Sporadik kolorektal kanser vakalarında genom ebadında kopya sayısı değişimlerinin ve transkriptom profilinin belirlenmesi ile kanserin gelişmesinde ve ilerlemesinde etken yeni genlerin tanımlanması
Identification of new gene and gene groups involved in cancer development and progression through genome-wide copy number variation analysis and transcriptome profiling in sporadic colorectal cancer cases
- Tez No: 352469
- Danışmanlar: PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Tıbbi Biyoloji, Biotechnology, Genetics, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 357
Özet
Kanser, sık görülmesi ve mortalitesinin yüksek olması bakımından dünyanın en önemli halk sağlığı sorunlarının başında gelmektedir. Kolorektal kanser ise maligniteler içinde mortalitede akciğer ve meme kanserinden sonra üçüncü sırada yer almaktadır. Kanser vakalarının büyük çoğunluğunda olduğu gibi kolorektal karsinomlarda da vakaların önemli bir kısmını (%85-90) sporadik olguların oluşturduğu bilinmektedir. Karsinogenez sürecine iyi bir model teşkil eden bu kanser, yaygın görülmesinin de etkisiyle araştırmalara sıklıkla konu olmuştur. Ancak heterojen yapısı, poligenik ve çok basamaklı doğası kanserin başlangıç, ilerleme ve yayılmasının altında yatan moleküler mekanizmalarda karanlıkta kalan pek çok nokta bırakmıştır. Ayrıca yaygın görülen bu kanser türünde prognostik ve terapötik hedeflere olan ihtiyaç her geçen gün artmaktadır. Bu noktadan yola çıkarak planladığımız çalışmada tümör hücrelerindeki bozulmuş gen ekspresyon paterninin ve tümörigenezis boyunca oluşan spesifik genomik değişikliklerin belirlenmesi ve entegre edilmesi kapsamında kanserin ortaya çıkış ve ilerleyiş mekanizmalarının altında yatan gerçeklerin tespit edilmesi, yeni prognostik ve terapötik hedeflerin tanımlanması amaçlanmıştır. Bu çalışmada 50 sporadik kolorektal kanser vakasının rezeksiyon materyellerinden alınan kesitlerden manuel mikrodisseksiyon ile ayrılmış tümör ve normal hücrelerinden (tümör/normal toplam 100 örnek) izole edilmiş DNA ve RNA örnekleri ile genom ebadında genom ve transkriptom profili çıkarılmış olup; gen ekspresyon profilleri ile array bazlı komparatif genomik hibridizasyon sonuçları biyoinformatik analizlerin ardından ortak gen bölgelerinin tespit edilebilmesi için entegre edilmiştir. Bu tez çalışması, öngörülen metodolojinin kapsamı ve entegre tasarım yaklaşımı ile birlikte sporadik kolorektal kanseri bir bütünlük içinde inceleyen ilk çalışmadır. Genom ebadında gen ifade analizleri sonucunda tümör-kontrol karşılaştırmasında en az 2 kat değişim ile 346 genin ifadesinde artma gözlenirken 576 genin ifadesinde azalma olduğu belirlenmiştir (p
Özet (Çeviri)
Cancer being a frequently seen disease with a high mortality rate is one of the most important public health problem. On the other hand colorectal cancer has the third highest mortality rate after lung and breast cancer. Most of the colorectal cancer cases (85-90%) are sporadic cases like most of other cancers. Colorectal cancer constituting a good model for carcinogenesis studies is thus a highly studied area. However its heterogenous, polygenic and multistep nature still leaves many dark spots in the molecular mechanisms underlying the initiation, progression and spreading of cancer. Besides for this common cancer type the need for novel prognostic and therapeutic targets is ever growing. Thus, in this dissertation, our strategy was to initially determine the gene expression profile and then specific genomic alterations in tumour cells followed by the integration of these two datasets. Our aim was to identify novel prognostic and therapeutic targets to determine the facts explaining the mechanism of cancer initiation and progression. In this study the genome and transcriptome profile of manually microdissected normal and tumour cells of 50 sporadic colorectal cancer cases was determined. Following bioinformatics analyses gene expression profiles and array CGH analyses results were integrated to identify common gene loci. This dissertation with its methodological strategy and integrated analysis scheme is the first study analyzing sporadic colorectal cancer as a whole. The gene expression profile analysis of tumour vs control 346 genes were found to be upregulated whereas 576 genes were found to be downregulated (min. 2 fold, p
Benzer Tezler
- Sporadik kolorektal kanser vakalarında genom ebadında tek nükleotit polimorfizm profilinin belirlenmesi ile yeni genetik yatkınlık genlerinin ve kanserin gelişmesinde etken olan genlerin belirlenmesi
Determination of new genetic predisposition genes and genes involved in cancer progression through genomewide SNP profiling in sporadic colorectal cancer cases
DİLAY ÇIĞLIDAĞ DÜNGÜL
Doktora
Türkçe
2011
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HİLAL ÖZDAĞ
- Sporadik kolorektal kanser ile ilişkilendirilmiş aday genlerin incelenmesi
Investigation of candidate sporadic colorectal cancer related genes
ÖZGE CUMAOĞULLARI
Doktora
Türkçe
2017
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ
- Mikrosatellit instabil kolorektal tümörlerde lenf nodu metastaz varlığı ve buna etki eden klinikopatolojik verilerin değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
BİLGE BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
PatolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARMAĞAN GÜNAL
- Kolon kanserli hastalarda tümörün immünohistokimyasal olarak CDX2, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 PMS2 boyanma paterninin ve morfolojik özelliklerinin sağkalım ile ilişkisinin belirlenmesi
Başlık çevirisi yok
BAHAR SARI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
PatolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
UZMAN ÇAĞLAR ÇAKIR
- Identification of the roles played by IKKε in hepatocellular and colorectal carcinogenesis
Hepatosellüler ve kolorektal karsinogenezde IKKε'un oynadığı rollerin belirlenmesi
UĞUR KAHYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Bilim ve Teknolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN İSMAİL GÖKTUNA