Geri Dön

Identification of gene targets of transcription factor NeuroD2

Transkripsiyon faktörü NeuroD2'nin hedef genlerinin bulunması

PDF İndir

  1. Tez No: 367639
  2. Yazar: GÜLCAN SEMRA ŞAHİN
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. GÜLAYŞE İNCE DUNN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 132

Özet

Bir organizmanın hayatta kalabilmesi için, etrafını gözlemleyebilmesi ve herhangi bir tehlikeye karşı bir davranış geliştirebilmesi temeldir. Sinir sistemi bilgi toplanması ve kaç ya da savaş cevabını oluşturması için merkezi rol oynamaktadır. Yüksek organizmalarda, beyin bu organizmanın merkezidir. Beynin eşsiz karışıklığının sebebi çok fazla hücre tipinin olması ve bu hücrelerin birbirleri arasındaki iletişimleridir. Bu karışıklık bizim öğrenmemizi, hatırlamamızı ve en basit hareketleri yapmamızı sağlamaktadır. Sinir sisteminin gelişimi, birçok transkripsiyon faktörünün kontrolü altındadır. Bazik sarmal-ilmek-sarmal transkripsiyon faktörleri bunlar içerisindeki en büyüğüdür. Nöron Farklılaştırma faktörü 2 (NeuroD2), bazik sarmal-ilmik-sarmal transkripsiyon faktör ailesine ait nörojenez için anahtar oyuncudur. Transkripsiyon faktörlerinin direkt hedef genlerinin genom kapsamlı belirlenmesi gen yönetme ağının karışıklığına geniş kapsamlı bakış açısı sunmaktadır. Her ne kadar NeuroD2 nörojenez için önemli bir transkripsiyon faktörü olsa da direkt hedef genleri genom bazında çok az bilinmektedir. Kromatin immunopresipitasyonu takiben sekanslama, transkripsiyon faktörlerinin genom bazında belirlenmesi için güçlü bir yöntemdir. Bu çalışmada, doğar doğmaz alınan farelerin beyin serebral kortikal düzlem dokusunda bazik sarmal-ilmik-sarmal transkripsiyon faktörü NeuroD2'nin genom bazında direkt hedef genleri kromatin immunopresipitasyonu takiben yüksek verimli sekanslama ile fizyolojik koşullar altında belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

For an organism to examine its environment and develop a behavior is fundamental for its survival. Nervous system plays a central role to gather information and to create a response for fight or flight. In higher organisms, brain is the core of this system. It has unique complexity due to numerous cell types and their communications among themselves. This complexity enables us to learn, to remember, and to perform the simplest movements. Development of nervous system is under the control of various transcription factors, basic helix-loop-helix transcription factors constituting the biggest family among them. Neurogenic Differentiation factor 2 (NeuroD2) belonging to basic helix-loop-helix transcription factor family has been characterized as a key player in neurogenesis. Genome-wide identification of direct target gene of transcription factors gives comprehensive insight to complexity of gene regulatory network. Although NeuroD2 emerges as an important transcription factor in neurogenesis, its genome-wide target genes are poorly understood. Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) is one of the powerful tools to investigate transcription factor binding profiles genome-wide. In this study, I have identified the direct target genes of basic helix-loop-helix transcription factor, NeuroD2 by performing ChIP experiment followed by high throughput sequencing in postnatal cerebral cortical tissues from mice under physiological conditions.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    397257

    Genome-wide target analysis of NEUROD2 transcription factor reveals potential roles in cortical migration and layer formation

    NEUROD2 yazılım faktörü'nün genom hedef analizi kortikal göç ve tabaka oluşumundaki potansiyel rolleri ortaya çıkarır

    GİZEM GÜZELSOY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. GÜLAYŞE İNCE DUNN

  2. Tez No

    529360

    Meme kanserinin oluşumunda ve gelişiminde rol oynayan transkripsiyon faktörü-miRNA-hedef gen devrelerinin araştırılması

    The identification of transcription factor-miRNA-target gene circuits taking roles in the development and progression of breast cancer

    YASEMİN ÖZTEMUR ISLAKOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU

  3. Tez No

    810245

    Investigations into the function and regulation of the C-terminal binding protein (CTBP-1) in C. elegans

    C. elegans'ta C-terminal Binding Protein'in (CTBP-1) fonksiyonunun ve düzenlenmesinin araştırılması

    DUYGU YÜCEL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Tıbbi BiyolojiUniversity of Sydney

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HANNAH NICHOLAS

  4. Tez No

    687468

    Identification of transcriptional regulatory networks characterizing invasive and non-invasive bladder cancer cell lines

    Kasa invazif olan ve olmayan mesane kanserihücre hatlarını karakterize eden transkripsyonel regülasyon ağlarının belirlenmesi

    PERİHAN YAĞMUR GÜNERİ SÖZERİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ŞERİF ŞENTÜRK

    DR. SERAP ERKEK ÖZHAN

  5. Tez No

    519769

    Suppression of NFIb expression by gene targeting strategies

    NFIb ifadesinin gen hedefleme stratejileriyle baskılanması

    İBRAHİM OGUZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR

Geri Dön