Determination of genetic diversity and population structure in eggplant
Patlıcan genetik çeşitliliğın ve populasyon yapısının belirlenmesi
- Tez No: 382932
- Danışmanlar: PROF. DR. ANNE FRARY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 58
Özet
Patlıcan (Solanum melongena), Solanum cinsi içinde ekonomik açıdan önemli bir bitkidir ve farklı ülkelerde farklı isimlerle bilinir. Simdiye kadar bilim insanları tarafindan patlıcan germplazmasının çeşitliliği; morfolojik, biyokimyasal ve moleküler teknikler kullanarak çalışilmiştir. Bu çalışmada, 28 ülkeden toplanmış 79 patlıcan çeşidinin moleküler seviyede genetik çeşitliliği incelenmiş ve sekans bağlantılı çoğaltılmış polimorfizm'in etkinliği diğer çalışmalarla karşılaştırılarak değerlendirilmiştir. On adet bağlantılı çoğaltılmış polimorfizm (SRAP) işaretleyici kombinasyonu kullanılarak 73 S. melongena çeşidinin ve 6 grup dışı örnegin genetik çeşitliliği belirlenmiştir. Denenen bütün primerler polimorfizm göstermiş ve allel ortalaması 4.7 olarak girilmiştir. Çalışmada kulanılan primer kombinasyonlari yeterli polimorfik bilgi sağlamıştır. Dice katsayısı kullanılarak genetik benzerlik analiz edilmis ve akrabalık ağacı unweighted neighbor joining kullanılarak çizilmistir. Dendogram 5 grup göstermiş ve 0,18-1 aralığında 0,59 ortalamada bulunmuştur. Grup dışı örnekler, kültür örneği S.melongena ile güçlü benzerlikleri olan S. linnaeanum and S. incanum ve grup C dışında, S. melongena türleriyle yakın ilişki göstermemiştir. Sonuçlar Dendogram'a girilmis ve PCoA ve STRUCUTRE analizleri tutarlılık göstermiştir. Çalismamizda genetik olarak birbirine benzeyen çesitlerin coğrafik bolgelerdeki dagilimlari arasinda iliski gozlenmemiştir. Türlerin kesin kaynağı ve çesitlerinin adlandırılmasındaki eksikliklikler bağlantı kurmaya engel teşkil etmiştir. Dolayısıyla, dünya çapında patlıcan germplazm merkezlerinden patlıcan türlerini toplayıp power core yazılımıyla görüntülemek devam eden sınıflandırma karışıklıklarını gidermemize yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
Eggplant (Solanum melongena), an economically important crop in the genus Solanum, is known by different names in different countries. The diversity of some eggplant germplasm has studied using morphological, biochemical and molecular techniques by different scientists. Here, we studied the genetic diversity of 79 eggplant accessions collected from 28 countries in a molecular level and the efficiency of Sequence related amplified polymorphism also evaluated in comparison with other studies. The genetic diversity of 73 S. melongena accessions and six outgroups were assessed using ten sequence related amplified polymorphisms (SRAP) marker combinations. All the primer tested showed polymorphism and the average alleles registered per locus was 4.7. The primers included in the study showed moderate polymorphic information content. Genetic similarity was analyzed using Dice coefficient and the relation tree constructed using unweighted neighbor joining. The dendrogram revealed five groups and the similarity of the dendrogram ranged from 0.18 to 1 with mean value of 0.59. All the outgroups were distantly related to S. melongena accessions except the wild S. linnaeanum and S. incanum group C ,which showed strong similarity with the cultivated s. Melongena.The result reported in Dendrogram, PCoA and STRUCTURE analysis showed consistency. The genetic similarities registered in our accessions were not correlated with geographical diversity. Lack of exact provenance and accessions naming is one of the challenge beside uncoordinated work done to characterize eggplant accessions. Therefore, collecting worldwide accessions from different eggplant germplasm center and screening by power core may clarify the ongoing confusions of eggplant classification.
Benzer Tezler
- Determination of genetic diversity and population structure in faba bean (Vicia faba L.)
Baklada (Vicia faba L.) genetik çeşitlilik ve populasyon yapısının belirlenmesi
ŞURHAN GÖL
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Genetikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ANNE FRARY
- Development of single nucleotide polymorphism markers using genotyping by sequencing technique for determination of genetic diversity and population structure in hazelnut
Fındıkta genetik çeşitlilik ve popülasyon yapısının belirlenmesi için dizileme ile genotipleme tekniği kullanılarak tek nükleotid polimorfizm markörlerinin geliştirilmesi
ERTUĞRUL GAZİ YANAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Genetikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAMİ DOĞANLAR
- Yeni nesil dizileme verileri kullanılarak biber koleksiyonunda genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Determination of genetic diversity in pepper collection by next-generation sequencing data
TUĞBA PELİN TOKER
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatAkdeniz ÜniversitesiBitki Islahı ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ENGİN YOL
- Anadolu'ya endemik iki tarla faresinin (Microtus anatolicus ve M. dogramacii) genetik çeşitliliği ve yayılış alanının belirlenmesi
Determination of genetic diversity and distribution of two Anatolian endemics voles (Microtus anatolicus & M. dogramacii)
SERCAN IRMAK
Doktora
Türkçe
2021
BiyolojiZonguldak Bülent Ecevit ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA SÖZEN
PROF. DR. FERHAT MATUR
- Farklı Bambul arı, Bombus terrestris (L.) (Hymenoptera: Aphidae), populasyonlarında yeni nesil dizileme tabanlı snp markır geliştirme ve populasyon yapısının belirlenmesi
Development of new generation sequence-based snp markers and determination of population structure in different Bumblebee, Bombus terrestris (L.) (Hymenoptera: Aphidae), populations
ASLI HÜRRİYET