Moleküler dinamik yöntemlerle protein katlanması probleminin araştırılması
Investigation of protein folding problem using molecular dynamics methods
- Tez No: 352161
- Danışmanlar: PROF. DR. ABDULMECİT TURUT, YRD. DOÇ. DR. EMİNE DENİZ TEKİN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Aβ(16-22) peptidi, Aβ(17-21) peptidi, GROMACS, Moleküler Dinamik Benzetim, Aβ(16-22) peptide, Aβ(17-21) peptide, GROMACS, Molecular Dynamics Simulation
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Atatürk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Bölümü
- Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 134
Özet
Bir çok nörodejeneratif hastalık proteinlerin yanlış katlanması ya da fonksiyonlarına uygun olmayan bir şekilde kendiğilinden bir araya gelmeleri sonucu oluşur. Bu hastalıkların pek çoğu ölümle sonuçlanabilir, en sık rastlanılanı Alzheimer hastalığıdır. Bu hastalığın gerçek nedeni bir tartışma konusu olsa da, AH beyinde Aβ amiloid plakların temel bileşeni olan amyloid betanın birikmesi (Aβ) sonucu oluşur. Bu çalışmada, Aβ(1-42) proteinine ait Aβ(16-22) ve Aβ(17-21) fragmanlarını inceledik. Bu peptitleri seçmemizin nedeni Aβ(16-22) peptitinin AH sürecinde bilinen en kısa fibril yapı olup, topaklanma sürecinde merkezi rol oynayan hidrofobik çekirdek olan Aβ(17-21) peptitinini içinde bulundurmasıdır. Topaklanmanın yapısal özelliklerinin araştırılmasında GROMACS paket programı kullanılarak Moleküler Dinamik benzetim metodu uygulanmıştır. Benzetim sonuçlarının peptilerin katlanmasına ve topaklanmasına ilişkin yeni bakış açıları ortaya koymasını beklemekteyiz.
Özet (Çeviri)
Certain neurodegenerative disorders are known to take place as a result of misfolding of proteins or more properly as a result of self-assembly of disordered peptides or proteins. AD is one of the most common progressive and fatal neurodegenerative diseases. Even though the actual reason of AD is a matter of debate, it is well known that amyloid beta (Aβ) is the main component of amyloid plaques found in the brains of AD patients. In this study, we focus on Aβ(16-22) and Aβ(17-21) fragment of the full length of Aβ(1-42) peptide. We focus these peptites since Aβ(16-22) is known to be the shortest fibril forming fragment which has central hydrophobic cluster Aβ(17-21) that drives the aggregation process during AD's process. In this work, Molecular Dynamics simulation method has been applied to investigate the structural characteristics of aggregation using the GROMACS program package. We expect simulation results to provide reveal new perspectives of peptite folding and aggregation.
Benzer Tezler
- Development and structural determination of antiangiogenic recombinant antibody structures for cancer treatment
Kanser tedavisine yönelik antianjiogenik rekombinant antikor yapılarının geliştirilmesi ve yapısal tayini
MELİS DENİZCİ ÖNCÜ
Doktora
İngilizce
2022
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
DR. AYLİN ÖZDEMİR BAHADIR
- Investigation of protonation state dependent conformational dynamics of the nucleotide binding domain of Hsp70 protein homolog Dnak via computational methods
Hsp70 protein homoloğu dnak'nin nükleotit bağlanma alaninin protonlanma haline bağli konformasyonel dinamiklerinin hesapsal yöntemlerle incelenmesi
UMUT ÇAĞAN UÇAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BÜLENT BALTA
- Investigation of biologically important small molecules: Quantum chemical and molecular dynamics calculations
Biyolojik öneme sahip küçük moleküllerin kuantum kimyasal ve moleküler dinamik hesaplamalarla incelenmesi
EMİNE DENİZ TEKİN
Doktora
İngilizce
2010
Fizik ve Fizik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiFizik Bölümü
PROF. DR. SAKİR ERKOÇ
- Langmuir Blodgett assembly of peptide functionalized nanoparticles onto silicatebased surfaces and their characterization
Peptit ile fonksiyonlandırılmış nanoparçacıkların Langmuir Blodgett yöntemi ile silika tabanlı yüzey üzerine kaplanması ve karakterizasyonu
NUR MUSTAFAOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ÜRGEN
- Predicting novel small inhibitors of SARS-CoV-2: Targeting SARS-CoV-2 spike protein, human ACE2 protein and SARS-CoV-2 NsP16 via molecular docking
SARS-CoV-2 için yeni küçük inhibitör moleküllerin tahmini: Moleküler yanaştırma yöntemiyle SARS-CoV-2 spike proteini, insan ACE2 proteini ve SARS-CoV-2 NsP16 hedeflenmesi
ONUR ÖZER
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MERT GÜR
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY