A literature-driven clinical decision support system for human congenital malformations
İnsan konjenital malformasyonlari için bir literatür temelli klinik karar destek sistemi
- Tez No: 361326
- Danışmanlar: PROF. DR. OĞUZ DİCLE, PROF. DR. BİLGE KARAÇALI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyomühendislik, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Computer Engineering and Computer Science and Control, Bioengineering, Child Health and Diseases
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 132
Özet
Bu çalışmada insan konjenital malformasyonlarıyla (KM) ilişkili olgu sunumlarının, doğal dil işleme (DDİ) teknikleri aracılığı ile anlamsal olarak çözümlenmesi ve KM'ları karakterize eden fenotipik özelliklerin belirlenmesi hedeflenmiştir. Bununla beraber, işlemsel ve istatistiksel yöntemler ile elde edilen bulgular doğrultusunda KM'ların tanısında kullanılmak üzere bir klinik karar destek sistemi yazılımı geliştirilmesi amaçlanmıştır. Medical Subject Headings (MeSH) veri tabanı hastalıklar kategorisinde yer alan insan KM'ları ile ilişkilendirilmiş olgu sunumları, PubMed ve PubMed Central veri tabanlarından indirildi. The Human Phenotype Ontology'de (HPO) yer alan insan KM'ları ile ilişkili fenotipik özellikler, serbest metin formunda hazırlanmış olgu sunumları üzerinde DDİ teknikleri yardımı ile belirlendi ve her bir fenotipik özelliğin KM'lardaki görülme sıklıkları hesaplandı. Sonrasında, her bir KM için çoklu doğrusal regresyon modeli oluşturularak, belirlenen fenotipik özellikler ilişkili oldukları KM'lar için major ve minör olarak sınıflandırıldı. Son olarak, HTML, PHP ve JQuery web teknolojilerinden faydalanılarak, KM'ların tanı aşamasında kullanılmak üzere bir klinik karar destek sistemi yazılımı ve bu yazılıma ait kullanıcı ara yüzleri tasarlandı. MeSH veri tabanından elde edilen 486 KM'la ilişkili PubMed ve PubMed Central veri tabanlarında 60.000'nin üzerinde serbest metin formatında hazırlanmış olgu sunumuna ulaşılmış ve bir derlem oluşturulmuştur. HPO terimleri ve bu terimlerin eş anlamlılarından oluşan toplam 10171 farklı fenotipik özellikten faydalanılarak derlem üzerinde yapılan metin çözümleme işlemi sonrasında, 486 KM'un her biri ile ilişkili yaklaşık 33 fenotipik özellik tanımlanırken, bu özelliklerin 8 tanesinin ilişkili olduğu KM'u karakterize etmeye yardımcı majör bir bulgu olduğu belirlenmiştir (p
Özet (Çeviri)
This study aims at analyzing semantically the case reports on human congenital malformations (CMs) using natural language processing (NLP) techniques and determining the phenotypic features that characterize the CMs. In addition to these, the study aimed at developing a decision support system for use in the diagnosis of CMs, in line with the findings obtained with computational and statistical methods. The case reports on the human CMs in the diseases category of the Medical Subject Headings (MeSH) database were downloaded from PubMed and PubMed Central databases. The phenotypic features related to the human CMs in the Human Phenotype Ontology (HPO) were determined in the case reports which were prepared in free text format, via NLP techniques; and the frequencies of each phenotypic feature in CMs were calculated. Later, the phenotypic features were classified as minor and major for the CMs they had been selected for by forming a multiple linear regression model for each malformation. Lastly, a clinical support system tool and the user interfaces for this tool were designed using HTML, PHP and JQuery web technologies. Over 60,000 free text formatted case reports, related to the 486 CMs obtained from the MeSH database, were accessed in the PubMed and PubMed Central databases and a corpus was built. After the text analysis conducted using the 10171 different phenotypic features, comprising of HPO terms and the synonyms of these terms, it was found that while there were approximately 33 phenotypic features related to each of the CM, 8 of these features were the major findings for characterizing the related CM (p
Benzer Tezler
- Beden ürün diyaloğu: Beden odaklı analiz ve tasarımda yeni olanaklar
Body product dialogue: Body oriented analysis and new possibilities in design
AYŞE ASYA GÜRGÜN ÖZDEMİR
Doktora
Türkçe
2023
Endüstri Ürünleri Tasarımıİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstriyel Tasarım Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLNAME TURAN
- Alkol bağımlıları ve eşlerinin çocukluk kararları ve ego durumları açısından incelenmesi
Investigation of the 'EGO states' and 'childhood decisions' of individuals were diagnosed as alcohol dependent and their non-alcohol dependent spouses
ERCAN DURMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
PsikiyatriEge ÜniversitesiRuh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF ALPER
- Retınal damar segmentasyonunda görüntü segmentasyon modellerinin değerlendirilmesi
Evaluation of image segmentation models in retinal vessel segmentation
TUĞBA HAKLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Göz Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiEnformatik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İNCİ ZAİM GÖKBAY
- LVAD takılan hastalarda driveline enfeksiyon görülme sıklığı, risk faktörleri, tanı, klinik belirtiler ve tekrarlayan enfeksiyonların analizi
Başlık çevirisi yok
DEVLET BURAK BAYKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Göğüs Kalp ve Damar CerrahisiSağlık Bilimleri ÜniversitesiKalp ve Damar Cerrahisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞEBNEM ALBEYOĞLU
- An artificial intelligence approach for breast cancer treatment
Meme kanseri tedavisinde yapay zeka yaklaşımı
TUĞÇE BELDEK
Doktora
İngilizce
2024
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİşletme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE CAMGÖZ AKDAĞ