Geri Dön

Global alignment of metabolic pathways and protein-protein interaction networks

Metabolik yolakların ve protein etkileşim ağlarının hizalanması

PDF İndir

  1. Tez No: 364127
  2. Yazar: GAMZE ABAKA
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. CESİM ERTEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 75

Özet

Metabolik yolaklar ve protein etkileşim ağları, yaşayan canlıların neredeyse tüm fonksiyonlarında hayati önem taşımaktadır. En basit haliyle, reaksiyonlar hücre içinde yaşam enerjisi üretirken, protein etkileşim ağları biyolojik fonksiyonların gerçekleşmesini sağlamaktadır. Ayrıca, normal olmayan reaksiyonlar ya da etkileşimler çeşitli hastalıklara neden olmaktadır. Bu nedenle, biyoinformatik alanındaki birçok çalışma, bu hastalıklara ve biyolojide çözülmesi gereken sorunlara umut verici sonuçlar alabilmek amacıyla, bu ağlara dayanmaktadır. Hizalama probleminin çözülmesi, bu çalışmalardan biridir ve bu problem, benzer reaksiyonları, proteinleri ya da fonksiyonları bulmaya çalışır. Bu tez kapsamında, hem metabolik yolaklar hem de protein etkileşim ağları için hizalama problemi ele alınmaktadır. Öncelikle metabolik yolakların bire-çok hizalanması için kısıtlandırılmış bir algoritma (CAMPways) sunulmakta, daha sonra bu algoritma protein etkileşim ağlarının bire-bir hizalanması için geliştirilmekte (CAPPI) ve gerekli değişiklikler uygulanmaktadır. Problemin işlemsel karmaşıklığı verilip, gerçek veriler üzerinde diğer algoritmalar ile karşılaştırmaları yapılmaktadır.

Özet (Çeviri)

Metabolic pathways and protein interaction networks are essential at almost every function for living organisms. Simply, while reactions produce life energy within cells, protein interaction networks provide biological functions. Also, abnormal reactions or interactions cause various disorders. Thus, in bioinformatics, most of the studies are based on these networks in order to find hopeful results for these disorders and biological challenges. Solving alignment problem is one of these studies such that it tries to find similar reactions, proteins or functions. In this thesis, we focus on that problem within both metabolic pathways and protein interaction networks. Firstly, we propose a constrained alignment algorithm, CAMPways, for one-to-many alignment of metabolic pathways and we extend the framework, CAPPI, for one-to-one protein interaction network alignment with necessary changes. Afterwards, we provide the computational intractability of the problem and finally we compare our algorithm with different algorithms on actual metabolic pathways and protein interaction networks.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    758583

    Acinetobacter baumannii'nin colistin dirençli ve duyarlı suşlarının metabolomik profil karşılaştırması

    Metabolomic profile comparison of colistin resistant and susceptible strains of acinetobacter baumannii

    BYDAA ATRON

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSivas Cumhuriyet Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜRŞİT HASBEK

  2. Tez No

    830013

    Recovery of transition metals from orthodontic waste and designing composites as negative electrode active materials for lithium ion battery

    Ortodontik atıktan geçiş metallerinin geri kazanılması ve kompozitlerin lityum iyon pil için negatif elektrot aktif materyaller olarak tasarlanması

    MUHAMMAD HUMZA ASHRAF

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Bilim ve Teknolojiİstanbul Medipol Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği ve Biyoenformatik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BİLLUR DENİZ KARAHAN

  3. Tez No

    360946

    Message-passing based algorithm for the global alignment of clustered pairwise PPI networks

    Kümelenmiş ikili protein-protein etkileşim ağlarının global hizalanması için mesaj vermeye dayalı algoritma

    DOĞAN YİĞİT YENİGÜN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKadir Has Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CESİM ERTEN

    YRD. DOÇ. DR. ŞEBNEM EŞSİZ GÖKHAN

    YRD. DOÇ. DR. TINAZ EKİM AŞICI

  4. Tez No

    397240

    Performance and accuracy analysis of iMatch: A structural alignment tool prototype for protein binding site – surface alignment

    Protein bağlanma bölgesi ve protein yüzeyi yapısal hizalanması aracı prototipi iMatch'in performans ve doğruluk analizi

    DENİZ DEMİRCİOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKoç Üniversitesi

    Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

    PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA

  5. Tez No

    508076

    Self-organizing features for regularized image standardization

    Başlık çevirisi yok

    DİDEM GÖKÇAY

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2001

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolUniversity of Florida

    Dr. JOHN HARRIS

Geri Dön