Cloning and expression of a haloacid dehalogenase gene from pseudomanas sp. strain ISS ın E. coli
Pseudomonas sp. 19S suşundan bir haloasit dehalogenaz geninin E.Coli'ye klonlanması ve ekspresyonu
- Tez No: 38569
- Danışmanlar: PROF.DR. SEMRA KOCABIYIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Pseudomonas, dehalogenaz, PCR, klonlama, biyodegredasyon vı
- Yıl: 1995
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
oz PSEUDOMONAS SP. 19S SUSUNDAN BİR HALOASİT DEHALOGENAZ GENİNİN E. COLİ'YE KLONLANMASI VE EKSPRESYONU Aslan, Buğraer Yüksek Lisans, Biyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Semra Kocabıyık Nisan, 1995, 77 sayfa Bu çalışmada Pseudomonas sp. susu 19S'in çeşitli haloalkanoik asitlerin kullammmdan sorumlu bir dehalogenaz enziminin geni E. co/z'ye klonlanmış ve ekspres edilmiştir. Klonlamada izlediğimiz strrateji Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılarak, Pseudomonas dehalogenaz genine homolog bir fragmanın spesifik olarak amplifikasyonuna dayanmaktadır. Elde edilen PCR amplikon probe olarak kullanıldığında, Bam HI ile kesilmiş Pseudomonas sp. 19S total DNAsmda Southern Blot ile dehalogenaz geninin pozisyonunun saptanmasında başarılı olmuştur. Bu pozisyona karşılık gelen fragmanlar, pUC 18 vektöre bağlamp E. coli MV1190 susunda klonlanmışlardır. Dehalogenaz aktivitesi oldukça yüksek (70%) bir klon5.5 kb'lık bir fragman taşıyan bir plazmite (pUC 18.5SB) sahiptir. Rekombinant bakterinin hücre özütünde, orijinal bakterirünkinden daha yüksek dehalogenaz aktivitesi bulunmuştur. Klonlanan dehalogenaz geni, Southern Blot Hibridizasyonunda, PCR amplikon prob olarak kullanıldığında rekombinant plasmid DNA'smda gözlenmiştir. Klonlanmış deh CI ve deh CII yapısal genlerinden hazırlanmış DNA problar, kullandığımız deney koşullarında, Pseudomonas sp. 19S genini saptayamamışlardır. Southern Blot Hibridizasyonda, markalama ve sinyal oluşumunda radyoaktif olmayan Biyotin sistemi başarı ile kullamlmıştır ki radyoaktif sistemin dezavantajlarını ortadan kaldırmaktadır.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT CLONING AND EXPRESSION OF A HALOACID DEHALOGENASE GENE FROM PSEUDOMONAS SP. STRAIN 19S IN E. COLI Aslan, Buğraer M.S., Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Semra Kocabıyık April, 1995, 77 page In this study a dehalogenase gene specifying the utilization of a variety of haloalkanoic acids by Pseudomonas sp. strain 19S has been cloned and expressed in E. coli. Our cloning strategy employed specific amplification of a fragment homologous to Pseudomonas dahalogenase gene by Polymerase Chain Reaction (PCR). The PCR primers were designed considering the highly conserved two aminoacid motifs of dehalogenases described so far. The PCR amplicon produced successfully acted as probe to detect the dehalogenase gene in the Southern Blot of the Bam HI digested Pseudomonas sp. 19S total DNA. Corresponding fragments were cloned into pUC 18 vector and amplified 111in E. coli MV1190. One clone with a substantial dehalogenation activity carried a recombinant plasmid (pUC 18.5SB) containing a 5.5 kb insert. Higher levels of dehalogenase activity was detected in the cell free extracts of the recombinant bacteria than the wild-type. Cloned dehalogenase gene was detected in the recombinant plasmid DNA by Southern Hybridization, using PCR amplicon as the probe. DNA probes prepared from the cloned deh cl and deh ell structural genes didn't detect the Pseudomonas sp. 19S dehalogenase gene, under the experimental conditions. In Southern Blot Hybridization, for both labelling and signal generation, non-radioactive Biotin system was used, successfully, obviating the disadvantages of the radioactive system. Key words : Pseudomonas, dehalogenase, PCR, cloning, biodegredation IV
Benzer Tezler
- Cloning and expression of TaqI restriction endonuclease gene using pmal-c2 vector system in different straints of escherichia coli
TaqI restriksiyon endonükleaz geninin pmal-c2 vektör sistemi kullanılarak değişik escherichia coli suşlarında klonlanması ve ekspresyonu
ELİF ÖZKIRIMLI
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BETÜL KIRDAR
- Cloning and expression of gerE and glmS genes in Escherichia coli and Bacillus subtilis, and investigation of their possible interrelation with bacilysin biosynthesis
gerE ve glmS genlerinin Escherichia coli ve Bacillus subtilise klonlanlamasi, ekspresyonu ve basilisin biyosentezi ile olası karşılıklı ilişkilerinin araştırılması
SERGEN AKAYSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Aspergillus flavus karbonik anhidraz geninin klonlanması ve E. coli'de ekspresyonu
Cloning and expression of Aspergillus flavus carbonic anhydrase gene
ZARİF ECE CEYLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TÜLİN AŞKUN
YRD. DOÇ. DR. HATİCE YILDIRIM
- Cloning and expression of the Pseudomonas sp KE38 extra-cellular protease gene in E.coli
Pseudomonas sp KE38 hücre-dışı proteaz geninin klonlanması ve E.coli de ifadelenmesi
ESMA NUR BOZLAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALPER ARSLANOĞLU
- Cloning and expression of periplasmic (CLpP-LIKE) and memrane-bound serine protease genes of thermoplasma volcanium in escherichia coli
Thermoplasma volcaniumun periplazmik (CLpP-benzeri) ve membrana-bağlı serin proteaz enzim genlerinin escherichia colide klonlanması ve anlatımı
BURÇAK DEMİROK