Antalya, Aydın ve Denizli illerinden farklı konukçulardan toplanan pamuk unlubiti [Phenacoccus solenopsis Tinsley (Hemiptera: Pseudococcidae)] popülasyonlarında ddRAD yöntemi ile genetik yapı ve endosmbiyontların belirlenmesi
Determination of genetic structure and endosymbionts in populations of cotton mealybug [Phenacoccus solenopsis Tinsley (Hemiptera: Pseudococcidae)] collected from different hosts in Antalya, Aydın and Denizli provinces using the ddRAD method
- Tez No: 950055
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CENGİZ İKTEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 74
Özet
Bu çalışmada, istilacı ve ekonomik açıdan önemli bir zararlı olan Phenacoccus solenopsis Tinsley, 1898 (Hemiptera: Pseudococcidae) türü Antalya, Aydın ve Denizli illerinden toplanan örnekler üzerinden genetik varyasyon ve popülasyon düzeyindeki yapısal özellikler bakımından incelenmiştir. Çalışmanın temel amacı, ddRAD (double digest Restriction-site Associated DNA) teknolojisi kullanılarak bu türün genetik çeşitliliğini ve popülasyon yapısını ortaya koymaktır. Ayrıca, aynı örnek bireylerde simbiyotik ilişki içerisinde bulunan endosimbiyont bakterilerin varlığı ve olası etkileri de değerlendirilmiştir. Arazi çalışmaları kapsamında, 25 farklı lokasyondan toplam 125 dişi birey toplanmış; örneklerin DNA izolasyonu CTAB protokolü kullanılarak laboratuvar ortamında gerçekleştirilmiştir. Yeni nesil dizileme (NGS) analizleri sonucunda toplamda 40.165 yüksek kaliteli ve güvenilir SNP verisi elde edilmiştir. Elde edilen bu veriler, STRUCTURE ve PCoA (Principal Coordinates Analysis) gibi popülasyon genetiği analizlerinde kullanılmıştır. STRUCTURE analizinden elde edilen sonuçlar, STRUCTURE Selector web sitesi ile görselleştirilmiş ve dört temel genetik alt popülasyonun varlığı ortaya konmuştur. Özellikle Denizli ve Antalya illerine ait bireylerde yüksek düzeyde genetik farklılaşmalar tespit edilmiştir. Fst analizleri de bu farklılaşmaları desteklemiş ve ortalama Fst değeri 0.2832 olarak belirlenmiştir. Farklı konukçu bitkilerden elde edilen bireyler karşılaştırıldığında, konukçu bazında anlamlı bir genetik ayrışma gözlemlenmemiştir. Hardy-Weinberg dengesi, heterozigotluk oranları ve kaplama (coverage) analizler ile elde edilen verilerin yüksek güvenilirliğe sahip olduğunu göstermiştir. Ayrıca, MEGA 12 yazılımı kullanılarak UPGMA metoduna dayalı bir filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Endosimbiyont analizlerinde ise tüm bireylerde, türün bilinen birincil simbiyontu olan Candidatus Tremblaya phenacola tespit edilmiştir. Endosimbiyont miktarı açısından incelenen bireylerde farklılıklar olmasına rağmen, bölgesel ve/veya konukçu bitkiye özgü bir farklılaşma tespit edilmemiştir.
Özet (Çeviri)
This study investigated the genetic variation and population-level structural characteristics of Phenacoccus solenopsis Tinsley, 1898 (Hemiptera: Pseudococcidae), an invasive and economically significant pest species, using specimens collected from Antalya, Aydın, and Denizli provinces. The primary objective of this study was to elucidate the genetic diversity and population STRUCTURE of this species through the application of double-digest Restriction-site Associated DNA (ddRAD) sequencing technology. Additionally, the presence and potential effects of endosymbiotic bacteria associated with the same individual specimens were evaluated. As part of the field investigation, a total of 125 individuals were collected from 25 different locations. Total nucleic acid isolation was performed in the laboratory using the CTAB protocol. Following next-generation sequencing (NGS) analyses, 40,165 highquality and reliable single nucleotide polymorphism (SNP) data points were obtained. These data were subsequently used in population genetic analyses, including STRUCTURE and Principal Coordinates Analysis (PCoA). STRUCTURE results, visualized using the STRUCTURE Selector web platform, revealed the presence of four distinct genetic subpopulations. A high level of genetic variation was observed, particularly among individuals collected from Denizli and Antalya provines. This differentiation was supported by Fst analysis, with an average Fst; value of 0.2832. Comparisons of individuals from different host plants showed no significant genetic divergence observed based on host. Analyses of Hardy-Weinberg equilibrium, heterozygosity rates, and sequencing coverage assessment confirmed the high reliability of the dataset. Furthermore, a phylogenetic tree was constructed based on the UPGMA method using MEGA 12 software. Endosymbiont analysis revealed that all individuals harbored Candidatus Tremblaya phenacola, the primary symbiont species in all specimens. Despite theendosymbiont load was differing on individuals, there was no regional or host plant-specific differentiation.
Benzer Tezler
- Bedensel engelli bireylerin katıldıkları serbest zaman etkinliklerinden tatmin olma ve algılanan özgürlük düzeylerinin incelenmesi
Satisfaction with free time activities attended by physically disabled individuals and investigation of perceived freedom levels
ÜMMÜGÜLSÜM EKİNCİ
- Uzaktan eğitim ile verilen OBADER oturumlarının 36-72 aylık çocukları olan ebeveynler üzerindeki etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of OBADER sessions given by distance education on parents with 36-72 months old children
SİNEM SERÇE
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Eğitim ve ÖğretimKastamonu ÜniversitesiTemel Eğitim Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NAİM ÜNVER
- Türkiye'de küçük ruminantlarda mide bağırsak nematodu türlerinin popülasyon genetiği ve antelmentik direnç durumunun tespiti
Population genetics and detection of anthelmintic resistance of gastro-intestinal nematode species in small ruminants in Turkey
MAHMUT SİNAN EREZ
- 15 büyükşehir için ısıtma sezonundaki her ay ve sezonluk serbest ısıtma hesaplamaları için farklı bir yöntemin araştırılması
Investigation of a different method for each month and seasonal free heating calculations of 15 metropolises in the heating season
ERDEM YAŞAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Makine MühendisliğiSakarya Uygulamalı Bilimler ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA ALİ ERGÜN ERTÜRK
- Küresel bir sorun 'gıda atıkları': Otel işletmelerinde önlenmesi ve değerlendirilmesine yönelik model önerisi
A global problem 'food waste': Reduce and recovery food waste model for hotel industry
SONGÜL KILINÇ ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
TurizmMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiTurizm İşletmeciliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AYDAN BEKAR