Identification of transcriptional regulatory networks characterizing invasive and non-invasive bladder cancer cell lines
Kasa invazif olan ve olmayan mesane kanserihücre hatlarını karakterize eden transkripsyonel regülasyon ağlarının belirlenmesi
- Tez No: 687468
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ŞERİF ŞENTÜRK, DR. SERAP ERKEK ÖZHAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Mesane kanseri, epigenetik, gen regülasyonu, invazyon, Bladder cancer, epigenetics, gene regulation, invasion
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Mesane kanseri histopatolojik olarak kasa invasiv olan (MIBC) ve kasa invaziv olmayan (NMIBC) mesane kanseri olarak ikiye ayrılır. Hastalık seyri ve tedavi seçenekleri bu iki türde birbirinden çok farklıdır. Bu tez çalışmasında amaç, MIBC ve NMIBC mesane kanseri hücre hatlarını karakterize eden gen regülasyon mekanizmalarını belirlemektir. H3K27ac kromatin immünopresipitasyonu takiben dizileme (ChIP-Seq) tekniği uygulanarak MIBC(5637, HT1376, J82, T24) ve NMIBC (RT112, RT4) gruplarına özgü enhancer bölgeleri belirlenmiştir. Takiben, bu bölgeler üzerinde bulunan transkripsiyon faktörleri ve muhtemel hedef genleri belirlenmiştir. Kromatin ilişkili proteinlerin seçici izolasyonu (ChIP-SICAP) methodu ile belirlenen transkripsiyon faktörleri ile beraber bulunan proteinler belirlenmiştir. FLI1 and FRA1 ChIP-Seq deneyleri de yapılarak hedef genleri filtrelenmiştir. Son olarak, FLI1 ve FRA1 genleri susturularak hedef genler üzerinde etkisi incelenmiştir. FLI1 ve FRA1 transkripsiyon faktörleri motifleri MIBC grubuna özgü enhancer bölgelerinde; GRHL2, Tp63 and PPARɣ transkripsiyon faktörleri motifleri NMIBC'ye özgü enhancer bölgelerinde bulunmuştur. MIBC grubuna özgü bulunan hedef genler genellikle“epitel hücre göçü”ile alakalı iken NMIBC grubunun hedef genlerinin çoğunlukla transkripsiyon faktörlerinden oluştuğu gözlemlenmiştir. FLI1 ve FRA1 ChIP-SICAP ve ChIP-Seq deneyleri ve FLI1 ve FRA1 genlerinin susturulmasından sonra, MAP4K4 ve FLOT1 genlerinin bu transkripsiyon faktörleri tarafından regule edildiğini göstermiştir. Elde edilen bulgular MIBC ve NMIBC gruplarını karakterize eden regülasyon mekanizmalarını ortaya çıkarmıştır. FRA1 ve FLI1, invaziv karakteri regüle eden iki anahtar gen olarak belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Bladder cancer is divided into muscle invasive and non-muscle invasive bladder cancer (MIBC and NMIBC) histopathologically however their prognosis and treatment options are different. In this thesis, the transcriptional regulatory mechanisms characterizing MIBC and NMIBC are aimed to be identified. H3K27ac chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) was used to identify group specific enhancers specific to MIBC (5637, HT1376, J82, T24) and NMIBC (RT112, RT4) cell lines. Transcription factor motifs on differential active regulatory regions are identified and possible gene targets were found. Selective Isolation of Chromatin Associated Proteins (ChIP-SICAP) method was used to find co-partner proteins of the transcription factors. FLI1 and FRA1 ChIP-Seq experiments are also done and the target genes were filtered accordingly. Finally, knockdown of the transcription factors characterizing MIBC group was performed. FLI1 and FRA1 transcription factors are determined to be enriched at MIBC specific enhancers and GRHL2, Tp63 and PPARg transcription factors are found at NMIBC specific enhancers. Predicted target genes of MIBC group were mostly involved“epithelial cell migration”however NMIBC group's target genes are mainly consisting transcription factors. Integrative analysis of FLI1 and FRA1 ChIP-SICAP and ChIP-Seq and FLI1 and FRA1 knockdown experiments showed that MAP4K4 and FLOT1 genes are the two key target genes regulated by these transcription factors. Collectively our results uncovered the regulatory landscapes characterizing MIBC and NMIBC. FLI1 and FRA1 are determined as the two prominent transcription factors regulating the genes involved in gain of invasive characteristics.
Benzer Tezler
- Identification of perturbation-responsive key transcription factors in transcriptional regulatory networks
Transkripsiyonel düzenleyici ağlarda genetik ve çevresel değişimlere en anlamlı yanıt veren transkripsiyon faktörlerinin saptanması
FATMA BESTE KINIKOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BETÜL KIRDAR
PROF.DR. ZEYNEP İLSEN ÖNSAN
- Identification of transcriptional networks controlling themesenchymal-epithelial transition
Mezenkimal-epitelyal dönüşümünü (MET) kontrol eden transkripsiyonel ağların belirlenmesi
BURCU ŞENGEZ
Doktora
İngilizce
2020
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HANİ ALOTAİBİ
- Identification of candidate biomarkers and potential therapeutics for idiopathic pulmonary fibrosis through systems biology approaches
İdı̇opatı̇k pulmoner fı̇brozı̇s içı̇n aday bı̇yobelı̇rteç ve potansı̇yel terapötı̇klerı̇n sı̇stem bı̇yolojı̇sı̇ yaklaşımları ile belı̇rlenmesı̇
MECBURE NUR AKÇA
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CEYDA KASAVİ
- Meme kanserinin oluşumunda ve gelişiminde rol oynayan transkripsiyon faktörü-miRNA-hedef gen devrelerinin araştırılması
The identification of transcription factor-miRNA-target gene circuits taking roles in the development and progression of breast cancer
YASEMİN ÖZTEMUR ISLAKOĞLU
Doktora
Türkçe
2018
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU
- Using systems based models to uncover the disease network of Psoriasis and its associations with other autoimmune-related diseases
Sistem esaslı modeller kullanarak sedef hastalığı ağının ve diğer bağışıklık sistemi ile ilintili hastalık ağlarının oluşturulması
TUBA SEVİMOĞLU
Doktora
İngilizce
2015
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA