi
Genotype-phenotype relation of NLPR3 genetic mutations or polymorphisms
GOYCHAK GURBANBAYLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AFİG BERDELİ
- Arap dilinde zamirler
The Pronouns in Arabic language
İFFET BANU KÜÇÜKEFE
Yüksek Lisans
Türkçe
2002
Doğu Dilleri ve EdebiyatıAtatürk ÜniversitesiDoğu Dilleri ve Edebiyatları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA KILIÇLI
- Değiştirilmiş kohonen ağı simülasyon programı
A Simulation program for modified kohonen network
ENDER TUNÇ EROĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1993
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. UĞUR ÇİLİNGİROĞLU