Moleculer analysis of a unique type of S(alfa)-thallassemia
Yeni bir S(alfa)-talasemi çeşidinin moleküler analizi
- Tez No: 35482
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: 8p-Talasemi, Ay Yükselticisi, Ay Yükseltici Mutasyonu, Fötal Globin Genleri, p-Globin Gen Topluluğu, Hemoglobin Dönüşümü, Sabit Transfeksiyon, Fonksiyonel Ekspresyon Eşeyi, MEL Hücreleri, DNA, Mutasyon, Proteinler, Yükselticiler, 8p-Thalassemia, Ay Enhancer, Ay Enhancer Mutation, Fetal Globin Genes, p-Globln Gene Cluster, Hemoglobin Switching, Stable Transfection, Functional Expression Assay, MEL Cells. Science, DNA, Mutation, Proteins, Amplifiers
- Yıl: 1994
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZ YENİ BİR SP-TALASEMİ ÇEŞİDİNİN MOLEKÜLER ANALİZİ BALTA, Günay Doktora Tezi, Biyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Semra KOCABIYIK Kasım, 1994, 159 sayfa. Çin'li bir ailede tanımlanan yeni bir Sp-talasemi çeşidinde, P-globin gen topluluğunda herhangi bir delesyon veya yeniden düzenlenme olmaksızın, Gy ve Ay-globin genlerinin her ikisininde yüksek oranda ekspres olduğu bulunmuştur. Sözkonusu 8J3-talasemi durumunda, P-globin zincirinin düşük oranda yapımına, bu genin promotor TATA kutusunda bulunan bir mutasyonun neden olduğu gösterilmiştir. Öteyandan, fötal globin bölgesinin DNA nükleotid dizilim analizlerinde, Ay-globin geninin varsayılan yükseltici“enhancer”elementinde bir C bazının T 'e dönüştüğü gösterilmiştir. Bu çalışmada, varsayılan Ay yükselticisinin Y-gl°Dln geni regulasyonundaki rolünü ve C 'den T bazına dönüşümün Ay yükseltici elementinin aktivitesi üzerindeki etkisini araştırmak amacıyla yeni bir fonksiyonel ekspresyon sistemi geliştirilmiştir. Ayrıca, aynı sistem kullanılarak hemoglobin dönüşümünde yarışma modelide fare eritrolökemik hücrelerinin (MEL) erişkin eritroid ortamında test vıedilmiştir. Bu amaçla bir seri ekspresyon konstraklan hazırlanmış olup, bunlar MEL hücrelerinin sabit transfeksiyonunda kullanılmıştır. Bu çalışmada sunulan data, ilk defa, varsayılan Ay yükseltici elementinin y-globin geninin ekspresyonunda gerçekte bir yükseltici gibi rol oynadığını göstermektedir. Mutant enhansır aktivitesinin analizi ise, bu deney koşulları altında, ilgili mutasyonun yükseltici aktivitesini tamamen yok ettiğini ortaya koymaktadır. Burada verilen sonuçlar, adıgeçen erişkin eritroit hücrelerinin, insan fötal y ve erişkin p-globin genlerinin her ikisininde aynı anda transkripsiyonuna rahatlıkla olanak verdiğini göstermektedir. Transjenik farelerde gözlenen y ve J3-globin genlerinin ekspresyon için olan rekabetleri, sabit transfekte MEL hücrelerinde gözlenememektedir. Sözkonusu mutasyonun Ay yükseltici activitesi üzerindeki gözlenen etkisinin moleküler mekanizmasını aydınlatmak amacıyla, ayrıca, mutasyon çevresindeki DNA nükleotid dizilerinin, eritroit ve eritroit olmayan hücrelerin çekirdek proteinleriyle olan etkileşimide incelenmiştir. In vitro“DNase I footprinting”deneylerinden elde edilen sonuçlar, adıgeçen mutasyonun, eritroit çekirdek eksraktmda bulunan yeni bir proteinin bağlandığı bölgede yer aldığını göstermiştir. Bu proteinin ilgili DNA bölgesine bağlanması, GATA-I proteininin yakındaki bir bölgeye bağlanmasına bağlıdır. Bu mutasyon, yeni çekirdek proteinin kendi DNA bölgesine bağlanmasını engellememekle birlikte, bağlanma afinitesi üzerindeki daha hassas etkileri ve bölgeye farklı bir proteinin bağlanma olasılıklanda gözardı edilmemelidir. vii
Özet (Çeviri)
