Geri Dön

Sporadik kolorektal kanser vakalarında genom ebadında tek nükleotit polimorfizm profilinin belirlenmesi ile yeni genetik yatkınlık genlerinin ve kanserin gelişmesinde etken olan genlerin belirlenmesi

Determination of new genetic predisposition genes and genes involved in cancer progression through genomewide SNP profiling in sporadic colorectal cancer cases

PDF İndir

  1. Tez No: 301039
  2. Yazar: DİLAY ÇIĞLIDAĞ DÜNGÜL
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. HİLAL ÖZDAĞ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Aile temelli genom boyu asosiyasyon çalışması, C-TDT, SPRT, kolorektal kanser, Family based genome-wide association study, C-TDT, SPRT, colorectal cancer
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 128

Özet

Kolorektal karsinomalar, Batı'da, akciğer ve meme karsinomalarından sonra en sık ölüme neden olan malignite grubunu oluşturmakta ve insidansı birçok ülkede artış göstermektedir. Kolorektal kanserde beş yıllık yaşam şansı yaklaşık %40 kadardır. Olguların büyük kısmının (%85-90) sporadik olduğu, % 10-15'lik küçük bir grubun ise herediter sendromlar kapsamında geliştiği bilinmektedir.Kanser hastalığının yaklaşık olarak %10-15'i ailesel özellik gösterirken kalan %85-90'ı sporadik olarak ortaya çıkmaktadır. Ailesel kanserlerin ortaya çıkışına neden olan genlerin birçoğu bağlantı analizleri ile saptanmıştır. Ancak kanser vakalarının büyük bir çoğunluğunu oluşturan sporadik kanserin görüldüğü bireylerde, genetik yatkınlığa neden olan gen bölgelerinin saptanmasında diğer kompleks, multifaktöryel hastalıklarda olduğu üzere asosiyasyon çalışmaları yürütülmektedir. Asosiyasyon çalışmalarının önündeki en büyük sıkıntılardan biri olan popülasyon stratifikasyonu ise aile bazlı çalışma tasarımları ile çözümlenmektedir.Aile temelli genom boyu asosiyasyon çalışması analizi için en az 200 trionun gerekliliğini vurgulayan TDT yaklaşımının aksine 200'den daha az sayıda trio ile aile temelli genom boyu asosiyasyon çalışması analizlerinin yapılabileceği ekibimiz tarafından daha önce geliştirilen SPRT analizi ile gösterilmiştir. Bu tez kapsamında elde edilen 51 trio dan oluşan veri SPRT yaklaşımı ile analiz edilmiştir.Tez çalışması kapsamında sporadik kolorektal kanser vakaları ve herbir vakanın anne ve babasının periferal kanlarından elde edilen DNA örnekleri ile genom boyu asosiyasyon çalışması yürütülmüştür. Çalışma sonunda toplanmış olan 51 trio ve 33 duo elde edilen bilginin analizi sonucunda kolorektal kanser ile asosiyasyon gösteren aday genetik yatkınlık gen bölgeleri saptanmıştır. Bu bölgeler SPRT ile tespit edilen 1p36.12, 3p22.3, 5q11.2, 11q22.1, 20p12.1 ve C-TDT ile tespit edilen 2p16.3, 2p22.3, 2q14.1, 2q22.1-2q22.2, 3p26.1, 4q28.3, 4q34.3, 5p15.2, 5q34, 6q16.3, 8q24.3, 9p21.3, 11q14.1, 11q22.1, 14q12, 14q31.3, 14q32.2 kromozom bölgeleridir.Ayrıca yapılan kopya sayısı değişiklikleri (Copy Number Variation, CNV) analizi ile 4q13.2, 9p12, 15q11.1-15q11.2 kromozom lokuslarında çeşitli baz çifti uzunluklarındaki bölgelerde delesyonlar ve 2q11.1, 17q21.31, 19p13.2, Xq21.2, Xq28, Xp11.23 lokuslarında ise yine farklı uzunluklardaki bölgelerde amplifikasyonlar saptanmıştır.

