Kan kültürlerinden izole edilmiş meyerozyma guilliermondii suşlarının genotipik ve virülans özelliklerinin araştırılması
Investigation of the genotypic and virulence factors in blood culture i̇solates of meyerozyma guilliermondii
- Tez No: 359360
- Danışmanlar: PROF. DR. İLKNUR TOSUN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Meyerozyma guilliermondii, ribozomal ITS gen sekansı, PCRRFLP, PFGE, antifungal duyarlılık, salgı aspartik proteaz2, Meyerozyma guilliermondii, ribosomal ITS gene sequence, PCR-RFLP, PFGE, antifungal susceptibility, secretory aspartic protease
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 156
Özet
Meyerozyma guilliermondii, insan deri ve mukozal yüzey mikroflorasının bir üyesidir. Bununla birlikte, fırsatçı patojen olarak ciddi enfeksiyonlara neden olmaktadır. Bu çalışmaya, 2006-2012 yılları arasında KTÜ Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen 119 hastanın örneklerinden izole edilmiş 136 izolat dahil edildi. Biyokimyasal yöntemlerle M. guilliermondii olarak tanımlanmış izolatlar genotipik yöntemlerle identifiye edilerek, antifungal duyarlılıkları ve salgı aspartik proteaz (Sap) aktiviteleri yönünden araştırıldı. Ayrıca, M. guillermondii suşlarının moleküler epidemiyolojik analizlerinde pulse field jel elektroforezi karyotipleme (PFGE-EK) ve PFGE genomik DNA restriksiyon enzim analizi (REAG) yöntemlerinin uygun birer yöntem olarak kullanılabilirliği araştırıldı. M. guillermondii izolatlarının moleküler identifikasyonları ribozomal ITS gen bölgelerinin DNA sekans analizleri ile ve ribozomal IGS gen bölgesinin PCR-RFLP bant paternleri karşılaştırılarak gerçekleştirildi. Antifulgal duyarlılık testleri Sensititre YeastOne (TREK Diagnostic Systems, ABD) mikrodilüsyon kiti ile 46 suşta saptandı. İzolatların Sap aktivitesi albümin agar besiyerlerinde gösterildi. M. guilliermondii suşlarının karyotipleri total genomik DNA'nın ve 12 değişik restriksiyon enzimi ile kesilen genomik DNA'nın PFGE'nde yürütülmesi ile gerçekleştirildi. İzolatlardan 135'i ITS DNA sekans analizlerine göre M. guilliermondii ve bir izolat Candida membranifaciens olarak tanımlandı. M. guilliermondii izolatlarının tümünün identifikasyonları PCR-RFLP analizi ile doğrulandı. Pan-azol (flukonazol, vorikonazol, itrakonazol) dirençli bir izolat belirlendi. İzolatlarda Sap aktivitesi zayıf veya hiç saptanmadı. M. guilliermondii'nin identifikasyonunda biyokimyasal ve moleküler yöntemlerin uyumlu olduğu gösterildi. ITS1 bölgesinin bu türlerin tanımlanmasında daha spesifik olduğu saptandı. M. guilliermondii suşlarının PFGE-REAG analizinde NotI, PacI ve SfiI enzimlerinin uygun olduğu belirlendi. M. guilliermondii suşlarının epidemiyolojik analizlerinde PFGE-EK ve PFGE-REAG yöntemlerinin kullanılabilirliği gösterildi.
Özet (Çeviri)
Meyerozyma guilliermondii is a member of human normal skin and mucosal surface microflora. However, it causes serious infections as an opportunistic pathogen. This study included 136 M. guillermondii strains isolated from 119 patient samples sent to KTU, Faculty of Medicine, Medical Microbiology Laboratory between 2006-2012. The strains identified by using biochemical methods were identified by genetic methods, tested for their antifungal susceptibilities and secretory aspartic protease (Sap) activities. In addition, suitability of pulse field gel electrophoresis karyotyping (PFGE-EK) and PFGE genomic DNA restriction enzyme analysis (REAG) method use in the molecular epidemiological analysis of M. guillermondii was investigated. The molecular identification of M. guillermondii strains were carried out by DNA sequencing of the ITS gene regions and comparison of the PCR-RFLP band patterns of the ribosomal IGS regions. Antifungal susceptibility tests were performed for 46 strains using Sensititre YeastOne microdilution test kit (TREK Diagnostic Systems, USA). The Sap activities of isolates were tested on albumin agar medium. The karyotypes of M. guillermondii strains were determined by PFGE using total genomic DNA and genomic DNA digested with 12 different restriction endonuclease enzymes. Based on ITS DNA sequence analysis, 135 strains were identified as M. guilliermondii, and one strain as Candida membranifaciens. Identification of all M. guilliermondii strains was confirmed by PCR-RFLP analysis. One strain was pan-azol (fluconazole, voriconazole, itraconazole) resistant. Sap activity was found to be absent or weak for all strains. It has been demonstrated that biochemical and molecular methods were in agreement for the identification of M. guilliermondii. ITS1 region was shown to be more specific in the identification of these yeast species. The restriction endonuclease enzymes NotI, PacI and SfiI were determined to be suitable in PFGE-REAG analysis of M. guilliermondii strains. It was demonstrated that PFGE-EK and PFGE-REAG methods could be used in epidemiological typing of M. guilliermondii strains.
Benzer Tezler
- Kan kültürlerinden izole edilmiş kinolon dirençli escherichia coli ve klebsiella spp. izolatlarında plazmid aracılı kinolon direncinin araştırılması
Investigation of plasmid-mediated quinolone resistance among quinolone-resistant isolates of escherichia coli and klebsiella spp. isolated from blood cultures
HİKMET ÖZTEL OCAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
MikrobiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FARUK AYDIN
- Kan kültürlerinden izole edilen koagülaz negatif stafilokoklarda sasX, ACME ve çeşitli virulans faktörlerinin araştırılması
Investigation of sasX, ACME and various virulence factors in coagulase negative staphylococci isolated from blood cultures
BÜŞRA DÖNMEZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiPamukkale ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELEK DEMİR
- Kan kültürlerinden izole edilen genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten escherichia coli ve klebsiella spp. izolatlarında plazmid aracılı beta-laktamaz direnç genlerinin araştırılması
Investigation of plasmid-mediated beta-lactamase resistance genes among extended spectrum beta-lactamase (ESBL) producing escherichia coli and klebsiella spp. isolates from blood cultures
DİLEK KOCABAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
MikrobiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CELAL KURTULUŞ BURUK
- Kan kültürlerinden izole edilen ve slime üretimi pozitif olan staphylococcus aureus kökenlerinde MIC ve MBEC yöntemleriyle antibiyotik duyarlılıklarının saptanması
Detection of antibiotic susceptibility of slime positive S.aureus strains isolated from blood cultures by using MIC and MBEC methods
BERRİN TANIDIR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. K. FUNDA BABACAN
- Santral venöz kateterlerde kullanılan materyaller ile kandidaların biyofilm üretimi arasındaki ilişki
The interaction between biofilm formation in candida species and materials used in central venous catheters
SEVİL SAPMAZ KARABAĞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
BiyoteknolojiDokuz Eylül ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE YÜCE