Geri Dön

Acidithiobacillus ferrooxidans M1 yaban tip ve mutant (Q9F ve S21Y/V22D) demir oksidazlarının biyokimyasal karakterizasyonu

Biochemical characterization of wild type and mutant (Q9F and S21Y/V22D) iron oxidases isolated from acidithiobacillus ferrooxidans M1

PDF İndir

  1. Tez No: 360805
  2. Yazar: DİLŞAT NİGAR ÇOLAK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 115

Özet

Bu çalışmada, Espiye, Murgul ve Gümüşhane'de bulunan asidik su kaynaklarından su örnekleri alındı. Bu su örneklerinde asidofilik bakterilerin varlığı incelendi. Bu bölgelerden elde edilen 12 farklı izolatın 16S rRNA genlerine göre tür düzeyinde tanımlanması yapıldı. Buna göre izolatlardan beşinin Acidithiobacillus, üçünün Acidiphilium ve dördünün de Acidocella cinsine ait olduğu belirlendi. Murgul bakır madeninden izole edilen Acidithiobacillus ferrooxidans M1 suşunun demir oksidaz proteinini kodlayan iro geni klonlanarak izole edildi ve baz dizilimi belirlendi. İzole edilen gen, pET-28a(+) ekspresyon vektörüne klonlanarak E. coli BL21(DE3) suşu içerisinde yüksek miktarlarda üretildi. Demir oksidaz proteinine ait korunmuş bölgeler incelenerek, bölge özgün mutasyon yöntemiyle, klonlanan demir oksidaz üzerinde Q9F ve S21Y/V22D mutasyonları yapıldı. Yaban tip ve mutant enzimler saflaştırıldı ve karakterize edildi. Mutant enzimler yaban tip enzim ile biyokimyasal özellikleri ve kinetik parametreleri bakımından karşılaştırıldı. Yaban tip enzimin optimum pH'sı 4,0, optimum sıcaklığı 25°C, Km'si 0,27 ± 0,09 mM ve Vmax'ı ise 0,083 ± 0,01 μmol/dk/mg protein olarak belirlendi. Yapılan mutasyonlar enzimin kinetik parametrelerinde önemli bir değişiklik meydana getirmezken, her iki mutantın optimum pH'sı da 3,5 olarak belirlendi. Ayrıca S21Y/V22D mutantında pH kararlılığının arttığı görüldü.

Özet (Çeviri)

Acidophilic bacteria from Espiye, Murgul and Zigana has been isolated. Systematical analyses of twelve different isolates were carried out based on 16S rDNA gene sequences. According to 16S rDNA gene sequences, five of the isolates belong to the genus Acidithiobacillus, three of them belong to the genus Acidiphilium and four of them belong to the genus Acidocella. iro gene coding the iron oxidase of Acidithiobacillus ferrooxidans M1 strain isolated from Murgul cupper mine has been cloned and complete nucleotide sequence was revealed. The gene has been cloned into expression vector pET28(a)+ and overexpressed in E. coli BL21 (DE3). Highly conserved amino acids are determined in iron oxidase and Q9F and S21Y/V22D mutations were performed with site directed mutagenesis technigues at cloned iron oxidase. Wild type and mutant enzymes are purified with HisLink Protein Purification Resin and characterized. Biochemical properties and kinetic parameters of the wild type and mutant enzymes were determined and compared. The wild type optimal temperature was 25°C and maximal activity was observed in pH 4.0. Its Km and Vmax value was calculated as 0,27 ± 0,09 mM and 0,083 ± 0,01 μmol/min/mg protein respectively. The kinetic parameters of the mutant enzymes stayed unchanged. Nonetheless, the maximal activity of the mutant enzymes were moved to pH 3.5 and the pH stability of the S21Y/V22D have increased.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    679202

    Demir oksidasyonunun Acidithiobacillus ferrooxidans ile bakteriyolojik incelenmesi

    Bacteriological investigation of iron oxidation

    MÜNEVVER SUBAŞI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Çevre MühendisliğiAtatürk Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YALÇIN KEMAL BAYHAN

  2. Tez No

    482599

    Determination of the extracellular hydrolytic enzyme prduction capabilities of Acidithiobacillus bacteria isolated from Awa Sppi river in Sulaymaniyah, Iraq and 16S rDNA analysis

    Irak Süleymaniye'deki Awa Sppi nehrinden izole edilen Acidithiobacillus cinse bakterilerin ektraselüler hidrolitik enzim üretme kabiliyetlerinin belirlenmesi ve 16S rRNA analizi

    GHALIB ABDALLA SHARIF

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    MikrobiyolojiYüzüncü Yıl Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. KEREM ÖZDEMİR

  3. Tez No

    255930

    Fe(II)'nin bakteriyel oksidasyon kinetiği

    Bacterial oxidation kinetic of Fe(II)

    DERYA TEKİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BiyoteknolojiAtatürk Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEDAT YÖRÜK

  4. Tez No

    432018

    Kalkopirit, pirit ve pirotit minerallerinin Acidithiobacillus ferrooxidans ile biyoliçi

    Bioleaching of chalcopyrite, pyrite and pyrrhotite by Acidithiobacillus ferrooxidans

    AYŞE TUBA KOCAMAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA CEMEK

  5. Tez No

    212514

    İskenderun Demir Çelik Fabrikası atıklarına biyoliç uygulaması

    Bioleaching of İskenderun Iron-Stell Plant waste sludges

    EFSUN SEVER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    Maden Mühendisliği ve MadencilikÇukurova Üniversitesi

    Maden Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OKTAY BAYAT

Geri Dön