Gen ifade veritabanlarında içerik tabanlı arama
Content based search in gene expression databases
- Tez No: 364257
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HASAN OĞUL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Başkent Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 65
Özet
Büyük ölçekli gen ifade veritabanlarında zaman serisi mikrodizi deneylerinin içerik tabanlı aranması problemi ilk defa bu çalışmada araştırılmaktadır. Probleme bir bilgi geri getirim görevi olarak yaklaşılmış ve bir deneyin tamamı sorgu olarak ele alınıp önceki deneyler içerisinde aranmıştır. Metadata (üstveri) açıklamalarından daha ziyade içerik benzerliğine göre uygun deneylerin veri tabanı içerisinden bulunup getirilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada, farklı parmak izi oluşturma yöntemleri ve uzaklık hesaplama şemalarının karşılaştırılması çeşitli zaman noktaları içerisindeki genlerin farklı ifade olma durumlarına dayalı geri getirim çatısı üzerinden sunulmuştur. Bizim oluşturduğumuz veri tabanı üzerinde yapılan tüm deneyler için, sonuçlar Pearson Bağıntı Katsayısı ve Tanimoto Uzaklığı'nın Öklid Uzaklığına göre farkı ifadeye dayalı parmak izlerinin karşılaştırılmasında yaklaşık %15 daha iyi olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
The problem of content-based searching of time-series microarray experiments in large-scale gene expression databases, for the first time, is investigated in this study. The problem is examined as an information retrieval task where an entire experiment is taken as the query and searched through a collection of previous experiments. The relevant experiments are required to be retrieved based on the content similarity rather than their meta-data descriptions. A comparison of different fingerprinting and distance computation schemes is presented over a retrieval framework based on the differential expression of genes in varying time points. For all experiments carried out on database we create, results show that Pearson Correlation Coefficent and Tanimoto Distance present about 15% better performance than Euclidean Distance in comparison fingerprints based on differential expression.
Benzer Tezler
- Mikrodizi gen ifade veritabanlarında içerik-tabanlı arama
Content-based search on microarray gene expression databases
ESMA ERGÜNER ÖZKOÇ
Doktora
Türkçe
2016
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiUluslararası Bilgisayar Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET EMİN DALKILIÇ
PROF. DR. HASAN OĞUL
- Experiment retrieval in genomic databases
Genomik veri tabanlarında deney geri getirimi
DUYGU DEDE ŞENER
Doktora
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBaşkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN OĞUL
- Analysis of the promoter of the barley gene, blt4.9, which encodes a lipid transfer protein
Bir lipid transfer protein kodlayan arpa geni blt4.9'un promotör analizi,
ŞENAY VURAL KORKUT
Doktora
İngilizce
2000
BiyoteknolojiUniversity of Newcastle upon TyneMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MONICA HUGHES
- Xyloglucan endotransglycosylases/hydrolases (XTH) genefamily in tomato (Solanum lycopersicum)
Domates (Solanum lycopersıcum)' de xyloglucan endotransglycosylases (XTH) gen ailesi
AYCHA MOSO
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ANDREW JOHN HARVEY
- HANEIN-1, a novel conserved eukaryotic protein ubiquitously expressed in human tissues
HANEIN-1, tüm insan dokularında ifadesi görülen korunmuş yeni bir ökaryotik protein
SERAP ERKEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. UYGAR H. TAZEBAY