Acidithiobacillus ferrooxidans M1 yaban tip ve mutant (Q9F ve S21Y/V22D) demir oksidazlarının biyokimyasal karakterizasyonu
Biochemical characterization of wild type and mutant (Q9F and S21Y/V22D) iron oxidases isolated from acidithiobacillus ferrooxidans M1
- Tez No: 360805
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 115
Özet
Bu çalışmada, Espiye, Murgul ve Gümüşhane'de bulunan asidik su kaynaklarından su örnekleri alındı. Bu su örneklerinde asidofilik bakterilerin varlığı incelendi. Bu bölgelerden elde edilen 12 farklı izolatın 16S rRNA genlerine göre tür düzeyinde tanımlanması yapıldı. Buna göre izolatlardan beşinin Acidithiobacillus, üçünün Acidiphilium ve dördünün de Acidocella cinsine ait olduğu belirlendi. Murgul bakır madeninden izole edilen Acidithiobacillus ferrooxidans M1 suşunun demir oksidaz proteinini kodlayan iro geni klonlanarak izole edildi ve baz dizilimi belirlendi. İzole edilen gen, pET-28a(+) ekspresyon vektörüne klonlanarak E. coli BL21(DE3) suşu içerisinde yüksek miktarlarda üretildi. Demir oksidaz proteinine ait korunmuş bölgeler incelenerek, bölge özgün mutasyon yöntemiyle, klonlanan demir oksidaz üzerinde Q9F ve S21Y/V22D mutasyonları yapıldı. Yaban tip ve mutant enzimler saflaştırıldı ve karakterize edildi. Mutant enzimler yaban tip enzim ile biyokimyasal özellikleri ve kinetik parametreleri bakımından karşılaştırıldı. Yaban tip enzimin optimum pH'sı 4,0, optimum sıcaklığı 25°C, Km'si 0,27 ± 0,09 mM ve Vmax'ı ise 0,083 ± 0,01 μmol/dk/mg protein olarak belirlendi. Yapılan mutasyonlar enzimin kinetik parametrelerinde önemli bir değişiklik meydana getirmezken, her iki mutantın optimum pH'sı da 3,5 olarak belirlendi. Ayrıca S21Y/V22D mutantında pH kararlılığının arttığı görüldü.
Özet (Çeviri)
Acidophilic bacteria from Espiye, Murgul and Zigana has been isolated. Systematical analyses of twelve different isolates were carried out based on 16S rDNA gene sequences. According to 16S rDNA gene sequences, five of the isolates belong to the genus Acidithiobacillus, three of them belong to the genus Acidiphilium and four of them belong to the genus Acidocella. iro gene coding the iron oxidase of Acidithiobacillus ferrooxidans M1 strain isolated from Murgul cupper mine has been cloned and complete nucleotide sequence was revealed. The gene has been cloned into expression vector pET28(a)+ and overexpressed in E. coli BL21 (DE3). Highly conserved amino acids are determined in iron oxidase and Q9F and S21Y/V22D mutations were performed with site directed mutagenesis technigues at cloned iron oxidase. Wild type and mutant enzymes are purified with HisLink Protein Purification Resin and characterized. Biochemical properties and kinetic parameters of the wild type and mutant enzymes were determined and compared. The wild type optimal temperature was 25°C and maximal activity was observed in pH 4.0. Its Km and Vmax value was calculated as 0,27 ± 0,09 mM and 0,083 ± 0,01 μmol/min/mg protein respectively. The kinetic parameters of the mutant enzymes stayed unchanged. Nonetheless, the maximal activity of the mutant enzymes were moved to pH 3.5 and the pH stability of the S21Y/V22D have increased.
Benzer Tezler
- Demir oksidasyonunun Acidithiobacillus ferrooxidans ile bakteriyolojik incelenmesi
Bacteriological investigation of iron oxidation
MÜNEVVER SUBAŞI
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Çevre MühendisliğiAtatürk ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YALÇIN KEMAL BAYHAN
- Determination of the extracellular hydrolytic enzyme prduction capabilities of Acidithiobacillus bacteria isolated from Awa Sppi river in Sulaymaniyah, Iraq and 16S rDNA analysis
Irak Süleymaniye'deki Awa Sppi nehrinden izole edilen Acidithiobacillus cinse bakterilerin ektraselüler hidrolitik enzim üretme kabiliyetlerinin belirlenmesi ve 16S rRNA analizi
GHALIB ABDALLA SHARIF
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
MikrobiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KEREM ÖZDEMİR
- Fe(II)'nin bakteriyel oksidasyon kinetiği
Bacterial oxidation kinetic of Fe(II)
DERYA TEKİN
Doktora
Türkçe
2010
BiyoteknolojiAtatürk ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEDAT YÖRÜK
- Kalkopirit, pirit ve pirotit minerallerinin Acidithiobacillus ferrooxidans ile biyoliçi
Bioleaching of chalcopyrite, pyrite and pyrrhotite by Acidithiobacillus ferrooxidans
AYŞE TUBA KOCAMAN
Doktora
İngilizce
2016
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEMEK
- İskenderun Demir Çelik Fabrikası atıklarına biyoliç uygulaması
Bioleaching of İskenderun Iron-Stell Plant waste sludges
EFSUN SEVER
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
Maden Mühendisliği ve MadencilikÇukurova ÜniversitesiMaden Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OKTAY BAYAT