An investigation of mutation on ader and ades gene regions in gentamicine resistance acinetobacter baumannii isolates
Gentamisin dirençli acınetobacter baumannıı izolatlarında ader ve ades gen bölgelerindeki mutasyonların araştırılması
- Tez No: 382773
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA PETEK, DOÇ. DR. İHSAN HAKKI ÇİFTCİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Fatih Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 123
Özet
Bu çalışmada aminoglikozid direnci ve aktif atım pompaları arasındaki ilişki incelenmiş, aminoglikozid modifiye edici enzimlerinin direnç mekanizmalarındaki rolü irdelenmiştir. Ek olarak, çeşitli klinik örneklerden izole edilen A. baumannii suşlarında gentamisin direnciyle ilişkili mutasyonlar araştırılmıştır. Çalışmaya 32 A. baumannii izolatı dahil edilmiş, ve identifikasyon ve duyarlılık testleri konvansiyonel yöntemlerle ve otomatize sistemlerle yapılmıştır. Genomik RNA, DNA ve komplementer DNA'nın elde edilmesinde ticari kitler kullanılmıştır. adeR, adeS ve yedi aminoglikozid modifiye edici enzim için primer Genbank veritabanına ve önceki çalışmaların verilerine göre dizayn edilmiştir. Tüm suşlar adeR, adeS ve aminoglikozid modifiye edici enzim varlığı için polimeraz zincir reaksiyonuna (PZR) tabii tutulmuştur. Optimizasyon çalışmaları için elde edilen PCR ürünleriyle elektroforez gerçekleştirilmiştir. adeRS lokusunun mutasyon analizleri sekans yapılmıştır. 2 suşun sekans sonuçlarına göre adeRS operonunda diğer suşlardan farklı 5 mutasyon bulunmuştur. A21 suşunda 3 mutasyon tespit edilmiştir. Bunların bulundukları yerler (Tyr31→Phe), (Val136→Ala) ve (Leu142→Ile) şeklindedir. A24 suşunda 3 mutasyon tespit edilmiştir. Bunların bulundukları yerler (Asn115→His), (Leu142→Ile). Çalışmamızda incelediğimiz gen bölgelerinin A. baumannii'nin önemli direnç mekanizmalarında rol oynadığı kabul edilmektedir. Sonuçlar adeR ve adeS ekspresyonunun aminoglikozit direnci üzerine etkisini açıkça göstermektedir. Ancak, sadece gen ekspresyonuda yeterli gibi görünmemektedir. Bu çalışma ülkemizde gentamisin dirençli Acinetobacter baumannii suşlarında adeABC atım pompalarının incelendiği ilk çalışma olmuştur.
Özet (Çeviri)
In this study we evaluated the relationship between aminoglycoside resistance and active efflux pump, and determined the role of the Aminoglycoside-modifying enzymes in resistance mechanisms. Additionally, the mutations related to gentamicin resistance were investigated in A. baumannii strains that are isolated from different clinical specimens. Thirty two A. baumannii isolates were included in this study, and identifications and susceptibilities tests of the isolates were done using conventional techniques and automated system. The total genomic RNA, DNA and cDNA were extracted using the commercial extraction kit. Primers of the adeR, adeS and seven aminoglycoside-modifying enzymes were designed according to GenBank database and previous study data. All strains were subjected to polymerase chain reaction (PCR) for presence of adeR, adeS and aminoglycoside-modifying enzyme. The obtained PCR products were carried out to electrophoresis for optimization study. Sequence analysis of our two strain's adeRS operons showed five mutations differ than other strains. A21 strain have 3 mutations that was located in the (Tyr31→Phe), (Val136→Ala) and (Leu142→Ile). A24 strain have two mutations that was located in the (Asn115→His), (Leu142→Ile). In our study, examined gene regions that play a role in resistance mechanisms of A. baumannii are considered important. Results indicate that adeR and adeS expression have been clearly shown to be effective on aminoglycoside resistance. But, it does not seem like enough of gene expression alone. This is the first study to focus on adeABC efflux pump expression level in gentamicine resistance A. baumannii isolates in Turkey.
Benzer Tezler
- Tiroit kanserli olgularda RET (REarranged during Transfection) proto-onkogen mutasyonlarının araştırılması
An investigation of RET (REarranged during Transfection) proto-oncogene mutations in thyroid carcinoma
NACİYE SELCEN BAYRAMCI
- The Effects of cysteine 43 mutation on catalytic properties and thermostability of thermoplasma acidophilum citrate synthase
Sistein-43 mutasyonunun thermoplasma acidoplium sitrat sentetaz enziminin katalitik özellikleri ve yüksek ısıya dayanıklılığı üzerindeki etkileri
İPEK ERDURAN
Yüksek Lisans
İngilizce
1996
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Investigation of the effect of ATP13A2 (PARK9) frameshift mutation on the protein function
ATP13A2 (PARK9) çerçeve kayması mutasyonunun protein fonksiyonuna etkisinin incelenmesi
KORAY KIRIMTAY
Doktora
İngilizce
2021
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Mikrosefalik Primordial Dwarfism'in etiyolojisinde rol alan CCDC84'ün mRNA kırpılmasında görevli PRPF3 ile etkileşiminin araştırılması
Investigation of the interaction of Microcephalic Primordial Dwarfismassociated protein CCDC84 with mRNA splicing protein PRPF3
GÜLDEN BUDAK
Doktora
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERSAN KALAY
- Ailevi akdeniz ateşi (AAA) olan hastalarda serum amiloid A1, serum amiloid A2 ve apolipoprotein E genlerinin hastalıkla ilişkisinin incelenmesi
Investigation of the relation between serum amyloid A1, serum amyloid A2 and apolipoprotein E genes and familial mediterranean fever
BÜLENT TEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Tıbbi Biyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. A. NUR BUYRU