Identification of interaction partners of unzipped, a novel cell adhesion molecule
Yeni hücre adhezyon molekülü unzipped'in etkileşim partnerlerinin belirlenmesi
- Tez No: 356971
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ARZU ÇELİK FUSS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 111
Özet
Beyin, birçok organizmanın vücudundaki en karmaşık organdır. Bu karmaşık yapının oluşumu aksonların doğru hedeflerini bulma yeteneğine bağlıdır. Aksonlar sinaptik bölgelerine doğru ilerlerken çekici veya itici olabilen işaretler tarafından yönlendirilmektedir. Akson hücre yüzeyindeki akson yönelim molekülleri ile rehber işaretler arasındaki negatif ve pozitif adhezyon, aksonların üzerinde uzadığı yolu belirlemektedir. Bazı aksonlar (öncü aksonlar) işaretler tarafından yönlendirilirken, diğerleri (takipçi aksonlar) önceden oluşmuş yolları takip etmektedir. Nöron ve glia hücrelerinde anlatılan yeni bir hücre adhezyon molekülü olan Unzipped (Uzip) Drosophila koku reseptör nöronlarının (KRN) doğru hedeflerine ulaşmalarında görev almaktadır. Unzipped, öncü nöronlarda anlatılmaktadır ve bu nöronlar gliadan gelen Uzip ile homofilik etkileşimle yönlendirilmektedir. Öncü nöronlarda bulunan Uzip?in, takipçi aksonlar üzerindeki diğer adhezyon molekülleri ile heterofilik etkileşimlerde bulundukları tahmin edilmektedir. Hipotezimizi kanıtlamak ve Unzipped?in yönelim işlevinin mekanizmasını anlamak amacıyla, Uzip?in etkileşim partnerlerini bulmayı amaçladık. Bu amaçla, ko-immünopresipitasyon deneyini takiben, kütle spektrometresi analizi gerçekleştirdik. Bu analizle bulunan proteinler arasında, dört aday ileri incelemeler için seçilmiştir: Hts, dFMR1, EPS15 ve Syn. Kütle spektrometresi sonuçlarını doğrulamak için yapılan ko-immünopresipitasyon deneyleri, bu adaylar ve Uzip arasında hiçbir fiziksel etkileşim göstermemiştir. Ayrıca, bu dört proteinin anlatım örüntüsünün incelenmesi, çoğu durumlarda, Hts dışındakilerin Unzipped ile kolokalize olmadıklarını ortaya koymuştur ve Hts?nin de etkileşim partneri olmadığı sonucuna varılması için daha fazla inceleme gerekmektedir. Bunun yanında, Uzip?in Drosophila sinir sistemi gelişim aşamalarındaki endojen anlatım örüntüsü, Flag-HA-işaretli Uzip füzyon proteinin anlatım örüntüsü incelenerek ortaya çıkarılmıştır.
Özet (Çeviri)
The brain is unquestionably the most sophisticated organ in bodies of many organisms. Establishment of this complex architecture depends on the ability of axons to find their proper targets. On their way to their synaptic sites axons follow guidance cues, which can be repulsive or attractive. Negative and positive adhesion between these guidance cues and axon guidance molecules on the cell surface of axons determine the path on which axons elongate. While some axons (pioneer axons) are steered by cues, some others (follower axons) follow the previously formed paths. Unzipped (Uzip), a novel cell adhesion molecule is expressed in neurons and glial cells and is involved in proper targeting of Drosophila olfactory receptor neurons (ORNs). Unzipped is expressed in pioneer neurons, which are guided by glia-derived Uzip through homophilic interaction. We hypothesize that Uzip localized to pioneer neurons interacts with other adhesion molecules on follower axons through heterophilic interactions. In an attempt to prove our hypothesis and understand the mechanism of Unzipped guidance function, we aimed to identify interaction partners of Uzip. For this purpose we performed co-immunoprecipitation assays followed by Mass spectrometry analysis. Among the proteins that were identified in this analysis, four candidates were selected for more detailed analysis: Hts, dFMR1, EPS15 and Syn. Co-IP experiments performed to validate the MS results did not reveal any physical interaction between these candidates and Uzip. Additionally, analysis of the expression pattern of these four proteins revealed that in most cases these do not co-localize with Unzipped, except for Hts where more detailed analyses are needed before excluding it as an interaction partner. Furthermore, the expression pattern of a Flag-HA-tagged Uzip fusion protein was analyzed throughout Drosophila nervous system development to reveal its endogenous expression pattern.
Benzer Tezler
- Identification of interaction partners of β1 Subunit of Na+/K+-ATPase Pump (NKA) in iIn-Vitro hypoxic cardiomyocytes
In-Vitro hipoksik kardiyomiyositlerde Na+/K+-ATPaz pompasının β1 alt ünitesi ile etkileşen pProteinlerin saptanması
BEYZA GÜRLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
FizyolojiAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiMedikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMEL BALOĞLU
- Identification of the interaction partners of anti-apoptotic BAG-1M isoform in breast cancer and breast epithelial cells
Anti-apoptotik BAG-1M izoformunun etkileşim partnerlerinin meme kanseri ve meme epitel hücrelerinde tanımlanması
NİSAN DENİZCE CAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- The role of CD3 delta interacting proteins in T cell receptor assembly and signaling
CD3 delta ile etkileşimde bulunan proteinlerin T hücresi reseptörü oluşumu ve sinyallemesindeki rolü
ŞAFAK IŞIL ÇEVİK
Doktora
İngilizce
2010
BiyomühendislikSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BATU ERMAN
- Identification of novel interaction partners of nuclear factor I B
Nükleer faktör I B'nin etkileşim partnerlerinin tanımlanması
AHMET ERDAL YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- Identification of interferon regulatory factor 4 (IRF4)-interacting proteins in melanoma cell lines
Interferon regulatory factor 4 (IRF4)'ün melanoma hücre hatlarındaki etkileşim partnerlerinin belirlenmesi
EKİN ECE ERKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE