Geri Dön

Burgazada, Büyükada, Heybeliada ve Kınalıada topraklarından aktinomiset izolasyonları ve moleküler tiplendirilmeleri

Isolated of actinomycetes from Burgazada, Buyukada, Heybeliada and Kinaliada, and molecular identification

PDF İndir

  1. Tez No: 354439
  2. Yazar: SALİH SARICAOĞLU
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. KAMİL IŞIK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bölümü
  12. Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 180

Özet

Bu çalışmada, Marmara Bölgesi'nde bulunan Burgazada, Büyükada, Heybeliada ve Kınalıada'nın 9 farklı lokalitesinden alınan toprak örneklerinden aktinomiset izolasyonu gerçekleştirilmiştir. İzolatların 16S rRNA bölgesine ait nükleotit dizileri elde edilmiş ve filogenetik analizlerle moleküler tiplendirilmeleri yapılmıştır. Toprak örneklerine dilüsyon plaka, sükroz gradient ve % 1.5'luk fenol yöntemleri uygulanarak beş farklı besiyeri ortamı kullanılmış ve test suşlarının izolasyonu gerçekleştirilmiştir. İzole edilen 142 organizma içerisinden 62 organizmanın 16S rRNA gen bölgesinin PZR çalışmaları tamamlanmıştır. 16S rRNA gen bölgesi nükleotit dizi analizi sonuçlarına göre izolatların Actinomadura, Agromyces, Geodermatophilus, Kribbella, Micromonospora, Nocardia, Nonomuraea, Rhodococcus ve Strepromyces olmak üzere 9 farklı aktinomiset cinsinin üyesi oldukları belirlenmiştir. Mega 5 paket programı kullanılarak bu izolatlar içerisinden 45 tanesinin en yakın tip türleri ile filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. PHYDIT programı kullanılarak izolatların en yakın tip türleri ile yüzde benzerlik ve nükleotit farklılık tabloları oluşturulmuştur. Mega 5 programı kullanılarak oluşturulan dendogramlar ve PHYDIT programı ile oluşturulan tabloların verileri birlikte yorumlanarak yeni tür olma ihtimali yüksek olan izolatlar belirlenmiştir. 16S rRNA gen bölgesi filogenetik analizlerine göre; B2F13 (Actinomadura sp.), H1R4, H2R15 (Nonomuraea sp.), K1R19 (Rhodococcus sp.), K2R35 (Micromonospora sp.), K2R76, K2R77, Z1R7, Z1R34, Z2S13 (Strepromyces sp.) ve Z2R53 (Geodermatophilus sp.) izolatlarının olası yeni türler olarak ülkemiz adalarından literatüre girecekleri tahmin edilmektedir.

Özet (Çeviri)

In this study, actinomycetes isolation from soil samples taken from nine different localities of Burgazada, Büyükada, Heybeliada and Kınalıada in Marmara Region was carried out. 16S rRNA gene sequence data of isolates was obtained and molecular typing by phylogenetic analyses was performed. Isolation of test strains was performed by applying dilution plate, sucrose gradient and %1.5 phenol treatment to soil samples using five different media. Out of 142 isolates, PCR amplification of 16S rRNA gene region of 62 isolates was completed. With respect to 16S rRNA gene sequence analyses, the isolates were determined to belong to the genera of Actinomadura, Agromyces, Geodermatophilus, Kribbella, Micromonospora, Nocardia, Nonomuraea, Rhodococcus and Strepromyces. Phylogenetic analyses of 45 isolates with the closest type species were performed by using MEGA 5 pocket programme. Similarity indices and nucleotide differences tables of isolates compared to the closest type species were constructed by using PHYDIT programme. The isolates probably new for the literature were determined by interpreting data obtained from dendrograms constructed by MEGA 5 and tables composed by PHYDIT. According to the phylogenetic analyses of 16S rRNA gene region, the isolates of B2F13 (Actinomadura sp.), H1R4, H2R15 (Nonomuraea sp.), K1R19 (Rhodococcus sp.), K2R35 (Micromonospora sp.), K2R76, K2R77, Z1R7, Z1R34, Z2S13 (Strepromyces sp.) and Z2R53 (Geodermatophilus sp.) from our country's islands are estimated to have potential to be novel for the literature.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    619794

    İstanbul Burgazadası'nda jeofizik veriler kullanılarak deprem-zemin etkileşiminin incelenmesi

    Investigation of earthquake-soil interaction by using geophysical data in İstanbul Burgazadası

    ARAL BENLİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Jeofizik Mühendisliğiİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Jeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERHAT ÖZÇEP

  2. Tez No

    520277

    Burgazada Metamorphosis Manastır Kilisesi ve çevresinin koruma önerisi

    The conservation proposal of the Metamorphosis Monastery' s Church and its environment

    FİLİZ AYAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YEGAN KAHYA SAYAR

  3. Tez No

    353644

    İstanbul adaları peyzajında kültürel dinamiklerin etkisiyle oluşan değişimlerin değerlendirilmesi

    Evaluation of changes occured by cultural dynamic effects on landscape of Istanbul islands

    ELVAN ADA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Peyzaj Mimarlığıİstanbul Üniversitesi

    Peyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TEVFİK HAKAN ALTINÇEKİÇ

  4. Tez No

    304356

    Metropol'ün adası: Heybeliada'nın değişen gündelik yaşam pratikleri üzerinden sosyolojik analizi

    Metropol's island: A sociological analysis of Heybeliada, from the everyday practice of life

    FATMA COŞKUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    SosyolojiMimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesi

    Sosyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YILDIRIM ŞENTÜRK

  5. Tez No

    411574

    İstanbul Prens adalarının doğal yapı eşiklerinin saptanması ve planlama açısından değerlendirilmesi

    Determination of Istanbul Prince island's natural structure threshold and the evaluation within the planning context

    NESLİHAN BARIŞ KARATEKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Şehircilik ve Bölge PlanlamaYıldız Teknik Üniversitesi

    Şehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMRA ATABAY

Geri Dön