Geri Dön

Detection of Staphylococcus aureus using quantitative real-time polymerase chain reaction and loop-mediated isothermal amplification methods in Turkish white cheese

Staphylococcus aureus'un Türk beyaz peynirinde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ve ilmiğe dayalı izotermal çoğaltma yöntemleri ile belirlenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 387128
  2. Yazar: PINAR KADİROĞLU
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. FİGEN KOREL, YRD. DOÇ. ÇAĞATAY CEYLAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 99

Özet

Bu çalışmanın amacı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu yöntemini kullanarak S. aureus varlığının direkt olarak Türk beyaz peynir örneklerinde belirlenmesi ve peynirlerden izole edilen kolonilerin fenotipik ve moleküler yöntemler kullanılarak tanımlanmasıdır. Bu amaçla, TaqMan ve LNA prob temelli kantitatif PZR analizleri düşük miktarlardaki S. aureus varlığını belirlemek amacıyla karşılaştırılmıştır. TaqMan prob temelli kantitatif PZR yöntemi LNA prob temelli yönteme göre hem saf kültür hem de S. aureus bulaştırılmış peynir örnekleriyle yapılan çalışmalarda daha hassas bulunmuştur. Peynire sonradan S.aureus bulaştırma yapıldıktan sonra direkt bakteriyel DNA izolasyonu için 4 yöntem karşılaştırılmıştır. Tripsin ve kitin'in birlikte kullanıldığı yeni yöntemde 13.2 kob/g'a kadar S. aureus miktarı belirlenebilmiştir. Doğal bulaşmış peynir örneklerinde de kantitatif PZR metodunda klasik koloni sayım yönteminden daha fazla miktarda S. aureus sayısına ulaşılmıştır. Bu sonuç kantitatif PZR metodunda ölü ve canlı bakterilerin toplam miktarlarını belirlediği için elde edilmiştir. İlmiğe dayalı çoğaltma (LAMP) yöntemi ile yapılan S. aureus belirleme çalışmalarında etkinlik değeri düşük bulunmakla birlikte sonuçlar arasında tutarsızlık gözlemlenmiştir. Bu çalışmanın tanımlama kısmında, 207 izolat saflaştırılmıştır. Fenotipik ve genotipik olarak karakterize edilen 24 izolattan 3 tanesi 16S ribozomal DNA genomik bölgesinin dizi analizi ile S. aureus olarak tanımlanmıştır

Özet (Çeviri)

The aim of this study was to utilize the quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) method for direct quantitative detection of S. aureus in Turkish white cheese samples and identification of the isolated colonies using phenotypic and molecular methods. The TaqMan and LNA probe-based qPCR analyses were compared by targeting the nuc gene of S. aureus cells to improve the performance of qPCR analyses to quantify low levels of S. aureus cells. TaqMan probe-based assay was found to be more sensitive than LNA probe based assay in S. aureus pure culture and artificially contaminated white cheese sample studies. For direct bacterial DNA extraction from cheese samples, four different methods were compared. The detection range of S. aureus quantification was improved down to 13.2 CFU/g with the combined DNA extraction method of using trypsin and the food DNA extraction kit in artificially contaminated cheese samples. In the naturally contaminated cheese samples, the bacterial numbers calculated by the qPCR method were higher than the plate counts which can be related to detection of live and dead cells together. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method was found to have some weak points in giving consistent results with lower efficiency value for detection of S. aureus. In the identification part of the study, 207 pure cultures were obtained. Among the 24 phenotypically and genotypically characterized isolates, 3 isolates were found to be S. aureus according to the sequence analyses of the 16S ribosomal DNA genomic region.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    828458

    Gıda patojenleri için dijital PCR ile hızlı tespit yöntemlerinin geliştirilmesi

    Development of rapid detection methods for food pathogens using digital PCR

    YELİZ YÜCEL ÖZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYTEN KARATAŞ

  2. Tez No

    277027

    Katı faz ekstraksiyonu, birlikte çöktürme ve bulutlanma noktası ekstraksiyonu ile bazı metallerin zenginleştirilmesi ve türlemesi

    Preconcentration and speciation of some metals by solid phase extraction, coprecipitation and cloud point extraction

    DEMİRHAN ÇITAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    KimyaGaziosmanpaşa Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA TÜZEN

  3. Tez No

    634568

    Curcuminoids: Analytical chemistry, biochemistry, and potential applications

    Kurkuminoidler: Analitik kimya, biyokimya ve potansiyel uygulamaları

    ZEYNEP KALAYCIOĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA BEDİA BERKER

  4. Tez No

    401749

    Infection and co-infection in critical illness: Rapid diagnosis by MT-PCR

    Başlık çevirisi yok

    TUBA ÜNAL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Göğüs Kalp ve Damar CerrahisiUniversity of Sydney

    DOÇ. DR. JON IREDELL

  5. Tez No

    824098

    Determination of chlamydia trachomatis and other microorganisma infections in infertile women by different methods: The case of Mosul

    Infertil kadınlarda Cmhlamydıa trachomatis ve diğer mikroorganizma enfeksiyonlarının farklı yöntemlerle belirlenmesi: Musul örneği

    NADIA MOHAMMED AMEEN ABDULLAH AL IMAM

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEHRA CAN KARAHAN

Geri Dön