Molecular characterization of some medicinal plants using aflp and srap markers
Bazı tıbbi bitkilerin aflp ve srap markörleri kull anılarak moleküler karakterizasyonu
- Tez No: 360659
- Danışmanlar: PROF. DR. YÜKSEL BÖLEK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Bu çalışmada türler arasındaki genetik çeşitliliği belirlemek amacıyla 3 cinse ait toplam 23 tür (Salix cinsinden 5, Prunus cinsinden 11 ve Morus cinsinden 7 tür) kullanılmıştır. Çalışılan türler arasındaki genetik ve taksonomik akrabalığı tahmin etmek için SRAP ve AFLP markörleri kullanılmıştır. 12 SRAP ve 11 AFLP primer kombinasyonu moleküler düzeyde genetik varyasyonu değerlendirmek için analiz edilmiştir. % 1.5 agaroz jel ile elektroforez edilen SRAP-PCR ürünleri etidium bromid ile görüntülenmiştir. Salix spp. için yapılan filogenetik analiz sonuçlarına göre bu türler arasındaki polimorfizm oranı % 100, genetik benzerlik ise 0.30-0.45 aralığında değiştişmiştir. Prunus spp.'de polimorfiz oranı % 93.54, genetik benzerlik 0.08-1.06 aralığında, ek olarak, Morus spp'de polimorfizm oranı % 88.32, genetik benzerlik 0.34 ila 0.59 aralığında değişim gösterdiği bulunmuştur. AFLP- PCR ürünlerinin genetik analizleri ve DNA bantlarının görüntülenmesi ABI PRISM 3100 (Applied Biosystems) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Salix spp.'de % 95.69 polimorfizm oranıyla beraber genetik benzerlik 0.41- 0.79 aralığında değişim göstermiştir. Prunus spp.'de polimorfizm oranı % 98.98 ve genetik benzerlik katsayısı 0.30 ila 0.60 aralığında bulunmuştur. Ayrıca Morus spp'de polimorfizm oranı % 98.36 ve genetik benzerlik katsayısı 0.26-0.45 aralığında değişmiştir. Birleştirilmiş veri analizi sonucuna dayanarak S. alba ve S. babylonica bir küme oluşturmuş, S. aegyptiaca ve S. acmophylla yakın akrabalık göstermiştir. Bununla birlikte Prunus türlerinden P. microcarpa“Turuncu”ve P. microcarpa“Siyah”yanı sıra P. dulcis amara ve P. persica'da yakın akrabalık göstermiştir. Ayrıca P. microcarpa“Kırmızı”ve P. armenica'da bir küme oluşturmuştur. Diğer taraftan, Morus spp, M. alba“Beyaz Dut”ve M. alba“Kırmızı Dut”'un yakın akrabalık gösterdiği ve M. alba,“Yuvarlak Kırmızı Dut”, M. nigra'nında yakın akrabalık gösterdiği bulunmuştur. Buradan elde edilen sonuçlar bitki türlerinin taksonomik çalışmalarında moleküler markörlerin kullanımının faydasını ve etkisini göstermektedir. Hem SRAP hem de AFLP markörleri karşılaştırılabilir ve yüksek doğruluk seviyesiyle moleküler çeşitliliği belirleme gücüne sahiptir. Test edilen türlerdeki kümelenme çoğunlukla genetik köken ve coğrafi konuma dayalı olarak elde edilmiştir. Çalışmada test edilen çeşitli türler arasındaki genetik çeşitliliğin belirlenmesi, kullanım potansiyellerini geliştirme ve korunmalarına da katkı sağlamıştır. Elde edilen sonuçlar özellikle tehdit altında bulunan türlerin kaybını önlemek, en iyi yönetim biçimini belirlemek ve uygulanacak kullanım stratejilerini iyileştirmeye yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
In this study, a total of 23 species belonging to three genera (five species of Salix genus, eleven of Prunus genus, and seven of Morus genus) were subjected to assess genetic diversity among the species of each genus. SRAP and AFLP and markers data were used to estimate genetic and taxonomic relationships among studied species. Twelve SRAP and 11 AFLP primer combinations were analysed to evaluate the genetic variation at molecular level. The products of SRAP-PCR were electrophoresed on 1.5% agarose gels and visualized by ethidium bromide. Pyhlogenetic analysis revealed that the polymorphism rate was 100% and the genetic similarity (GS) among this species of Salix ranged from 0.30 to 0.45. In prunus spp, the polymorphism rate was 93.54% and GS ranged from 0.08 to 1.06. In