Molecular variation, phylogeography and phylogenetic analysis of trigonaspis synaspis (Hymenoptera: Cynipidae) from Anatolia
Trıgonaspıs synaspıs (Hymenoptera: Cynıpıdae) 'in Anadolu populasyonlarının moleküler varyasyonu,filocoğrafik ve filogenetik analizleri
- Tez No: 376016
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SERAP MUTUN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Zooloji, Zoology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Abant İzzet Baysal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 100
Özet
Bu tezde, Anadolu'da geniş bir dağılım gösteren Trigonaspis synaspis'in tür içi moleküler varyasyonu, filogenetik ve filocoğrafik yapısı, 433 baz çiftlik mitokondriyal sitokrom b geni ve nüklear DNA'nın ITS2 bölgesi dizi analizi yapılarak araştırılmıştır. Bu amaçla 21 populasyonu temsil eden 166 birey çalışılmış ve 50 özgün sitokrom b ile 15 ITS2 haplotipi belirlenmiştir. Genetik çeşitlilik analizleri Anadolu'da yüksek oranda moleküler varyasyonun olduğunu göstermiştir. Ortalama gen çeşitliliği sitokrom b için 0,8554 ve ITS2 bölgesi için 0,3119'dır. Benzer şekilde nükleotid çeşitliliği cyt b için 0,0134 ve ITS2 bölgesi için ise 0,0015'dir. Sitokrom b haplotipleri arasındaki farklılaşma %0,2 ile %3,1 ve ITS2 bölgesi haplotipleri içinde ise %0,2 ile %2,8 arasında değişmektedir. Uyumsuzluk dağılım analizleri hem sitokrom b için hem de ITS2 için populasyonun genişlediğini işaret eden unimodal bir profil sergilemiştir; ancak değerler istatiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Sitokrom b geni kullanılarak üç farklı yaklaşımla yapılandırılan filogenetik analizler benzer topolojiler göstermekle birlikte, en iyi ayrışma Bayesian analiziyle sağlanmıştır. Genel olarak bütün analizlerin benzer haplogrupları oluşturduğu ve coğrafik açıdan ele alındığında haplotiplerin doğu ve batı olarak gruplandığı gözlenmiştir. Öte yandan, ITS2 bölgesi ile yürütülen tüm analizler politomik haplogruplar içeren ve belirgin bir coğrafi yapısı olmayan çoğunlukla benzer topolojileri vermiştir. Trigonaspis synaspis mitokondriyal DNA veri setine uygulanan konvensiyonel böcek moleküler saati Kuaterner dönemindeki iklimsel değişimlerin etkilerine işaret etmektedir. Dışgrup türü olan T. megaptera haplotiplerinin T. synaspis haplotiplerinden ayrışması Pliyosen'in sonlarına tekabül eden 2,3 milyon yıl öncesine işaret etmektedir. Düğüm yaşlarıyla ilgili olarak yapılan Beast analiz sonuçları T. synaspis' in başlıca klad yapılarının ayrışmasında Pleistosen dönemindeki değişimlerin etkili olduğunu destekler niteliktedir. Ayrıca, T. synaspis soyhatlarının filocoğrafik yapısının şekillenmesinde Anadolu'daki coğrafik faktörlerin de etkili olduğu ve bu alanda yapılan benzer çalışmaların sonuçlarıyla örtüştüğü belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Intraspecific molecular variation, phylogenetic and phylogeographic structure of Trigonaspis synaspis with wide distribution in Anatolia were investigated in this thesis through sequencing 433 basepairs of mitochondrial cyt b gene and complete ITS2 region of nuclear DNA. For this purpose, 166 individuals representing 21 populations have been studied and 50 unique cyt b and 15 ITS2 haplotypes were identified across the studied area. Genetic diversity estimates indicated the existence of high amount of molecular variation with the average gene diversity of 0.8554 and 0.3119 for the cyt b gene and ITS2 region, respectively. Likewise, nucleotide diversity was 0.0134 for cyt b gene and 0.0015 for the ITS2 region. The divergence between the cyt b haplotypes was ranging from 0.2 to 3.1%, and 0.2 to 2.8% between the ITS2 region haplotypes. Mismatch distribution analysis for both cyt b and ITS2 showed a unimodal profile indicating population expansion; however the values were not significantly supported by the statistical tests. Phylogenetic analyses of the cyt b haplotypes conducted through three different approaches produced mostly similar topologies with the best resolution provided by the Bayesian analysis. Overall, all analyses generated similar haplogroup structure and in most cases main clades corresponded the geographic locations of the haplotypes. From the geographic point of view, the grouping of the haplotypes with respect to the eastern or western localities was notorious. On the other hand all analyses conducted on the ITS2 region produced mostly similar topologies with polytomic haplogroup largely without apparent geographic structure. The conventional insect molecular clock applied to the mtDNA haplotypes signified the effects of the Quaternary climatic oscillations. Most of all, diversification of the outgroup haplotypes of T. megaptera from T. synaspis haplotypes goes back to 2.3 MYA which corresponds to the late Pliocene. Further, the Beast analysis related to the node ages extrapolated that the Pleistocene fluctuations were influential for shaping the major clade structure in T. synaspis. Furthermore, current results of this thesis support the findings of previous studies in the area that geography was also responsible for giving the subsequent phylogeographic structure among the T. synaspis lineages.
Benzer Tezler
- Molecular evolution and phylogeography of the Eastern Mediterranean water frog (Pelophylax) complex
Doğu Akdeniz su kurbağaları (Pelophylax) kompleksinin moleküler evrimi ve filocoğrafyası
ÇİĞDEM AKIN PEKŞEN
Doktora
İngilizce
2015
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. C. CAN BİLGİN
DOÇ. DR. JORG PLOTNER
- Anadolu dağcıl çeşitliliğinin oluşumunda Toros yolu'nun yeri: Parapholidoptera ve Aparapholıdoptera cinslerinin filocoğrafyası
Role of the Taurus way in the formation of Anatolian biodiversity: Biogeography of the genera Parapholidoptera and Aparapholidoptera
ÖZGÜL YAHYAOĞLU
- Türkiye Erinaceus (Erinaceomorpha: Mammalia) cinsinin moleküler filocoğrafyası
Molecular phylogeography of genus erinaceus (Erinaceomorpha: Mammalia) in Turkey
SADIK DEMİRTAŞ
- Anadolu Cyprinion macrostomus Heckel, 1843 (Teleostei: Cyprinidae) ve Garra rufa Heckel, 1843 (Teleostei: Cyprinidae) populasyonlarının filocoğrafyası: Mitokondri DNA'sının PCR-RFLP varyasyonu
The phylogeography of Anatolian Cyprinion macrostomus Heckel, 1843 (Teleostei: Cyprinidae) and Garra rufa Heckel, 1843 (Teleostei: Cyprinidae) populations: Mitochondrial DNA PCR-RFLP variation
SEVGİ DURNA
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
BiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NACİ DEĞERLİ
DOÇ. DR. FEVZİ BARDAKCI
- Phylogenetic analysis and phylogeographic structure of Cynips quercusfolii (Hymenoptera:Cynipidae) as inferred from mtDNA and nDNA sequences
Cynips quercusfolii'nin (Hymenoptera:Cynipidae) filogenetik analizi ve filocoğrafik yapısının mtDNA ve nDNA sekans yoluyla araştırılması
SERDAR DİNÇ
Doktora
İngilizce
2017
BiyolojiAbant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP MUTUN