Dipeptidil bor bileşiklerinin elektron konformasyonel-genetik algoritma (EC-GA) metodu ile 4D-QSAR analizi
Pharmacophore identification and bioactivity calculation for dipeptidly boron compounds using 4D-QSAR electron conformasyonel-genetic algorithm method
- Tez No: 374283
- Danışmanlar: PROF. DR. EMİN SARIPINAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: QSAR, ilaç tasarımı, dipeptidil bor bileşikleri, farmakofor, elektron konformasyonel metot, genetik algoritma, QSAR, drug design, dipeptidly boron compounds, pharmacophore, electron conformational method, genetic algorithm
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, dipeptidil bor bileşik serisine ait farmakofor grubunun belirlenmesi ve nicel biyoaktivite tahmini tarafımızdan geliştirilen Elektron Konformasyonel-Genetik Algoritma (EC-GA) 4D-QSAR metodu kullanılarak yapılmıştır. Kuantum kimyasal hesaplamalar HF metodu 3-21 G temel seti kullanılarak (sulu ortamda) yapıldıktan sonra yük, bağ derecesi, kartezyen koordinatları ve konformasyon analiz bilgilerinden faydalanılarak serideki bileşiklerin bütün konformerleri için Elektron Konformasyonel Uygunluk Matrisleri (ECMC) hazırlanmıştır. EMRE programı kullanılarak ECMC'ler belirli tolerans değerleri içerisinde karşılaştırılıp dipeptidil bor bileşik serisi için aktiviteden sorumlu farmakofor grubu bulunmuştur. Seride aktivitiye en fazla etkisi olan alt parametre setini seçmek ve teorik aktivite değerlerini hesaplamak için EMRE yazılımı içinde olan genetik algoritma ve doğrusal olmayan en küçük kareler (Isqnonlin) yöntemi kullanılmıştır. Ayrıca bileşikler eğitim ve test seti olarak sınıflandırılarak modellerin doğruluğu çapraz doğrulama ve istatistiksel olarak yapılmıştır. Model için R2eğitim, R2test, q2, q2ext1, q2ext2, q2ext3 ve con1, con2 ve con3 değerleri sırasıyla 0.850, 0.809, 0.755, 0.776, 0.759, 0.735, 0.922, 0.846, 0.905'tir.
Özet (Çeviri)
In this study, the electron conformational genetic algorithm (EC-GA) method had been employed as a 4D-QSAR approach to reveal the pharmacophore (Pha) and to predict anticancer activity of the dipeptidly boron compound series. After quantum chemical calculations were made by using the HF method 3-21 G of basis set (aqueous medium), the Electron Conformational Matrices of Congruity (ECMC) were prepared by means of the charge, bond order, the cartesian coordinates conformational analysis information for all conformers of compounds in the series. ECMC's were compared within a certain tolerance values by using the program EMRE and responsible pharmacophore group for dipeptidly boron compound series was found. For selecting of sub-parameter which had the most effect on activity in serial and calculation of theoretical activity values non-linear least square method and genetic algorithm which was taken part in EMRE program was used. In addition, compounds were classified as the training and test set and accuracy of the models was made as cross-validation and the statistical. For model R2eğitim, R2test, q2, q2ext1, q2ext2, q2ext3 ve con1, con2 and con3 values were 0.850, 0.809, 0.755, 0.776, 0.759, 0.735, 0.922, 0.846, 0.905 respectively.
Benzer Tezler
- Pulmoner embolide ACE gen polimorfizmi sıklığı
The frequency of ACE gen polymorhism in pulmonary embolism
BUKET ALTINOK
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NEJAT AKAR
- Vascular function in chronic end-organ damage: pharmacological characterization of vasomotor function in systemic vasculature
Kronik uç-organ hasarında vasküler fonksiyon: Sistemik damarlarda vazomotor fonksiyonun farmakolojik karakterizasyonu
NADİR ULU
Doktora
İngilizce
2009
Eczacılık ve FarmakolojiUnıversıty Of Gronıngen (rıjksunıversıteıt Gronıngen)Tıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ROBERT HENK HENNING
- Phenotypic rescue of a bacilysin-silenced strain of Bacillus subtilis with bacilysin supplementation
Basilisin üretimi susturulmuş bir Bacillus subtilis suşundaki fenotipik farklılaşmanın basilisin ile kurtarılması
OZAN ERTEKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
MikrobiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- The effects of global control elements on the expression of a novel GntR type regulator yvfI in B. subtilis
Global kontrol elemenlarının B. subtilis?te yeni bir GntR tipi düzenleyici gen olan yvfI?nın gen ifadesi üzerindeki etkileri
EMİNE CANAN ÜNLÜ ÖZKURT
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Genetikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ
- The effect of global control elements on the expression of ywfH gene in B. subtilis
Global kontrol elemanlarının B. subtilis?te yer alan ywfH geninin ifadesi üzerindeki etkileri
ORKUN PİNAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Genetikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