Dipeptidil bor bileşiklerinin elektron konformasyonel-genetik algoritma (EC-GA) metodu ile 4D-QSAR analizi
Pharmacophore identification and bioactivity calculation for dipeptidly boron compounds using 4D-QSAR electron conformasyonel-genetic algorithm method
- Tez No: 374283
- Danışmanlar: PROF. DR. EMİN SARIPINAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: QSAR, ilaç tasarımı, dipeptidil bor bileşikleri, farmakofor, elektron konformasyonel metot, genetik algoritma, QSAR, drug design, dipeptidly boron compounds, pharmacophore, electron conformational method, genetic algorithm
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 123
Özet
Bu çalışmada, dipeptidil bor bileşik serisine ait farmakofor grubunun belirlenmesi ve nicel biyoaktivite tahmini tarafımızdan geliştirilen Elektron Konformasyonel-Genetik Algoritma (EC-GA) 4D-QSAR metodu kullanılarak yapılmıştır. Kuantum kimyasal hesaplamalar HF metodu 3-21 G temel seti kullanılarak (sulu ortamda) yapıldıktan sonra yük, bağ derecesi, kartezyen koordinatları ve konformasyon analiz bilgilerinden faydalanılarak serideki bileşiklerin bütün konformerleri için Elektron Konformasyonel Uygunluk Matrisleri (ECMC) hazırlanmıştır. EMRE programı kullanılarak ECMC'ler belirli tolerans değerleri içerisinde karşılaştırılıp dipeptidil bor bileşik serisi için aktiviteden sorumlu farmakofor grubu bulunmuştur. Seride aktivitiye en fazla etkisi olan alt parametre setini seçmek ve teorik aktivite değerlerini hesaplamak için EMRE yazılımı içinde olan genetik algoritma ve doğrusal olmayan en küçük kareler (Isqnonlin) yöntemi kullanılmıştır. Ayrıca bileşikler eğitim ve test seti olarak sınıflandırılarak modellerin doğruluğu çapraz doğrulama ve istatistiksel olarak yapılmıştır. Model için R2eğitim, R2test, q2, q2ext1, q2ext2, q2ext3 ve con1, con2 ve con3 değerleri sırasıyla 0.850, 0.809, 0.755, 0.776, 0.759, 0.735, 0.922, 0.846, 0.905'tir.
Özet (Çeviri)
In this study, the electron conformational genetic algorithm (EC-GA) method had been employed as a 4D-QSAR approach to reveal the pharmacophore (Pha) and to predict anticancer activity of the dipeptidly boron compound series. After quantum chemical calculations were made by using the HF method 3-21 G of basis set (aqueous medium), the Electron Conformational Matrices of Congruity (ECMC) were prepared by means of the charge, bond order, the cartesian coordinates conformational analysis information for all conformers of compounds in the series. ECMC's were compared within a certain tolerance values by using the program EMRE and responsible pharmacophore group for dipeptidly boron compound series was found. For selecting of sub-parameter which had the most effect on activity in serial and calculation of theoretical activity values non-linear least square method and genetic algorithm which was taken part in EMRE program was used. In addition, compounds were classified as the training and test set and accuracy of the models was made as cross-validation and the statistical. For model R2eğitim, R2test, q2, q2ext1, q2ext2, q2ext3 ve con1, con2 and con3 values were 0.850, 0.809, 0.755, 0.776, 0.759, 0.735, 0.922, 0.846, 0.905 respectively.
Benzer Tezler
- Dipeptidil peptidaz 4 inhibitörü kullanımının tip 2 diyabetli hastalarda nötrofillerde myeloperoksidaz düzeyine etkisi var mıdır?
DOES the use of dipeptidil peptiase 4 inhibitors effect on myeloperoxidase level in neutrophiles in TYPE2 diabetes patients?
KEMAL ŞAHİN BİNEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
İç HastalıklarıAydın Adnan Menderes Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENGİN GÜNEY
- Dipeptidil peptidaz-4 inhibitörleri (dPP-4) ve metformin kombinasyonunun serum vitamin b12, folik asit ve ferritin düzeylerine etkisi
Effect of dipeptidyl peptidaz-4 inhibitors (dPP-4) and metformin combination on serum vitamin B12, folic acid and ferritine levels
FEVZİYE TÜRKOĞLU GENÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıSakarya Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET NALBANT
- Dipeptidil peptidaz ıv aktivitesi inhibisyonunun kolon kanser gelişimine ve progresyonuna etkileri
Investigating the effects of dipeptidyl peptidase ıv activity ınhibition in colon cancer development and progression
FATMA BANU ÖZTÜRK CEYHAN
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2011
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıEge ÜniversitesiEndokrinoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞEVKİ ÇETİNKALP
- Dipeptidil peptidaz IV enziminin saflaştırılması, karakterizasyonu ve inhibitörlerinin belirlenmesi
Purification and characterization of dipeptidyl peptidase IV and determination of inhibitors
ALİ ZEYTÜNLÜOĞLU
- Sitagliptin'in sharpless epoksidasyon yöntemi ile sentezi
Synthesis of sitagliptin by sharples epoxidation method
DERYA ANIL