ABSTRACT MOLECULAR ANALYSIS OF A UNIQUE TYPE OF 5P-THALASSEMIA BALTA, Gûnay Ph. D in Biology Supervisor: Assoc. Prof. Dr. Semra KOCABIYIK November, 1994, 159 pages A unique type of 8p-thalassemia was previously described in a Chinese family characterized by the overexpression of both the Gy and Ay-globin genes in the absence of a major deletion or rearrangement in the p-globin gene cluster. In this 5p-thalassemia, a promoter mutation in the“TATA”box of the p-globin gene was shown to be responsible for the decreased production of p-globin chains. Also, a C to T substitution within the putative enhancer element of ?^y-globin gene was shown by DNA sequence analysis of fetal globin domain. In the present study, a novel functional expression assay was developed to investigate the role of the putative Ay enhancer in the regulation of y-globin gene and the effect of the C to T substitution on the activity of the Ay enhancer element. By use of this system, the competition model of hemoglobin switching was tested in adult erythroid environment of mouse erythroleukemia (MEL) cells, as well. To this end, a series of expression constructs iiiwere prepared and used to generate stable pools of the transfected MEL cells. The data presented in this study demonstrated, for the first time, that the putative Ay enhancer element acts indeed as an enhancer in y-globin gene expression. Analysis of the activity of mutant enhancer showed that the mutation completely eliminated enhancer activity under this assay conditions. The results reported here also revealed that these adult erythroid cells readily trancribed both human fetal y and adult P-globin genes. The competition between the y and p-globin genes for expression, that was seen in transgenic mice, could not be reproduced in the stably transfected MEL cells. The interaction of nuclear proteins from erythroid and nonerythroid cells with the DNA sequences surrounding the mutation was also studied to explore the molecular mechanism of the observed effect of the mutation on the Ay enhancer activity. The results of in vitro DNase I footprinting assays demonstrated that this mutation falls within a region that is occupied by a novel DNA- binding protein from erythroid nuclear extracts. The binding of this nuclear protein to DNA appears to be dependent on GATA-I binding to an adjacent site. The enhancer mutation does not abolish the ability of the newly identified factor to bind to its recognition sequence, but the possibility of a more subtle effect on the affinity of binding and occupancy of the region with a different protein should not be excluded. iv
Benzer Tezler
- Differential expression of proteins in active and inactive phases of Behçet's syndrome
Behçet sendromunun aktif ve inaktif fazlarında farklı protein ekspresyonları
KIYMET ASLI KİREÇTEPE AYDIN
Doktora
İngilizce
2019
Tıbbi Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Investigation of NFİB function and regulation of its putative target genes in human neural stem cell and SH-SY5Y neuroblastoma cell lines
İnsan sinir kök hücre ve SH-SY5Y nöroblastom hücre hatlarında NFIB işlevinin ve potansiyel hedef genlerinin regülasyonunun incelenmesi
BETÜL ULUCA
Doktora
İngilizce
2023
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUMBASAR
- Novel and potent drug design targeting erα and brca1 proteins against breast cancer via in silico methods
Meme kanserinine karşı erα ve brca1 proteinlerini bilgisayar destekli yöntemlerle hedef alan yeni ve etkili ilaç tasarımı
MELEK EZO POLATLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
GenetikKadir Has ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Genome-scale metabolic characterization of Alzheimer's disease brain with multi-omics data analysis
Multi-omik veri analizi ile Alzheimer hastalığı olan beyinin genom ölçekli metabolik karakterizasyonu
HATİCE BÜŞRA LÜLECİ
Doktora
İngilizce
2024
BiyomühendislikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUNAHAN ÇAKIR
- Kalikspirol bağlı yeni tip ftalosiyanin sentezi ve anyon bağlama özellikleri
Syntheses of a new type of phthalocyanine bearing calixpyrrole units and their anion bonding properties
ZEYNEP NESLİHAN EROL
