Geri Dön

Gen ifade veritabanlarında içerik tabanlı arama

Content based search in gene expression databases

  1. Tez No: 364257
  2. Yazar: AHMET HAYRAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. HASAN OĞUL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Başkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 65

Özet

Büyük ölçekli gen ifade veritabanlarında zaman serisi mikrodizi deneylerinin içerik tabanlı aranması problemi ilk defa bu çalışmada araştırılmaktadır. Probleme bir bilgi geri getirim görevi olarak yaklaşılmış ve bir deneyin tamamı sorgu olarak ele alınıp önceki deneyler içerisinde aranmıştır. Metadata (üstveri) açıklamalarından daha ziyade içerik benzerliğine göre uygun deneylerin veri tabanı içerisinden bulunup getirilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada, farklı parmak izi oluşturma yöntemleri ve uzaklık hesaplama şemalarının karşılaştırılması çeşitli zaman noktaları içerisindeki genlerin farklı ifade olma durumlarına dayalı geri getirim çatısı üzerinden sunulmuştur. Bizim oluşturduğumuz veri tabanı üzerinde yapılan tüm deneyler için, sonuçlar Pearson Bağıntı Katsayısı ve Tanimoto Uzaklığı'nın Öklid Uzaklığına göre farkı ifadeye dayalı parmak izlerinin karşılaştırılmasında yaklaşık %15 daha iyi olduğunu göstermektedir.

Özet (Çeviri)

The problem of content-based searching of time-series microarray experiments in large-scale gene expression databases, for the first time, is investigated in this study. The problem is examined as an information retrieval task where an entire experiment is taken as the query and searched through a collection of previous experiments. The relevant experiments are required to be retrieved based on the content similarity rather than their meta-data descriptions. A comparison of different fingerprinting and distance computation schemes is presented over a retrieval framework based on the differential expression of genes in varying time points. For all experiments carried out on database we create, results show that Pearson Correlation Coefficent and Tanimoto Distance present about 15% better performance than Euclidean Distance in comparison fingerprints based on differential expression.

Benzer Tezler

  1. Mikrodizi gen ifade veritabanlarında içerik-tabanlı arama

    Content-based search on microarray gene expression databases

    ESMA ERGÜNER ÖZKOÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge Üniversitesi

    Uluslararası Bilgisayar Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET EMİN DALKILIÇ

    PROF. DR. HASAN OĞUL

  2. Experiment retrieval in genomic databases

    Genomik veri tabanlarında deney geri getirimi

    DUYGU DEDE ŞENER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBaşkent Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HASAN OĞUL

  3. Analysis of the promoter of the barley gene, blt4.9, which encodes a lipid transfer protein

    Bir lipid transfer protein kodlayan arpa geni blt4.9'un promotör analizi,

    ŞENAY VURAL KORKUT

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2000

    BiyoteknolojiUniversity of Newcastle upon Tyne

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MONICA HUGHES

  4. Xyloglucan endotransglycosylases/hydrolases (XTH) genefamily in tomato (Solanum lycopersicum)

    Domates (Solanum lycopersıcum)' de xyloglucan endotransglycosylases (XTH) gen ailesi

    AYCHA MOSO

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyoteknolojiYeditepe Üniversitesi

    Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ANDREW JOHN HARVEY

  5. HANEIN-1, a novel conserved eukaryotic protein ubiquitously expressed in human tissues

    HANEIN-1, tüm insan dokularında ifadesi görülen korunmuş yeni bir ökaryotik protein

    SERAP ERKEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. UYGAR H. TAZEBAY