Comparison of sequencing and phylogenetic analysis of SARS-CoV-2 spike proteins extracted from patients and travelers in Duhok-Iraq
Duhok-Irak'ta hastalar ve yolculardan alınan SARS-CoV-2 spikeproteinlerinin dizilim ve filogenetik analizinin karşılaştırılması
- Tez No: 845229
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ARİF PARMAKSIZ, DOÇ. DR. AMER ABDALLA GOREAL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Harran Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 110
Özet
Arka Plan: İnsan sağlığı için önemli olan büyük bir Coronavirüs ailesi, tek sarmallı bir RNA virüsü olan SARS-CoV-2'yi içerir. Bu virüs şiddetli akut solunum sendromunun nedeniydi ve ilk kez 17 Kasım 2019'da insanlara bulaşabileceği tespit edildi. Amaçlar: Duhok'ta dolaşan SARS-CoV-2 virüslerinin soyunu, mutasyon kalıplarını, varyantlarını ve serotiplerini araştırmak. Epidemiyolojik kalıpların izini sürmek için valilik nüfusu ve bunları Türkiye'den sınırı geçen yolcularda tespit edilenlerle karşılaştırmak. Yöntemler: Duhok'ta yaşayan 700 kişiden ve Türkiye'den Duhok-Irak sınırını geçen 700 yolcudan nazofarenks sürüntüleri toplandı. Denekler rastgele örnekleme yoluyla toplandı ve demografik özellikler ve üst veya alt solunum yolu enfeksiyonlarının semptomları hakkında sorgulandı. Hariç tutma kriterleri, onaylanmış herhangi bir önceki enfeksiyonun COVID-19 aşılarıyla aşılanmasını içeriyordu. Numuneler RT-PCR'ye tabi tutuldu ve en yüksek viral yüke (en düşük Ct değerleri) sahip 30 pozitif numune, yeni nesil sekanslama (NGS) ile tam S geninin sekanslanması için seçildi. Varyantları, sınıfları ve soyları tanımlamak ve dizileri analiz etmek için Nextstrain, GISAID ve PANGO'nun üç platformu kullanıldı. Sonuçlar: 1400 katılımcıdan 353 (%25,21) pozitif örnek RT-PCR ile tanımlandı; bunlardan 30 temsili pozitif örnek (her gruptan 15: Hastalar ve gezginler) NGS kullanılarak S spike geninin tam dizilimi için gönderildi. Duhok sakinlerinden dokuz örnek ve gezginlerden on örnek dahil olmak üzere on dokuz örnek başarıyla sıralandı ve alındı. Nextclade sonuçları, 12 örneğin delta soyuna ait olduğunu (Pango soyları: B1.617.2.78, B1.617.2, B1.617.126 ve B.1.617.121) iki grup arasında dağıldığını, 5 omikron (BA.1.1) ve Gezginlerde 2 alfa (B.1.1.7) suşu tespit edildi. Benzersiz bir mutasyon tanımlanmadan 52'si eş anlamlı olmayan, 16'sı eşanlamlı ve 8'i silinmiş olmak üzere toplam 76 mutasyon tespit edildi. Sıralama sonuçları GISAID'e iletildi ve erişim numaraları alındı. GISAID'den Irak ve Irak dışı varyantlardan elde edilen diziler kullanılarak filogenetik bir ağaç oluşturuldu. Sonuçlar: Mevcut araştırma, dizileme sonuçlarına dayanarak SARS-CoV-2'nin Irak'taki genetik ve epigenetik durumunun bir tanımını ve gözlemini sunmaktadır. Çalışma, başak proteininin S1 bölgesinde reseptörlere viral bağlanmayı artırabilen mutasyonlar da dahil olmak üzere, ülkeye yeni varyantların getirilmesinde seyahatlerin etkisini ortaya çıkardı
Özet (Çeviri)
Background: ARS-CoV-2, which belongs to a broad family of Coronaviruses and is a single-stranded RNA virus, is of great importance in terms of its impact on human health. This virus is responsible for causing severe acute respiratory syndrome and was initially identified as being capable of transmitting from person to person on November 17, 2019. Objectives: The aim is to study the genetic lineage, patterns of mutations, different variations, and subtypes of the SARS-CoV-2 virus found in the population of Duhok Governorate, and to compare them with viruses discovered in people who have entered from Turkey to identify the epidemiological patterns and track their transmission routes. Methods: 700 residents of Duhok and 700 travelers from Turkey who crossed the border to Duhok-Iraq were asked about their demographic information and symptoms related to respiratory tract infections and underwent nasopharyngeal swabs. Participants who had been vaccinated against COVID-19 or had a previous infection were excluded. The samples were then subjected to RT-PCR, and 30 positive samples with the highest viral load (lowest Ct values) were selected for complete sequencing of the S gene using next-generation sequencing (NGS). Sequencing results: were submitted to GISAID, and accession numbers were obtained. A phylogenetic tree was constructed the study utilized sequences obtained from both Iraqi and non-Iraqi variants from GISAID to provide a description and observation of the genetic and epigenetic characteristics of SARS-CoV-2 in Iraq. The results highlighted the influence of travel in introducing new variants to the country, including those carrying mutations in the S1 domain of the spike protein, which could potentially enhance viral attachment to receptors.
Benzer Tezler
- Ülkemizde akut viral hepatit A enfeksiyonlu hastalardan elde edilen hepatit A virüsünün moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of hepatitis A virus isolated from acute infections in Turkey
DUYGU KOYUNCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. MİTHAT BOZDAYI
- Microbiota analysis in dishwashers by using the next generation sequencing
Bulaşık makinalarındaki mikrobiotanın belirlenmesinde yeni nesil dna dizi analiz tekniğinin kullanılması
DUYGU KAVADARLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEVİN GÜL-KARAGÜLER
PROF. DR. MELEK TÜTER
- Sığır ve insan respiratör sinsityal virusların filogenetik analizi ve sığırlardan respiratör sinsityal virusun izolasyonu
Phylogenetic analysis of bovine and human respiratory syncytial viruses and isolation of bovine respiratory syncytial virus
ÖZGE AYDIN
Doktora
Türkçe
2022
Veteriner Hekimliğiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaVeterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN YILMAZ
- Sivas yöresinden izole edilen francisella tularensis subsp. holarctica izolatlarının moleküler filogenetik analizi
Molecular phylogenetic analysis of francisella tularensis subsp. holarctica strains which isolated from Sivas region
SİNEM DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
MikrobiyolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET ATAŞ
- Irak'ın Anbar kentinde Hepatit B virüsünün moleküler çalışması ve hepatit genotiplemesi ile interlökinler ve hepatit arasındaki ilişkinin tespiti
Molecular study of Hepatitis B virus and detection of hepatitis genotyping as well as the relationship between interleukins and hepatitis in Anbar, Iraq
MOHAMMED SHAKIR MHMOOD AL-INIZI
Doktora
Türkçe
2024
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SONGÜL ŞAHİN
DR. ÖĞR. ÜYESİ LAİTH MUSLEH NAJEEB