Özet (Çeviri)

Colorectal cancers show the third highest mortality rate after lung and breast cancer in Western countries. Its incidence increases in most of the countries. Five year survival rate of colorectal cancer is 40%. It is known that while 85 to 90 % of the colorectal cancer cases are sporadic the remaining 10 to 15% are familial.Cancer, a genetic disease, arises in any tissue because of many factors through a multistep process. Because of these characteristics cancer has a heterogenous profile which makes its mechanism difficult to reveal and explain. While 10-15% of this disease is hereditary the remaining 85-90% is sporadic. Most of the genes causing hereditary cancers have been identified through linkage analysis. Meanwhile genetic predisposition to sporadic cancer cases which constitutes most of cancer cases has been studied by association studies as in other complex and multifactorial diseases. Population stratification, one of the most important problem in association studies, has been solved using family based designs.Within the frame of this project primarily a novel approach previously developed by our group adapting SPRT analysis to family based association analysis was used. SPRT contrary to TDT which requires at least 200 trios in order to conduct a family based association study, has the ability to conduct a reliable association analysis using less than 200 trios. 51 trios which were obtained in this thesis were analysed by SPRT.In this study genome-wide association studies were conducted using DNA samples extracted from peripheral blood samples of sporadic colorectal cancer cases and their healthy parents. As a result of the data obtained from 51 number of trios and 33 number of duos novel candidate genetic susceptibility loci to colorectal cancer were identified. The loci detected by SPRT are 1p36.12, 3p22.3, 5q11.2, 11q22.1, 20p12.1 and loci detected by C-TDT are 2p16.3, 2p22.3, 2q14.1, 2q22.1-2q22.2, 3p26.1, 4q28.3, 4q34.3, 5p15.2, 5q34, 6q16.3, 8q24.3, 9p21.3, 11q14.1, 11q22.1, 14q12, 14q31.3, 14q32.2 respectively.Also various length of deletions and amplifications are detected by copy number variation (CNV) analysis. The amplified loci are 2q11.1, 17q21.31, 19p13.2, Xq21.2, Xq28, Xp11.23 and deleted loci are 4q13.2, 9p12, 15q11.1-15q11.2.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    352469

    Sporadik kolorektal kanser vakalarında genom ebadında kopya sayısı değişimlerinin ve transkriptom profilinin belirlenmesi ile kanserin gelişmesinde ve ilerlemesinde etken yeni genlerin tanımlanması

    Identification of new gene and gene groups involved in cancer development and progression through genome-wide copy number variation analysis and transcriptome profiling in sporadic colorectal cancer cases

    NEVİN BELDER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ

  2. Tez No

    485159

    Sporadik kolorektal kanser ile ilişkilendirilmiş aday genlerin incelenmesi

    Investigation of candidate sporadic colorectal cancer related genes

    ÖZGE CUMAOĞULLARI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ

  3. Tez No

    841055

    Mikrosatellit instabil kolorektal tümörlerde lenf nodu metastaz varlığı ve buna etki eden klinikopatolojik verilerin değerlendirilmesi

    Başlık çevirisi yok

    BİLGE BAYRAM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    PatolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ARMAĞAN GÜNAL

  4. Tez No

    487048

    Kolon kanserli hastalarda tümörün immünohistokimyasal olarak CDX2, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 PMS2 boyanma paterninin ve morfolojik özelliklerinin sağkalım ile ilişkisinin belirlenmesi

    Başlık çevirisi yok

    BAHAR SARI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    PatolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı

    UZMAN ÇAĞLAR ÇAKIR

  5. Tez No

    519412

    Identification of the roles played by IKKε in hepatocellular and colorectal carcinogenesis

    Hepatosellüler ve kolorektal karsinogenezde IKKε'un oynadığı rollerin belirlenmesi

    UĞUR KAHYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Bilim ve Teknolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN İSMAİL GÖKTUNA

Geri Dön