Characterization of IRF4 dependency in melanoma cell lines
Melanoma hücre hatlarında IRF4 bağımlılığının karakterizasyonu
- Tez No: 356972
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NESRİN ÖZÖREN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 101
Özet
İnterferon düzenleyici faktör 4 (IRF4, aynı zamanda MUM1, LSIRF, NFEM5 ve ICSAT olarak da bilinir) B-hücrelerinin olgunlaşmasında ve farklılaşmasında önemli etkileri olan bir transkripsiyon faktörüdür. IRF4'un ilk olarak 'lenfositlere özgü IRF ailesi üyesi' ismiyle tanımlamasına karşın, melanositlerde de IRF4 anlatımı olduğu sonraki çalışmalarda gösterilmiştir. Yakın zamanda IRF4'un melanosit pigmentasyonunda rol aldığı tanımlanana kadar melanositlerdeki fonksiyonu bilinmemekteydi. Lenfositlerdeki önemli fonksiyonel işlevlerinin yanı sıra, IRF4 anlatımı birçok lenfoid kanseri ile ilişkili bulunmuştur. Örneğin, multipl mylelom (MM) ve aktifleşmiş B-hücre benzeri difuz büyük B-hücreli lenfoma (ABC-DLBCL) kanseri hücreleri yüksek miktarda IRF4 anlatımına sahiptir ve IRF4'a bağımlılıkları vardır, bu da eğer IRF4 susturulursa bu hücrelerin öleceği anlamına gelir. Şaşırtıcı şekilde, immünohistokimyasal çalışmalar ile melanoma örneklerinde lenfoid-olmayan kanser türlerine kıyasla dikkat çekici miktarda IRF4 seviyesine rastlanmıştır. Ek olarak, bazı genom ölçeğinde ilişkilendirme çalışmaları (GWAS) da IRF4 polimorfizmlerini melanoma ile ilişkilendirmiştir. Bu çalışmalar ışığında IRF4'un melanoma hücre hatlarındaki fonksiyonunu belirlemek için yola çıktık. İlk olarak halka açık gen anlatımı veritabanlarını kullanarak, lenfoid-olmayan kanserlere kıyasla, melanomalarda yüksek miktarda IRF4 anlatımı olduğunu doğruladık. Ayrıca in vitro deneyler ile; denediğimiz birçok melanoma hücre hattında dikkat çekici miktarda endojen IRF4 anlatımı olduğunu, diğer lenfoid-olmayan kanser hücre hatlarında da belirlenebilir seviyede bir anlatımı olmadığını teyit ettik. Daha sonra melanoma hücrelerinde, lentiviral enfeksiyon ve RNA interferaz sistemi kullanarak IRF4'u susturduk, ve hücrelerin rekabete dayanan sağlık durumlarında düşüş gözlemledik. Sonuçlarımız melanoma hücrelerinin, tıpkı MM ve ABC-DLBCL hücrelerinde gözlemlendiği gibi, IRF4'a karşı in vitro bağımlılığının olduğunu gösteriyor.
Özet (Çeviri)
Interferon Regulatory Factor 4 (IRF4, also known as MUM1, LSIRF, NFEM5, and ICSAT) is a transcription factor with important regulatory roles on B-cell matura-tion and differentiation. Although the first identification of IRF4 is as lymphocyte spe-cific IRF family member, its expression was later shown in melanocytes, with unknown functional roles, until its recently identified functions in pigmentation. Alongside its key functional roles in lymphocytes, IRF4 expression is shown to be associated with many lymphoid cancers. For example, multiple myeloma (MM) and activated B-cell like dif-fuse large B-cell lymphoma (ABC-DLBCL) cancer cells have high IRF4 expression lev-els and have non-oncogene addiction to IRF4, so that these cells die if IRF4 expression is knocked-down. Surprisingly, immunohistochemistry studies show remarkable IRF4 expression in melanoma samples compared to non-lymphoid cancer types. In addition, several genome wide association studies (GWAS) have also linked IRF4 polymorphisms to melanoma. In the light of these studies, we set out to identify the function of IRF4 in melanoma cell lines. First, by using publicly available gene expression databases we confirmed that IRF4 is highly expressed in melanomas, compared to the non-lymphoid cancers. We also validated that many melanoma cell lines we tested have remarkable endogenous IRF4 expression, while non-lymphoid cancer cell lines have no detectable expression. We then knocked-down IRF4 levels in melanoma cells by introducing short hairpin RNA (shRNA) using a lentiviral infection system and observed reduced com-petitive fitness upon IRF4 knock-down. Our results suggest that melanoma cells have non-oncogene addiction to IRF4 in vitro, similar to the observations in MM and ABC-DLBCL cells.
Benzer Tezler
- Investigation of IRF4-MEF2D protein-protein interaction inmelanoma cells
Melanoma hücrelerinde IRF4-MEF2D protein-protein etkileşiminin incelenmesi
LAILA SAMIR ABED HEDAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyokimyaBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
- NFAT and IRF4: The characterization of a new regulatory AXİS in SK-MEL-28 melanoma cell line
NFAT ve İRF4: SK-MEL-28 melanom hücre hattında yenı bir yolak tanımlanması
NALAN YILDIZ AYHAN
Doktora
İngilizce
2023
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
- Characterization of interferon regulatory factor 4 (İRF4) target genes in melanoma cell lines
Interferon regulatory factor 4 (İRF4) hedef genlerinin melanoma hücre hatlarında belirlenmesi
ERDEM YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Borlanmış AISI M35 ve AISI M42 çeliklerinin karakterizasyonu ve aşınma davranışlarının incelenmesi
Characterization of the boronized AISI M35 & M42 steels and investigation of the wear behavior
MEHMET KÜÇÜKKURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Metalurji MühendisliğiAfyon Kocatepe ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HALİL AYTEKİN
- RF saçtırma yöntemi ile biriktirilen CdS ve ZnS ince filmlerin karakterizasyonu ve heteroeklem üretiminde kullanılması
Characterization of CdS and ZnS thin films deposited by RF sputtering method and usage in the fabrication heterojunctions
CİHAT BOZKAPLAN
Doktora
Türkçe
2015
Fizik ve Fizik MühendisliğiDicle ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL AKKILIÇ