Experiment retrieval in genomic databases
Genomik veri tabanlarında deney geri getirimi
- Tez No: 539244
- Danışmanlar: PROF. DR. HASAN OĞUL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Başkent Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Genomik veri; deneysel ölçüm, sekans verileri, ağ yapıları gibi farklı formatlarda saklanmaktadır. Genomik veri tabanlarında saklanan bu tür verilerin son yıllardaki hızlı artışı, deneylerin geri getirimi konusundaki ihtiyaçları gündeme getirmektedir. Kullanıcılar, veri tabanında bir deneyi ararken genellikle metin-tabanlı arama tekniğini kullanmaktadırlar. Fakat bu teknik, deney içeriğini temsil etmede yetersiz kaldığı için yeni yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu ihtiyaç doğrultusunda, içerik tabanlı arama yöntemleri benzer deneylerin geri getiriminde kullanılan alternatif yöntem olmuştur. Bu tez, farklı türlerde olan genomik verilerin veritabanlarında aranabilmesini sağlayan geri getirim modellerinin tasarımını amaçlayan bir çalışmadır. Çalışma, zaman serisi deney geri getirimi, bütün metagenom sekanslama örneklemlerinin geri getirimi olmak üzere iki temel kısımdan oluşmaktadır. Birinci kısım, zaman serisi deneylerin geri getirimi için farklı imza yöntemlerinin ve uygun benzerlik metriklerinin uygulanmasını içermektedir. Bu çalışma zaman serisi deneyinin tümünü sorgu olarak alan ve arama yapan ilk çalışma olma özelliğini taşımaktadır. İkinci kısımda ise, tüm metagenom sekanslama deneylerinin geri getirimi için farklı imza yöntemlerini, özellik seçim algoritmalarını ve benzerlik metriklerini içeren bir içerik tabanlı arama altyapısı geliştirilmiştir. Çalışmanın temel katkısı, deney imzalarını oluşturmada iki farklı veri madenciliği yönteminin kullanılmasıdır. Deneysel sonuçlar, geliştirilen modellerin benzer deneyleri bulmada başarılı olduklarını göstermektedir. Ayrıca, sonuçlar geliştirilen bu modellerin mevcut veri tabanı uygulamalarında kullanımları konusunda umut vaat etmektedir. ANAHTAR KELİMELER: Genomik veri tabanı; gen ifade matrisi; zaman serisi veri; içerik tabanlı arama; bilgi geri getirimi; imza çıkarımı; arabidopsis; metagenom dizilim.
Özet (Çeviri)
Genomic data can be found in different formats such as experimental measurements, sequences, networks. Due to the rapid growth of such data in genomic repositories, retrieving relevant experiments has become an important issue to be addressed by researchers. To search an experiment through the databases, users generally use textual meta-data such as organism name, description, author, but this type of search is insufficient to represent the overall content of the experiment. Content-based search strategy has become an alternative solution for retrieving relevant experiments from huge data collections. This thesis study aims to develop retrieval models for different data types to find relevant experiments in genomic databases. The study has two main parts: time-series experiment retrieval framework and whole-metagenome sequencing sample retrieval framework. In the first part, different fingerprinting techniques and comparison metrics were used to retrieve relevant time-series experiments. The originality of this part consists in its attempt for taking gene expression profiles over the entire time points as a query and retrieving relevant samples from the data repository. The second part consists of developing a content-based retrieval framework for whole-metagenome sequencing samples. The framework involves different fingerprinting, feature selection methods and similarity measurements for a given data set. The main contribution of the study is extracting fingerprints based on two text mining methods. The experimental results showed that the proposed models have been successful in finding relevant experiments for genomic data in different formats. Experimental results also encourage the use of the proposed models in current database implementations. KEYWORDS: Genomic database; gene expression database; time-series; content based search; information retrieval; fingerprinting; Arabidopsis; whole-metagenome sequencing.
Benzer Tezler
- Genomik veri tabanlarında metin tabanlı deney geri getirimi
Text-based experiment retrieval in genomic databases
SELEN BAŞAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBaşkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DUYGU DEDE ŞENER
- MikroRNA veri tabanlarında bilgi geri-getirimi
Information retrieval in microRNA databases
KORAY AÇICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBaşkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN OĞUL
- Mikrorna deneylerinin bilgi tabanlı temsili ile tıbbi karar destek sürecinin desteklenmesi
Supporting medical decision support process with knowledge-based representation of microrna experiments
MEHMET ERDEM ÇORAPÇIOĞLU
Doktora
Türkçe
2017
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBaşkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN OĞUL
- Face track retrieval and recognition across age
Yaşlar arası yüz iz çıkarımı ve tanıması
ESAM GHALEB
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAZIM KEMAL EKENEL
- The role of response competition in retrieval-induced forgetting
Davranım rekabetinin hatırlama yollu unutmadaki rolü
ŞİRİN EZGİ ERALTAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
PsikolojiBoğaziçi ÜniversitesiPsikoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. ESRA MUNGAN GÜRSOY