Geri Dön

Integration of metu-snp databases via rdf for pi-snp web service

Pı-snp web servisi için kaynak tanım çerçevesi yoluyla metu-snp veritabanı entegrasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 360559
  2. Yazar: CEYHUN GEDİKOĞLU
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON, DR. LEVENT ÇARKACIOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Genetik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Enformatik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Bölümü
  12. Bilim Dalı: Sağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 67

Özet

Tek nükleotit polimorfizmi bir türün elemanları veya bir insanın DNA sekansındaki eşlenmiş kromozomları arasındaki bir nükleotid mutasyonu sonrasındaki çeşitliliktir. SNP verisi komplike hastalıkların temelinde yatan genetik çeşitlilikleri tanımlamak için özellikle önemlidir. Bu verinin toplanması, servisi için ihtiyaç ve standart bir format altında, küresel normalize edilmiş ve biçimlendirilmiş SNP verisine evsahipliği yapan kılavuz bilgi zamanla daha önemli bir hal almaktadır. Öte yandan yüksek hızlı genotip teknolojilerindeki ilerlemeler büyük kapasiteli veri birikimlerine öncü olmaktadır. Bu demek oluyor ki, her yeni araştırma yeni veriler sağlayacaktır ve hesaplamalarımız için bu yeni verilere ihtiyacımız var. Çevrimdışı bir veritabanı güncel bilgiyi kaçırmamıza neden olabilir. Bu yüzden, entegre edilmiş, düzenli güncellenen otomatize edilmiş veritabanıyla iSNPi oluşturduk. iSNP oluşturduğu SNP ve ilgili verileri halka açık uygun veritabanlarından standart biçimlendirilmiş bir halde farklı uygulamalar tarafından kullanılabilecek bir şekilde çekmektedir. Ayrıca METU-SNP masaüstü uygulamasının iSNP veritabanıyla da desteklenecek şekilde web ortamına entegre edilmesi çalışmalarımızın bir parçasını oluşturuyor. Bu çalışma dünyanın her tarafından araştırmacıların METU-SNP uygulamasına, güncel bilgiyi kullanarak erişmesine olanak sağlayacaktır.

Özet (Çeviri)

Single Nucleotide Polymorphism (SNP) is a variation which occurs after a nucleotide mutates between members of a species or paired chromosomes in DNA sequence. SNP data is especially important for identifying genetic variations underlying complex diseases. The need for collection and service of this data under a standard format and globally normalized and structured metadata that houses the structured SNP data is becoming more important while recent advances in high-throughput genotyping technologies are resulting in data accumulation at large scales. This means every new research can result with new data and we need all the new data for our computations. Offline databases can only offer a collection of data but cannot provide access to updated information. So we have built an integrated (iSNP) database that is a regularly updated. This machine curated database that holds SNP and its associated metadata from publicly available databases under a structured standard format can be efficiently utilized within different applications. Also the adaptation of the METU-SNP desktop application(SNP prioritization tool for complex diseases) to the web environment, which is supported by the iSNP database is included as a part of the study. This study will help bioinformaticians from all over the world reach the METU-SNP application with the upto date SNP information used in it via web environment.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    152272

    A multi - factor analysis model to determine the use value of enclosed outdoor spaces

    Binalarla tanımlanmış dış mekanların kullanım değerini saptamaya yönelik çok faktörlü bir analiz modeli

    DİLEK YILDIZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HASAN ŞENER

  2. Tez No

    167214

    Tunable frequency microstrip antennas by RF MEMS technology

    RF MEMS teknolojisi ile frekansı ayarlanabilir mikroşerit antenler

    EMRE ERDİL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2005

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliği Bölümü

    DOÇ.DR. ÖZLEM AYDIN ÇİVİ

  3. Tez No

    762368

    Turkey's integration to research networks and research networks' effects on scientific studies: The case of METU

    Türkiye'nin araştırma ağlarına entegrasyonu ve araştırma ağlarının bilimsel çalışmalara etkisi: ODTÜ incelemesi

    AYŞE IŞILAK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Bilgi ve Belge YönetimiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilim ve Teknoloji Politikası Çalışmaları Anabilm Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ARSEV UMUR AYDINOĞLU

  4. Tez No

    93194

    Object-oriented software development in control of a physical manufacturing

    Fiziksel esnek imalat hücresi kontrolü için nesne yönelimli yazılım geliştirilmesi

    VOLKAN ÜSTÜN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2000

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. SİNAN KAYALIGİL

  5. Tez No

    88150

    Integration of web based adaptive and intelligent education system into METU-online

    Ağ-tabanlı uyarlayan ve akıllı bir eğitim sisteminin METU-on line ile entegrasyonu

    ALP GİRAY ŞİMŞEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2000

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilişim Sistemleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FERDA NUR ALPASLAN

Geri Dön