Detection of precursor and mature miRNAs by employing deep learning methods: DeepMirFinder
Derin öğrenme yöntemleri kullanılarak öncü ve olgun miRNA'ların tespiti: DeepMirFinder
- Tez No: 809002
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASIA PAVLOPOULOU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Derin öğrenme, çeşitli makine öğrenme yaklaşımlarını geride bırakan bir tekniktir ve birçok biyolojik görevde yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada, aday prekürsör mikroRNA'ların (pre-miRNA'ların) hassas ve doğru bir şekilde tespiti için derin öğrenme yöntemi geliştirilmiştir. Ayrıca, çeşitli genomlardaki homolog pre-miRNA dizilerinin belirlenmesi için bir sinir ağı temelli yaklaşım da uygulanmıştır. Bu amaçla aşağıdaki adımlar gerçekleştirilmiştir: (1) veri toplama, hazırlama ve bölümleme, (2) insan prekürsör ve olgun miRNA'ları tahmin etmek için algoritma tasarımı (evrişimli sinir ağları ve tekrarlayan sinir ağları), (3) olası miRNA'ları etiketli pre-miRNA'lar ve miRNA olmayan yapılarla test ederek metodoloji değerlendirmesi, (4) taksonlar arasında (örneğin, ortologlar) ortolog miRNA'ların belirlenmesine yönelik bir kelime gömme tekniği geliştirme. Bu araştırma tezi bağlamında, hızlı ve doğru prekürsör ve olgun miRNA tahmini için bağımsız ve kullanıcı dostu bir uygulama geliştirilmiştir. Ayrıca, bu çalışmada geliştirilen derin öğrenme yöntemi, filogenetik olarak korunmuş prekürsör miRNA'ların keşfedilmesine olanak sağlar.
Özet (Çeviri)
Deep learning, which outperforms various machine learning approaches, is widely used in multiple biological tasks. In this study, a deep learning method was developed for the sensitive and accurate identification of candidate precursor microRNAs (pre-miRNAs), as well as mature miRNAs. A neural network-based approach was also applied for the identification of homologous pre-miRNA sequences in diverse genomes. To this end, the following steps were carried out: (1) data collection, preparation and partition, (2) algorithm design (convolutional neural networks and recursive neural networks) to predict human precursor and mature miRNAs, (3) methodology evaluation by testing the putative miRNAs against annotated pre-miRNAs and non-miRNA structures, (4) development of a word embedding technique towards the identification of orthologous miRNAs across taxa (i.e. orthologs). In the context of this research thesis, a standalone and user-friendly application was developed for the fast and accurate prediction of bona fide precursor and mature miRNAs. In addition, a deep learning method developed in this study allows the discovery of phylogenetically conserved precursor miRNAs.
Benzer Tezler
- Cost and benefit analysis of features used in machine learning based pre-miRNA detection
Makine öğrenimine dayalı öncül miRNA tespitinde kullanılan özelliklerin fayda ve maliyet analizi
RABİA SULUYAYLA
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. JENS ALLMER
- A robust deep-learning-based detector for Pre-miRNA classification
Pre-miRNA sınıflandırması için derin öğrenme temelli güçlü bir dedektör
ABDULKADİR TAŞDELEN
Doktora
İngilizce
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAHA ŞEN
- Hapatit E virüsü yapısal proteinlerinin (ORF2, ORF3) ekspresyonu, karakterizasyonu, klinik tanı ve aşı çalışmalarında kullanımı
The Expression characterization and clinical aplications hepatitis E virus structural proteins (ORF2, ORF3)
M. HAKAN ÖZDENER
- Deletion mutagenesis of fusarium graminearum NRRL 2903 galactose oxidase in Escherichia coli to study structure-function relations and for prospective biosensor applications
Fusarium graminearum nrrl 2903 galaktoz oksidazının yapı-işlev ilişkilerinin ve ileriye dönük biyosensör uygulamalarının araştırılması için Escherichia coli'de delesyon mutajenezi çalışmaları
BURÇAK KOCUKLU
Doktora
İngilizce
2013
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL
PROF. DR. UFUK BÖLÜKBAŞI
- The role of chemerin in Helicobacter pylori induced gastric pathogenesis
Helicobacter pylori ile indüklenen gastrik patogenezde kemerinin rolü
MANTASHA TABASSUM
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
