Geri Dön

Caenorhabditis elegans oosit ve embriyolarında global mikroRNAom profillerinin analizi

Analisis of global mikroRNAome profiles in Caenorhabditis elegans oocyte and embryos

PDF İndir

  1. Tez No: 352455
  2. Yazar: SELEN GÜÇLÜ
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ARZU ATALAY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 130

Özet

Pek çok organizmada oosit-embriyo geçişi transkripsiyon ve translasyon yokluğunda gerçekleşir. Dolayısı ile fertilizasyon ve erken embriyonik bölünmeler, oogenez sırasında sentezlenen ve olgun oositlerde depolanan maternal mRNA ve proteinlerle sağlanır. Erken embriyoda somatik blastomerlerin farklılaşması ve eşey hücre öncülü hücrelerin (germline) özelleşmesi için somatik blastomerlerden totipotensi programının silinmesi ve zigotik transkripsiyonun başlaması gerekir. Caenorhabditis elegans embriyosunda maternal proteinlerin somatik blastomerlerde nasıl yıkıldığı tanımlanmıştır (DeRenzo et al. 2003). Ancak C. elegans erken embriyosunda, maternal transkriptlerin somatik blastomerlerden nasıl uzaklaştırıldığı bilinmemektedir. Bu tez çalışmasında C. elegans germline ve erken embriyolarının ? zigotik genom aktivasyonu öncesi ve sonrası- miRNA profilleri yüksek işlem hacimli pirosekanslama ve miRNA mikroarray teknolojileri kullanılarak oluşturulmuştur. Böylece hem oosit-embriyo geçisinde rol oynayan miRNAlar tanımlanmaya çalışılmış hem de C. elegans erken embriyosunda maternal mRNA yıkımında mikroRNAların rolü olup olmadığının belirlenmesi amaçlanmıştır. Oositte ifade edilen miRNAlar (totipotensi ile ilişkili maternal miRNAlar), 2-blastomerli embriyoda ifade edilen miRNAlar (zigotik genom aktivasyonu öncesi), 8-blastomerli embriyoda ifade edilen miRNAlar (zigotik genom aktivasyonu sonrası) ve gastrulasyon öncesi erken evre karışık miRNAların ifade seviyeleri kıyaslanarak çarpıcı artış-azalış gösteren aday miRNAlar belirlenmiştir. PCR ile ifade seviyelerinin doğrulamasından sonra, biyoinformatik araçlar kullanılarak mikroRNAların hedeflediği mRNAlar tespit edilmiş ve yolak analizleri gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmada tanımlanan miRNAların detaylı analizi, oosit-embriyo geçişi, erken embriyonik gelişimin düzenlenmesi, somatik blastomerlerin farklılaşması ve totipotentlik statüsünün idamesi gibi süreçlere ışık tutacaktır.

Özet (Çeviri)

In many organisms, the transition from oocyte to embryo occurs in the absence of transcription and translation. Therefore, early developmental programs rely on maternal mRNAs and proteins which are synthesized during oogenesis and used during fertilization and early embryonic divisions. For an early embryo, it is vital to clear totipotency programme in the somatic blastomeres and start zygotic transcription in order to maintain proper embryonic development, differentiation of somatic lineages and germline specification. How maternal proteins are degraded in the somatic blastomeres of C. elegans embryos has been described (DeRenzo et al. 2003). In contrast, virtually nothing is known how maternal transcripts are cleared from the soma of early embryo in worms. By using high-throughput pyrosequencing and miRNA microarray technologies, miRNAs from C. elegans germline and early embryos -before and after zygotic genome activation- were sequenced and miRNAome profiles were generated in this thesis study. The aim of this study is to analyze the miRNAome profiles in C.elegans oocytes and early embryos and to determine whether microRNAs have role in maternal mRNA degradation in C.elegans in the early embriyo. Germline miRNAs (totipotency associated maternal miRNAs), 2-blastomere stage embryo miRNAs (before zygotic genome activation), 8-blastomere stage miRNAs (after zygotic genome activation), mixed stage miRNAs (before gastrula stage) were compared in order to identify differentially expressed miRNAs. After selection and PCR validation of the candidate miRNAs, downstream targets were identified by using bioinformatic tools and pathway analysis was performed. Further analysis of the identified miRNAs during this study will provide a better understanding of oocyte-embryo transition, regulation of early embryonic development, germline-soma differentiation and maintenance of totipotency status.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    636186

    A novel rotationally oscillating micro drill for microinjection operations

    Mikroenjeksiyon operasyonları için yeni bir rotasyonel osilasyonlu mikro delici

    HANDAN NAK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kontrol ve Otomasyon Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ FUAT ERGENÇ

  2. Tez No

    504803

    Çeşitli nanopartiküllerin Allium cepa ve Caenorhabditis elegans test sistemlerinde toksik, genotoksik ve sitotoksik etkilerinin araştırılması

    The investigation of toxic, genotoxic and cytotoxic effects of various nanoparticles in Allium cepa and Caenorhabditis elegans test systems

    GAMZE ATACI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyolojiCumhuriyet Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞİFA TÜRKOĞLU

  3. Tez No

    679838

    Mikroakışkan aygıtta C. elegans için taurin takviyesi etkisinin incelenmesi

    Investigation of taurin supplementation effect for C. elegans in microfluidic device

    ELİF DİLARA ALPAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Mühendislik Bilimleriİzmir Demokrasi Üniversitesi

    Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA KOCAKULAK

  4. Tez No

    873247

    Longevity and circadian rhythm in Caenorhabditis elegans: The impact of lithium chloride

    Caenorhabditis elegans'ta yaşam süresi ve sirkadiyen ritim: Lityum klorürün etkisi

    ELİF SENA TEMİRCİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Genetikİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEYMUR JAHANGIROV

    DOÇ. DR. AYÇA ARSLAN ERGÜL

  5. Tez No

    397277

    Potential role and application of trehalose in the mirna dependent embryonic development of caenorhabditis elegans

    Caenorhabditis elegans organizmasında trehalozun mirna ilişkili embriyonik gelişimdeki olası rolü

    EKİN GÜNEY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. FUNDA ŞAR

Geri Dön