Antalya, Aydın ve Denizli illerinden farklı konukçulardan toplanan pamuk unlubiti [Phenacoccus solenopsis Tinsley (Hemiptera: Pseudococcidae)] popülasyonlarında ddRAD yöntemi ile genetik yapı ve endosmbiyontların belirlenmesi
Determination of genetic structure and endosymbionts in populations of cotton mealybug [Phenacoccus solenopsis Tinsley (Hemiptera: Pseudococcidae)] collected from different hosts in Antalya, Aydın and Denizli provinces using the ddRAD method
- Tez No: 950055
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CENGİZ İKTEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, istilacı ve ekonomik açıdan önemli bir zararlı olan Phenacoccus solenopsis Tinsley, 1898 (Hemiptera: Pseudococcidae) türü Antalya, Aydın ve Denizli illerinden toplanan örnekler üzerinden genetik varyasyon ve popülasyon düzeyindeki yapısal özellikler bakımından incelenmiştir. Çalışmanın temel amacı, ddRAD (double digest Restriction-site Associated DNA) teknolojisi kullanılarak bu türün genetik çeşitliliğini ve popülasyon yapısını ortaya koymaktır. Ayrıca, aynı örnek bireylerde simbiyotik ilişki içerisinde bulunan endosimbiyont bakterilerin varlığı ve olası etkileri de değerlendirilmiştir. Arazi çalışmaları kapsamında, 25 farklı lokasyondan toplam 125 dişi birey toplanmış; örneklerin DNA izolasyonu CTAB protokolü kullanılarak laboratuvar ortamında gerçekleştirilmiştir. Yeni nesil dizileme (NGS) analizleri sonucunda toplamda 40.165 yüksek kaliteli ve güvenilir SNP verisi elde edilmiştir. Elde edilen bu veriler, STRUCTURE ve PCoA (Principal Coordinates Analysis) gibi popülasyon genetiği analizlerinde kullanılmıştır. STRUCTURE analizinden elde edilen sonuçlar, STRUCTURE Selector web sitesi ile görselleştirilmiş ve dört temel genetik alt popülasyonun varlığı ortaya konmuştur. Özellikle Denizli ve Antalya illerine ait bireylerde yüksek düzeyde genetik farklılaşmalar tespit edilmiştir. Fst analizleri de bu farklılaşmaları desteklemiş ve ortalama Fst değeri 0.2832 olarak belirlenmiştir. Farklı konukçu bitkilerden elde edilen bireyler karşılaştırıldığında, konukçu bazında anlamlı bir genetik ayrışma gözlemlenmemiştir. Hardy-Weinberg dengesi, heterozigotluk oranları ve kaplama (coverage) analizler ile elde edilen verilerin yüksek güvenilirliğe sahip olduğunu göstermiştir. Ayrıca, MEGA 12 yazılımı kullanılarak UPGMA metoduna dayalı bir filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Endosimbiyont analizlerinde ise tüm bireylerde, türün bilinen birincil simbiyontu olan Candidatus Tremblaya phenacola tespit edilmiştir. Endosimbiyont miktarı açısından incelenen bireylerde farklılıklar olmasına rağmen, bölgesel ve/veya konukçu bitkiye özgü bir farklılaşma tespit edilmemiştir.
Özet (Çeviri)
This study investigated the genetic variation and population-level structural characteristics of Phenacoccus solenopsis Tinsley, 1898 (Hemiptera: Pseudococcidae), an invasive and economically significant pest species, using specimens collected from Antalya, Aydın, and Denizli provinces. The primary objective of this study was to elucidate the genetic diversity and population STRUCTURE of this species through the application of double-digest Restriction-site Associated DNA (ddRAD) sequencing technology. Additionally, the presence and potential effects of endosymbiotic bacteria associated with the same individual specimens were evaluated. As part of the field investigation, a total of 125 individuals were collected from 25 different locations. Total nucleic acid isolation was performed in the laboratory using the CTAB protocol. Following next-generation sequencing (NGS) analyses, 40,165 high quality and reliable single nucleotide polymorphism (SNP) data points were obtained. These data were subsequently used in population genetic analyses, including STRUCTURE and Principal Coordinates Analysis (PCoA). STRUCTURE results, visualized using the STRUCTURE Selector web platform, revealed the presence of four distinct genetic subpopulations. A high level of genetic variation was observed, particularly among individuals collected from Denizli and Antalya provines. This differentiation was supported by Fst analysis, with an average Fst; value of 0.2832. Comparisons of individuals from different host plants showed no significant genetic divergence observed based on host. Analyses of Hardy-Weinberg equilibrium, heterozygosity rates, and sequencing coverage assessment confirmed the high reliability of the dataset. Furthermore, a phylogenetic tree was constructed based on the UPGMA method using MEGA 12 software. Endosymbiont analysis revealed that all individuals harbored Candidatus Tremblaya phenacola, the primary symbiont species in all specimens. Despite theendosymbiont load was differing on individuals, there was no regional or host plant-specific differentiation.
Benzer Tezler
- Cam ve plastik seraların sonbahar domates üretimi yönünden karşılaştırılması
Başlık çevirisi yok
ERGUN DURAN
- Sonbahar sera yetiştiriciliğine uygun hıyar çeşit seçimi
Selecting a cucumber variety suitable for glasshouse production in Autumn
MESUT OKTAY
- Antakya tarihi ticaret merkezi mekansal yapı değişim ve gelişim sürecinin kent ticaret merkezi planlamasına etkinliği
The Effectiveness of spatial structural chance and development period of the historical trade center of Antakya in the urban trade planning
NEVİN TURGUT
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Şehircilik ve Bölge PlanlamaGazi ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURCAN UYDAŞ
- Ferrokrom fabrikasında çalışan işçilerde stogenetik çalışmalar
Başlık çevirisi yok
AYNUR ACAR
Doktora
Türkçe
1985
Tıbbi BiyolojiAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜVEN LÜLECİ