Identification of interaction partners of β1 Subunit of Na+/K+-ATPase Pump (NKA) in iIn-Vitro hypoxic cardiomyocytes
In-Vitro hipoksik kardiyomiyositlerde Na+/K+-ATPaz pompasının β1 alt ünitesi ile etkileşen pProteinlerin saptanması
- Tez No: 880623
- Danışmanlar: PROF. DR. EMEL BALOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizyoloji, Physiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Temel Bilimler Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kalpte NKA pompasının optimal aktivitesi aksiyon potansiyelinin, hücre içi gradyanların, elektriksel eşleşmenin ve kontraktilitenin korunması için gereklidir. Kalp yetmezliği olan hayvan modellerinden ve insanlardan alınan örneklerde pompa aktivitesi azalmaktadır. Bu azalma hücre içi Ca2+ yüklenmesine, diastolik disfonksiyona ve aritmiye neden olur. NKA aktivitesinin azalması pompa alt ünitelerinin ifadesindeki azalmayla ilişkilendirilmiştir. İskemik kalp hastalıklarında aktivitesi artan hipoksi ile indüklenebilir transkripsiyon faktörleri (HIF), hücrelerin düşük oksijen koşullarına adaptasyonunda önemli bir rol oynamaktadır. Bu tezin amacı, in-vitro hipoksik/iskemik kalp hastalığı modelinde β1-NKA alt ünitesinin hücre içindeki ifadesini ve etkileşim ortaklarını belirlemek, β1-NKAnın hücre içi dinamiklerinin hipoksi ile nasıl düzenlendiğini ve HIF-1α'nın bu süreçteki rolünü araştırmaktır. β1-NKAnın ekspresyonu normoksik (~%19O2), hipoksik (%1O2) ve HIF-1α gen ifadesi susturulmuş ve susturulmamış hücrelerden hazırlanan total hücre lizatlarında ölçüldü. Aynı lizatlardan β1-NKAya spesifik antikor kullanılarak immünpresipitasyon (IP) yapıldı, proteomik ve biyoinformatik analizlerle β1-NKA ile spesifik etkileşen proteinler ve dahil oldukları sinyal ileti yolakları tanımlandı. Bu proteinler co-IP ile doğrulandı. Sonuçlar β1-NKAnın ~42kDda görülen matur formunun ifadesinin hipokside HIF-1α aracılığıyla arttığını gösterdi. Biyoinformatik analizler β1-NKAnın bağışıklık sistemi, hücresel stres, hücre bölünmesi ve Golgi-ER transfer sistemi yolaklarında yer alan Cav-I, Twf-I, Hsp90β ile spesifik etkileştiğini ortaya çıkarttı. Bu proteinlerin β1-NKA ile etkileşimleri hipoksi ile artarken HIF-1α gen ifadesi silinmesi ile azaldı. Gelecek çalışmalarda bu proteinlerin β1-NKA aracılığı ile NKA aktivitesinde etkili olup olmadığının gösterilmesi gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Optimal activity of the NKA pump in the heart is essential for maintenance of action potential, intracellular gradients, electrical coupling, and contractility. Pump activity reduced in samples from animal models and humans with heart failure. This causes intracellular Ca2+ overload, diastolic dysfunction and arrhythmia. Decreased NKA activity was associated with decreased expression of pump subunits. Hypoxia-inducible transcription factors (HIF), whose activity increases in ischemic heart, are crucial in the adaptation of cells to low oxygen conditions. The aim of this thesis is to determine the intracellular expression and interaction partners of the β1-NKA in in-vitro hypoxic/ischemic heart disease model, to investigate how the intracellular dynamics of β1-NKA regulated by hypoxia and the role of HIF-1α in this process. β1-NKA expression was measured in total cell lysates prepared from normoxic (~19%O2), hypoxic (1%O2) and HIF-1α gene expression silenced and non-silenced cells. Immunoprecipitation was performed using β1-NKA-specific antibody from the same lysates, and proteins interacting with β1-NKA and the signal transduction pathways they were involved in were identified through proteomic and bioinformatics analyses. These interactions confirmed by co-IP. Results showed that expression of mature form in ~42kD of β1-NKA increased HIF-1α dependent in hypoxia. Bioinformatics analyzes revealed that β1-NKA specifically interacts with Cav-I, Twf-I, and Hsp90β, which are involved in immune system, cellular stress, cell division and Golgi-ER transfer pathways. Interactions of these proteins with β1-NKA increased with hypoxia, while decreased in HIF-1α silenced cells. Future studies need to indicate whether these proteins play role in NKA activity via β1-NKA.
Benzer Tezler
- AEBP1/ACLP'nin protein etkileşimlerinin belirlenmesi
Identification of protein interactions of AEBP1/ACLP
HASAN BASRİ KILIÇ
Doktora
Türkçe
2026
Moleküler TıpHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇETİN KOCAEFE
- Initial characterization of CXXC5 as a putative DNA binding protein
Potensiyel olarak DNA'ya bağlanan CXXC5 proteininin ön karakterizasyonu
PELİN YAŞAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
OnkolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUT MUYAN
- Establishment of cell lines with inducible expression of shRNA for an estrogen responsive gene
Östrojen duyarlı bir genin indüklenebilir shRNA ifadesi olan hücre hatlarının oluşturulması
BURCU KARAKAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT MUYAN
- Türkiye'deki konut sorununun çözümünde endüstrileşmiş yapım yöntemlerinin yeri ve hücre sistemi ile yapılan tasarımda değişebilirliğe yönelik bir çalışma
A Study on the importance of the industrialized building methods in handling the housing problem in Turkey and the changeability in the box-unit design
NEJDET TANATMIŞ
- Glaphyrinae altfamillyasına bağlı bazı türlerin teşhisinde dış morfolojik karakterlerin kullanılması üzerinde çalışmalar
The Research on the subfamilly of glaphyrinae and the usage of the external morphdosical characteristics for Identifying some of its species
B.VERDA AKA