Single tree genetic linkage mapping of taxusbrevifolia nutt. Based on random applified polymorphic DNA (RAPD) markers using DNA from haploid megagametophytes
Taxus Brevifolia' nın haploid megagametofit DNA' larını kullanarak rastgele üretilen polimorfik DNA (RAPD) belirleyiciler yardımıyla tek ağaçta yapılan genetik bağlantı haritası
- Tez No: 35568
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ZEKİ KAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Pasifik porsuğu (Taxus brevifolia Nutt), Rastgele Üretilen Polimorfik DNA (RAPD) belirleyicileri, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR), Genetik Bağlantı Haritası, Pacific yew {Taxus brevifolia Nutt.), Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers, Polymerase Chain Reaction (PCR), Genetic Linkage Map. Science
- Yıl: 1994
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Bu çalışmada Pasifik Porsuğu {Taxus brevifolia Nutt) için rastgele üretilen polimorfik DNA belirleyicilerine (marker) dayanan bir genetik bağlantı haritası yapılmıştır. İlk olarak, tür için tekrarlanabilirliği ve güvenilirliği yüksek olan bir protokol oluşturabilmek amacıyla bir seri polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) optimizasyon deneyi uygulanmıştır. Bu deneylerde, PCR karışımı İçerisinde düşük primer konsantrasyonu (0.2 uM) ile birlikte yüksek MgCİ£ konsantrasyonu (5.5 mM) en iyi amplifikasyon ürünlerini oluşturmuşlardır. PCR ürünleri, şablon (template) DNA'ların 37 °C'de 3 saat 0.02 ug RNase / 1 ng DNA ile işleme tabii tutulmasıyla tam olarak iyleştirilmiştir. Takip eden deneyler sığır serum albuminin (BSA) de PCR ürünleri üzerine RNase ile aynı etkiye sahip olduğunu göstermiştir.Haritalamada, tek bir tohum ağacından elde edilen 39 tohuma ait haploid megagametofit DNA'ları kullanılmıştır. Bunlar arasından oluşturulan 6Tık bir alt grup ile 345 tane on-baz uzunluğundaki rastgele sırada oligonükleotid primer taranmıştır. Bunlardan 96 tanesi en az bir polimorfik lokus belirlemiştir. Bu polimorfik primerlerden 86 tanesinin tüm popülasyon üzerinde denenmesi ile beklenen 1:1 segregasyonu gösteren 102 RAPD genetik lokusu tanınmıştır. GMendel bilgisayar programı ile 0.40 rekombinasyon değeri ve 3.00 LOD değeri kriterlerine göre yapılan bağlantı analizi, 102 lokustan 41 tanesinin 17 bağlantı grubuna dağıtıldığını ve toplam 305.8 cM kapladığım göstermiştir. Daha fazla tokusun belirlenerek haritaya eklenmesiyle geri kalan 61 lokus da bağlantı gruplarına katılabilir. Daha somaki çalışmalarla geliştirildiği takdirde bu haritadan türün gen kaynaklarının kullanılması ve genetik ıslahı konularında çeşitli şekillerde yararlanılabilir.
Özet (Çeviri)
A genetic linkage map was constructed for Pacific yew (Taxus brevifolia Nutt.) based on randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. A series of optimization experiments were conducted to develop a highly repeatable and a reliable protocol for Pacific yew. In these experiments, high MgCİ£ concentration (5.5 mM ) together with a low primer concentration (0.2 um) in the polymerase chain reaction (PCR) mixture yielded the best amplification products. PCR amplification products were further improved by treating the template DNAs with 0.02 ug RNase / I ng DNA at 37 °C for three hours. Furthermore, the results of subsequent experiments indicated that BSA has the same kind of effect on PCR amplification as RNase. mThe segregating mapping populations consisted of 39 haploid megagametophytes from a single mother tree. DNAs from a subset of 6 megagametophytes were screened against 345 ten-base oligonucleotide primers of arbitrary sequence. Of the screened primers, ninety-six of them revealed at least one polymorphic locus. Eighty-six of these polymorphic primers were used with the entire set of megagametophyte DNAs and 102 loci were scored which segregated in the expected 1:1 ratio. Linkage analysis was conducted with computer program (GMendel) which showed that forty-one of 102 markers were distributed into 17 linkage groups and covered 305.8 cM. Linkage criteria of 0.40 recombination value and log likelihood ( LOD ) of 3.00 were used. Remaining 61 unlinked markers should be assigned to linkage groups as more markers are added to the map. This map can be used in a variety of ways in the gene resource management and the genetic improvement of the species.
Benzer Tezler
- Çiftlik hayvanlarında major genler. Bunların belirlenmesi, transferi ve endüstriyel kullanımı
Major genes in farm animals: Their identification, transfer and industrial utilization
İBRAHİM CEMAL
- Predictions of genetic merit in tree breeding using factor analytic linear mixed models and blended genomic relationship matrices
Başlık çevirisi yok
FUNDA ÖĞÜT
Doktora
İngilizce
2012
Ormancılık ve Orman MühendisliğiNorth Carolina State UniversityDR. FİKRET IŞIK
DR. ROSS WHETTEN
- Identification of disease related significant SNPs
Bir hastalığa ilişkin önemli tekli nükleotid polimorfizmlerin belirlenmesi
CEYDA SOL
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyomühendislikSabancı ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
YRD. DOÇ. DR. NİLAY NOYAN
- Comparison of sequencing and phylogenetic analysis of SARS-CoV-2 spike proteins extracted from patients and travelers in Duhok-Iraq
Duhok-Irak'ta hastalar ve yolculardan alınan SARS-CoV-2 spikeproteinlerinin dizilim ve filogenetik analizinin karşılaştırılması
OMAR MOHAMMED YOUNUS ALASADY
Doktora
İngilizce
2024
BiyolojiHarran ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARİF PARMAKSIZ
DOÇ. DR. AMER ABDALLA GOREAL
- Anadolu yükselti zincirlerinin soğuk seven formların yayılış ve türleşmesindeki rolü: Psorodonotus brunner von wattenwyl 1861 cinsinin türleşme ve filocoğrafyası
Role of the anatolian altitudinal chains on distribution and speciation of the cold adapted lineages: Phylogeography and speciation of psorodonotus brunner von wattenwyl 1861
SARP KAYA
