Geri Dön

Streptococcus pneumoniae bakterisine özgü aptamer seçimi

Selection of aptamers targeted to streptococcus pneumoniae

  1. Tez No: 364083
  2. Yazar: ÖZGÜR GÖKMEN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ALİ TÜRKAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 74

Özet

Sentetik olarak elde edilen ve belirli hedeflere özgü olan tek zincirli DNA ya da RNA yapısındaki kısa oligonükleotidlere“aptamer”denir. Aptamerlerin kullanım alanları çeşitli olsa da genellikle tanı ve tedavi amacıyla kullanılırlar. Bu çalışmada zatürre hastalığına yol açan Streptococcus pneumoniae bakterisine spesifik bağlanan ve hızlı bir şekilde bu bakterinin tanısında kullanılabilecek DNA aptamerlerinin seçilmesi amaçlandı. Bu doğrultuda, DNA aptamer kütüphanesi tasarlanıp yapay olarak sentezlendi ve aptamer seçim işlemi“Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment”(SELEX) yöntemiyle gerçekleştirildi. Aynı cins Streptococcus sanguinis bakterisi, karşıt hedef olarak kullanılarak elde edilecek aptamerlerin daha özgün olması amaçlandı. Bu doğrultuda, oligonükleotid kütüphanesi ilk olarak S. sanguinis bakterisiyle inkübe edildi (karşıt-SELEX) ve bu bakteriye bağlanmayan, geri kalan oligonükleotidler ayrıştırılarak S. pneumoniae bakterisiyle inkübe edildi (SELEX). Toplamda, bu işlemler 4 karşıt-SELEX ve 4 SELEX döngüsü olacak şekilde tekrarlandı. SELEX işleminin sonunda 4 adet aptamer elde edildi ve DNA dizinleri belirlendi. Akış sitometri (flow cytometry) tekniği kullanılarak FAM işaretli aptamerlerle yapılan bağlanma çalışmaları sonucu 4 aptamer içinde sadece bir aptemerin (B40) bakteriye zayıf bağlandığı bulunmuştur. Veriler Hill denkleminde fit edilerek aptamer B40 için yarı doygunluk değeri (K) 1375 ± 151 nM, Hill katsayısı (n) 1.55 ± 0.20 olarak bulunmuştur. Çok spesifik sonuç vermesi beklenen SELEX işleminden beklenilen sonucun elde edilememesinin olası nedenleri tartışılmıştır.

Özet (Çeviri)

Aptamers are synthetic, single-stranded, short DNA or RNA oligonucleotides that bind with high affinity to a targeted-molecule. Despite the wide range of use, aptamers were generally applied for diagnostic and treatment purposes. The objective of this study was to find aptamers that selectively bind S. pneumoniae bacteria that cause pneumonia in humans. For this purpose, 75 base DNA aptamer library was synthesized. Using this library, the selection of aptamers was done by the method called“Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment”(SELEX). In the SELEX method, S. sanguinis was used as a counter target to increase aptamer specificity for S. pneumoniae. For this purpose, aptamer library was first incubated with S. sanguinis (counter-SELEX). The nonbinding aptamers were separated and incubated with S. pneumoniae (SELEX). In total 4 counter-SELEX and 4 SELEX cycles were carried out. 4 aptamers were obtained and their DNA sequences were determined. Binding of aptamers to S. pneumoniae was analyzed by Flow cytometry. Among four aptamers only one (B40) was found to bind weakly to the bacteria. The data was fit to the Hill equation and gave half-saturation value (K) of 1373 ±151 nM and Hill coefficient (n) of 1.55 ± 0.20. Overall, these results show that the aptamers obtained by SELEX method are not selective to S. pneumoniae, indicating that getting false positive results by the SELEX method is likely.

Benzer Tezler

  1. Düzce yöresinde yayılış gösteren Lamiaceae familyasından üç türün (Prunella vulgaris, Thymus longicaulis Subsp. Longicaulis ve Teucrium chamaedrys Subsp. Chamaedrys ) antimikrobiyal aktiviteleri üzerine araştırmalar

    The studies on antimicrobial activites of three species from the family lamiaceae (Prunella vulgaris, Thymus longicaulis Subsp. longicaulis and Teucrium chamaedrys Subsp. chamaedrys) distributed in düzce region

    KAAN ÇETİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiDüzce Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BAŞARAN DÜLGER

  2. Türkiye'de yetiştirilen pelemir bitkisinin [Cephalaria syriaca (L.)] antioksidan, antimikrobiyal, antifungal, antibiyofilm özelliklerinin ve tohum morfolojisinin araştırılması

    Investigation of antioxidant, antimicrobial, antifungal, antibiofilm, properties and seed morphology of cephalaria [Cephalaria syriaca (L.)] plant grown in Turkey

    ESRA ATALAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    MikrobiyolojiBartın Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ SAVAŞ BÜLBÜL

    PROF. DR. KEMAL BÜYÜKGÜZEL

  3. Stachys setifera C.A. meyer subsp. Lycia (Gand.) bhattacharjee bitkisinin antioksidan ve antibakteriyel özelliklerinin araştırılması

    Stachys setifera C.A. meyer subsp. Lycia (Gand.) investigation of antioxidant and antibacterial properties of bhattacharjeeplant

    KÜBRA YILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiTokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BEDRETTİN SELVİ

  4. Organik asitlerin bakterilerin biyojen amin üretimi ve gelişimi üzerindeki antimikrobiyal etkilerinin In-Vitro incelenmesi

    Investigation of In-Vitro antimicrobial effeccts of organic acides on the biogenic amine production and bacterial growth

    SAADET GÖKDOĞAN TEKİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Su ÜrünleriÇukurova Üniversitesi

    Su Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YEŞİM ÖZOĞUL

  5. Yeşil sentezlenmiş çinko oksit nanopartiküllerin ağız sağlığı için kullanımının araştırılması

    Investigation of the use of green synthesized zinc oxide nanoparticles for oral health

    BURAK DOĞAN BOZER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    BiyoteknolojiEskişehir Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KIYMET GÜVEN