Stem loop binding protein expression under serum starvation
Stem loop bındıng proteininin serum açlığı durumunda ifadesi
- Tez No: 342766
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MEHMET MURAT KÖSEOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Genetik, Bioengineering, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Fatih Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 68
Özet
Memeli hücre döngüsü dört farklı fazdan oluşmaktadır. Genetik materyalin iki katına çıkarılıp paketlendiği S fazında, histon protein seviyesi belirli bir düzeyde artmış mRNA işlenmesinden dolayı ciddi bir artış gösterir. SLBP, seviyesi hücre döngüsü boyunca düzenlenen ve histon biyosentezinin bir çok aşamasında görev alan bir proteindir. SLBP nin mRNA seviyesi hücre döngüsü boyunca sabit kalırken protein seviyesinde artış G1 fazının sonuna doğru başlamakta ve sadece S fazında en yüksek seviyede görülmektedir. Yapılan araştırmalar, SLBP?nin S fazın sonunda proteozomlar tarafından kısa bir sürede etkili bir şekilde yıkıldığını, diğer yandan G1 fazındaki düşük protein seviyesinin mRNA stabilitesindeki düşüşten ve azalmış translasyon seviyesinden kaynaklandığını göstermektedir. G0 fazına girişle birlikte, SLBP?nin düzenlenmesindeki ve protein seviyesindeki değişiklikler bilinmemektedir. Bu çalışmada, SLBP?nin G0 fazındaki düzenlenmesi araştırılmıştır. Cevabı belirleyebilmek için hücreler serumsuz besiyerinde yetiştirilerek hücre döngüsünden çıkmaları tetiklenmiş, düşen SLBP seviyesinin düzenlendiği basamağı belirlemek amacıyla serum açlığı deneyi his işaretli SLBP ile tekrarlanmış, CHX ve MG132 muameleleri ile cevabın oluştuğu aşama daha ileri düzeyde analiz edilmeye çalışılmıştır. Yeşil bir ışıkla ışıma yapan GFP, yaygın olarak konum tayini ve protein hareketleri gözlemleme çalışmalarında kullanılmaktadır. Yarı ömürleri GFP?den daha kısa olan proteinlerle çalışabilmek için GFP?nin daha az stabil formları (dEGFP), PEST dizisi ile füzyon protein olarak üretilmiştir.Bu yaklaşım GFP?nin yarı ömrünü 24 saatten sırasıyla 1, 2 ve 4 saate kadar düşürmüştür. Bu çalışmada, tek nokta mutasyonu ile üretilmiş (Dr Murat Köseoğlu) yeni bir dEGFP?nin karakterizasyonu yapılmıştır. Özet olarak, bu çalışma iki ayrı bölümden oluşmaktadır ve her bölüm kendi içinde değerlendirilmelidir.
Özet (Çeviri)
Mammalian cell cycle consists of four different stages. In the S phase where genetic material is duplicated and packaged, histone protein level increases sharply due to the significantly elevated level of histone mRNA processing. SLBP is a cell cycle regulated protein which takes part at multi steps of histone biosynthesis. Even though its mRNA level does not oscillates through the cell cycle, SLBP level is coupled only with S phase and starts to increase towards the late G1. Studies showed SLBP is rapidly degraded by proteosomes at the end of S phase whereas limited protein level is related to the decrease in both translational efficiency and protein stability in G1. However regulations and changes in SLBP level in response to entry to G0 phase is unknown. In this study, SLBP protein level in response to G0 phase was investigated. In order to find out the response, cells were grown in serum deprived media to initiate G0 entry. To clarify regulative step of the decreased SLBP level; serum starvation was repeated with his-tagged SLBP construct, CHX and MG132 treatments were applied. Green fluorescent protein (GFP) from jelly fish Aequorea victoria, produces a bright green fluorescence. Common usages of GFP include monitoring location and movement of proteins. To study with proteins having shorter half life than GFP, destabilized GFP has been developed as fusion protein with PEST sequence. This approach decreased the half life of GFP 1,2 and 4 hours respectively. In this dissertation, new variant of dGFP generated by single nucleotide mutation (Koseoglu, 2008) was aimed to be characterized. I showed that mutant GFP has fluorescence activity as GFP has and has a decreased half life of about 5 hours. To sum up, this study is divided into two distinct parts and should be evaluated separately.
Benzer Tezler
- Histone mRNA translation in metazoans: SLIP1 as the bridging factor between the 5' and 3' utrs of the histone mRNA
Başlık çevirisi yok
NİHAL GÜLSEREN ÇAKMAKÇI
- Investigating the role of Cyclin dependent kinase 2 in triggering late G1 expression of stem loop binding protein as a major mechanism to regulate histone production
Histon üretiminin regülasyonunda önemli olan stem loop binding protein'in geç G1 fazında Cdk2 tarafından tetiklenmesinin araştırılması
UMİDAHAN DJAKBAROVA
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyolojiFatih ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MEHMET MURAT KÖSEOĞLU
- Characterization of NFI transcription factors, NFIB targets and miRNAs that regulate NFIB in human neural stem cells
İnsan nöral kök hücrelerinde NFI transkripsiyon faktörlerinn, NFIB hedef genlerinin ve NFIB ekspresyonunu düzenleyen miRNA'ların karakterizasyonu
GÖKÇE CESUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- Investigation of NFIB binding to CDO and FGF19 gene regulatory regions by chromatin immunoprecipitation
NFIB'nin CDO ve FGF19 gen düzenleyici bölgelerine bağlanmasının kromatin immün çöktürme yöntemiyle araştırılması
CEMRE LEKTEMUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- The relationship between urinary exosomal miRNA levels and renal outcome in type 2 diabetic nephropathy patients
Tip 2 diyabetik nefropati hastalarında üriner eksozomal miRNA düzeylerinin renal outcome ile ilişkisi
MEHMET SEYİT ZOR
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI