Identification of protein partners of acidic calponin
Asidik calponin etkileşim içerisinde bulunduğu proteinlerin tanimlanmasi
- Tez No: 270389
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 72
Özet
Asidik calponin proteini kodlayan genin anlatımının farklı beyin tümörlerinde arttığı labımızda geliştirilen Oncoreveal adlı araç tarafından tespit edilmiştir. Bu sonuçlar farklı beyin dokuları kullanılarak teyit edilmiştir. Yayınlanmış olan makalelerde asidik calponin proteinin TGFß/BMP yolağında sinyal iletimini sağlayan Smad1/5 proteinleri ile etkileşim içerisine girerek bu yolağın çalışmasını engellediği tespit edilmiştir. TGFß/BMP yolağının çalışmasını artırarak beyin tümörlerinde azalma gözlenmesi bu yolak ile birlikte onu etkileyen proteinlerin de beyin tümörlerinde önemli görevler alabileceği düşünülmekte. Asidik calponin bu yolakla etkileşim içerisinde bulunması ve beyin tümörlerinde anlatımında artış göstermesi bu genin de beyin tümörlerinde bir önem taşıyabileceğini düşündürmekte. TGFß/BMP yolağının farklı yolaklar ile etkileşim içerisinde bulunması ve asidik calponin proteinin farklı dokularda üretildiği göz önüne alarak bu protein karaciğer dokularındaki görevini tespit etmeyi amaçlamaktayız. Bu genel amacı gerçekleştirme yolunda ilk adım olarak asidik calponin proteinin etkileşim içerisinde bulunduğu proteinleri tespit ederek asidik calponinin karaciğer dokusundaki görevi ile ilgili ipucu elde edilmeye çalışıldı. Bu amacı gerçekleştirmek için insan karaciğer kütüphanesi maya iki hibrid yöntemi kullanılarak tarandı. Asidik calponin proteinin ring finger protein 10 (RNF10) ve RAS p21 protein activator (RASA1) proteinleri ile etkileşim içerisinde olduğu tespit edildi. RNF10 ile olan etkileşim memeli hücreleri kullanılarak birlikte immün çöktürme yöntemiyle teyit edilmiştir. Asidik calponin etkileşim içerisinde bulunduğu diğer proteinlerin tespit edilmesi hem karaciğer hem de başka yolaklar ile bir etkileşimin olup olmadığını tespit etmek için yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
The up-regulation of acidic calponin gene in different brain tumors has been revealed by a bioinformatic tool termed Oncoreveal. Expression pattern has been further confirmed with an independent brain tumor panel by our group members. Previous studies reported the interaction of acidic calponin with Smad1/5 and the negative effect of this interaction on TGFß/BMP signaling pathway. A link between TGFß/BMP signaling pathway activation and reduction of brain tumor populations, hints at a role of acidic calponin in tumorogenesis. Moreover, non-tissue specific expression of acidic calponin raised our interest in investigating the function of acidic calponin in liver cells. As a starting point, identification of protein partners of acidic calponin by using yeast two hybrid screening was performed. Screening pretransformed human liver cDNA library resulted in the identification of ring finger protein 10 (RNF10) and RAS p21 protein activator (RASA1) proteins. The interaction between RNF10 and acidic calponin was further verified by co-expression and co-immunoprecipitation experiments. Elucidation of protein partners, which is the main aim of this study, may provide clues about the role of acidic calponin in liver cells. Due to the cross communication of TGFß/BMP signaling pathway with variety of signaling pathways at different stages further studies may be conducted to investigate the function of acidic calponin in different signaling pathway context, too.
Benzer Tezler
- Identification of protein partners of SETD3 in mouse embryonic stem cells
Fare embriyonik kök hücrelerde SETD3 proteiniyle etkileşen proteinlerin proteomik açıdan belirlenmesi
GÖZDE GÜVEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NİHAL TERZİ ÇİZMECİOĞLU
- Dynamic protein interaction network of YPEL2
YPEL2 proteinin dinamik protein etkileşim ağının tanımlanması ve öndoğrulanması
GİZEM TURAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT MUYAN
- Protein characterization of human YPEL2 and YPEL homolog yeast MOH1
İnsan YPEL2 ve YPEL homoloğu maya MOH1 proteinlerinin karakterizasyonu
ÇAĞLA ECE OLGUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT MUYAN
- Structural and functional characterization of the CXXC-type zinc finger protein 5 (CXXC5)
CXXC-tipi çinko parmak 5 proteinin (CXXC5) yapısal ve fonksiyonel karakterizasyonu
GAMZE AYAZ ŞEN
Doktora
İngilizce
2018
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT MUYAN
- Initial characterization of CXXC5 as a putative DNA binding protein
Potensiyel olarak DNA'ya bağlanan CXXC5 proteininin ön karakterizasyonu
PELİN YAŞAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUT MUYAN