addition, in Morus spp, the polymorphism rate was 88.32%, and GS ranged from 0.34 to 0.59. The AFLP-PCR fragment analysis was performed using ABI PRISM 3100 genetic analyser (Applied Biosystems). In Salix spp, the genetic similarity ranged from 0.41 to 0.79, with the polymorphism rate 95.69. Prunus spp showed that the polymorphism rate was 98.98%, and GS coefficients were ranged from 0.30 to 0.65, while in Morus spp. the polymorphism rate was 98.36%, and GS coefficients ranged from 0.26 to 0.45. The analysis results based on combined data displayed that the species S.alba and S.babylonica were formed in one cluster, and close to each other and S. aegyptiaca and S. acmophylla also close to each other and formed in one cluster. Prunus spp showed that P. microcarpa“Orange”and P. microcarpa“Black”were closely related, P. dulcis amara and P. Persica were geneticaly close to each other, and P. microcarpa“Red”, and P. armenica were formed in one cluster and close to each other. In addition, Morus spp indicated that M. alba“White Mulberry”and M. alba“Red Mulberry”were genetically close to each other and M. alba“Rounded Red Mulberry”and M. nigra also have close relationship to each other. The results obtained here demonstrated the usefulness and power of using molecular markers in taxonomic studies of plant species. Both SRAP and AFLP markers were able to detect the molecular diversity at comparable levels, yet with high level of accuracy. Clustering of the tested species was largely based on genetic background and geographic locations. The study clarified the existence of genetic diversity among various tested species, and hence the potential for utilization, improvement and conservation. Results obtained from this study will help in optimizing management strategies especially for threatened species, and it will help to prevent their loss and determine the best management.
Benzer Tezler
- Emülsiyon elektroeğirme yöntemiyle bazı tıbbi aromatik bitkilerin yağlarının akıllı polimerlerle nanolif yapısında enkapsülasyonu, enkapsülasyonun karakterizasyonu ve enkapsüle etken maddelerin kontrollü salım kinetiklerinin modellenmesi
Encapsulation of oils of some medical aromatic plants in nanofiber structure with smart polymers, characterization of encapsulation and controlled release kinetics of encapsulated agents with emulsion electrospinning method
SERCAN DEDE
Doktora
Türkçe
2022
Gıda MühendisliğiHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA DİDİN
- Analytical studies on traditional Iranian herbs
İran'a özgü geleneksel bitkiler üzerine analitik çalışmalar
PARYA HASHEMIMYANDOAB
Doktora
İngilizce
2018
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA BEDİA ERİM BERKER
- Süs bitkisi potansiyeli yüksek olan lavanta genotiplerinin (Lavandula sp.) belirlenmesi, moleküler, morfolojik ve bazı fitokimyasal özelliklerinin karakterizasyonu
Determination of lavender genotypes (Lavandula sp.) with high ornamental potential, characterization of molecular, morphological and some phytochemical properties
AKİFE DALDA ŞEKERCİ
- Bazı nar (Punica granatum L.) genotiplerinin ISSR markırları ile moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of some pomegranate (Punica granatum L.) genotypes with ISSR markers
MURAT BATMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YILDIZ AKA KAÇAR
- Van havzasında yetişen Asparagus cinsine ait türlerin moleküler karakterizasyonu ve antioksidan aktivitelerinin belirlenmesi
Molecular characterization and determination of antioxidant activity of the species of the genus Asparagus distributed in Van lake basin
SERDAR ALTINTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ZiraatSiirt ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MİNE PAKYÜREK
PROF. DR. SUAT ŞENSOY