Sinyal yolaklarının yeniden oluşturulması için sezgisel algoritma ile graf teorik yaklaşım
Reconstruction of signaling pathways by novel graph theotrtical approach
- Tez No: 341161
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. SÜREYYA ÖZÖĞÜR AKYÜZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Matematik, Mathematics
- Anahtar Kelimeler: Sinyal Yolakları, RNAi verileri, Genetik Algortima, Graf Teori, Signaling Pathways, RNAi data, Genetic Algorithm, Graph Theory
- Yıl: 2012
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Bahçeşehir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Matematik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Uygulamalı Matematik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 42
Özet
Çok hücreli organizmaların yaşamlarını devam ettirebilmeleri ve gelişebilmeleri için hücrelerin birbirleriyle iletişim kurmaları gerekmektedir. Hücre sinyali hücreler arası iletişimi sağlayan bir çeşit kimyasal tepkimedir. Sinyal yolakları ise bu kimyasal tepkimeleri ifade eder. RNAi sistemi virüslü hücrenin RNA'larının vücutta tanımlayıp yok edilmesini sağlar. Sinyal yolakları RNAi verileri kullanılarak yapılandırılabilir. Boolean RNAi söndürme verileri kullanılarak protein-protein etkileşimini ifade eden sinyal yolaklarının topolojik yapısının oluşturulması çözüm uzayı oldukça büyük olan ters bir problemdir (inverse problem). Bu çalışmada sezgisel algoritma olan Genetik Algoritma (GA) kullanılarak tekli Boolean RNAi söndürme deneyleriyle uyumlu olan ve çözüm uzayını küçülten topolojiler bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
Intercellular communication is required for cells to keep on their lives and to be discovered. Cell signalling is a list of chemical reactions that are used for intercellular communication. Signalling pathways denote these chemical reactions. RNAi system enables us to identify and remove RNAs of viral cells. Signaling pathways can be constructed by using RNAi data. Constructing the topologies of signaling pathways which denote protein-protein interaction by using Boolean RNAi knockdown data has a large solution space and is an inverse problem. In this study, topologies compatible with single Boolean RNAi knockdown experiments which reduce the dimension of solution space are found using one of the heuristic algorithms called Genetic Algorithm.
Benzer Tezler
- Resonctructing signaling pathways from RNAi data using genetic algorithms
Sinyal yolaklarının RNAi verilerinden genetik algoritmalar kullanılarak yeniden oluşturulması
EYÜP SERDAR AYAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoenformatik Bölümü
DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Amniyositlerin, histon ve hücre sinyal yolakları modifikasyonu ile kimyasal olarak yeniden programlanma kapasitelerinin incelenmesi
Investigation of chemically-induced reprogramming potential of amniocytes with modification of histone and cell signaling patways
MURAT ÇOKAKLI
Doktora
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiMersin ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET EMİN ERDAL
- Investigation of glucose metabolism on helicobacter-activated B cells
Helicobacter-aktive B hücrelerinde glikoz metabolizmasının incelenmesi
IŞILAY AKDAĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Investigation of linear paths in human Wnt signaling network
İnsandaki Wnt sinyal ağının doğrusal yolizlerinin incelenmesi
BAHAR NALBANTOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Bölümü
PROF. DR. KUTLU Ö. ÜLGEN
- Expression, purification, and characterization of soluble recombinant TNFR1
Çözünür rekombinant TNFR1'in üretimi, saflaştırılması ve karakterizasyonu
DERYA HATİPOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY