Geri Dön

Hepatit C'nin belirlenmesine yönelik yeni bir dna biyosensörünün hazırlanması

Preparation of a novel dna biosensor for detection of hepatitis C virus

PDF İndir

  1. Tez No: 387332
  2. Yazar: SONER DÖNMEZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. FATMA ARSLAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Gazi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 159

Özet

Bu çalışmada, hepatit C virüsü genotip 1a (HCV1a) tespiti için indikatörsüz DNA dizi algılama yöntemine dayalı yeni bir elektrokimyasal DNA biyosensörü geliştirildi. HCV1a biyosensörü kalem grafit elektrot (KGE) ve poliglutamik asit (PGA) kaplı kalem grafit elektrot olmak üzere farklı iki tip çalışma elektrodu kullanılarak hazırlandı. KGE ile yapılan çalışmalarda, elektrotlar öncelikle +1,4 V potansiyelde 30 saniye süreyle asetat tamponunda aktive edildi. İnozin bazı içeren amino grubu takılı prob DNA'lar aktive edilmiş elektrotlara kimyasal bağlanma yöntemi ile immobilize edildi. İmmobilizasyon için en uygun koşullar belirlendi. Daha sonra bu probların hedef ve rastgele diziler ile hibridizasyonu gerçekleştirildi ve hibridizasyon için en uygun koşullar belirlendi. KGE ile hazırlanan DNA biyosensörü için yapılan optimizasyon çalışmalarında, HCV1a'ya ait probların immobilizasyonu için prob derişimi 2,5 µM, hibridizasyonda kullanılan hedef derişimi 2,5 µM, immobilizasyon süresi 60 dk, hibridizasyon süresi 60 dk, immobilizasyon tamponu olarak asetat tamponu (pH: 4,8), hibridizasyon tamponu olarak 5xSSC ve hibridizasyon sıcaklığı olarak 60 ºC bulundu. DNA biyosensörünün doğrusal çalışma aralığı 0,05-0,75 µM olarak bulundu. Tespit limiti ise 54,9 nM olarak hesaplandı. PGA kaplı KGE'ler ile yapılan çalışmalarda, öncelikle KGE yüzeyleri L-glutamik asidin fosfat tamponu (pH: 7) ortamında elektropolimerizasyonu ile PGA kaplandı. Elde edilen PGA filmin yüzeyde oluşumu taramalı elektron mikroskobu (SEM), Fourier dönüşümlü kızılötesi spektroskopisi (FT-IR) ve termogravimetrik analiz (TGA) ile ispatlandı. İnozin içeren amino grubu takılı prob DNA'lar kimyasal bağlanma yöntemi ile PGA yüzeyine immobilize edildi. İmmobilizasyon için en uygun koşullar belirlendi. Daha sonra bu probların hedef ve rastgele dizilerle hibridizasyonu gerçekleştirildi ve hibridizasyon için en uygun koşullar belirlendi. PGA ile hazırlanan DNA biyosensörü için yapılan optimizasyon çalışmalarında, HCV1a'ya ait probların immobilizasyonu için prob derişimi 1,0 µM, hibridizasyonda kullanılan hedef derişimi 1,0 µM, immobilizasyon süresi 30 dk, hibridizasyon süresi 30 dk, immobilizasyon tamponu olarak asetat tamponu (pH: 4,8), hibridizasyon tamponu olarak 2xSSC ve hibridizasyon sıcaklığı olarak 60 ºC bulundu. DNA biyosensörünün doğrusal çalışma aralığı 0,05-1,0 µM olarak bulundu. Tespit limiti ise 40,7 nM olarak hesaplandı. Hazırlanan her iki biyosensörün sinyallerinin ölçümünde kare dalga voltametrisi kullanıldı. Ayrıca bu biyosensörlerin, en uygun koşullarda, sentetik HCV1a polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ürününe uygulaması yapıldı.

Özet (Çeviri)

In this study, an electrochemical DNA biosensor based on indicator-free DNA detection method was prepared for hepatitis C genotype 1 virus (HCV1a). In our experiment pencil graphite electrode (PGE) and polyglutamic acid (PGA) coated pencil graphite electrodes were used as two different types of working electrodes. In PGE-used studies, firstly, electrodes were activated by applying +1.4 V for 30 seconds in acetate buffer. Inosine-substituted DNA probes with modified amino groups were immobilized onto activated electrode by covalent attachment. Optimal conditions were determined for immobilization. After probe immobilization, the hybridization with complementary and noncomplementary sequences was performed, and optimal conditions were determined for hybridization. In the optimization studies of DNA biosensors prepared by PGE, 2.5 µM was suitable concentration for both probe immobilization and and hybridization. Immobilization and hybridization time was found 60 minutes. Acetate buffer (pH: 4.8) was used as immobilization buffer and 5xSSC was used as hybridization buffer. Hybridization temperature was 60 ºC. The linear calibration graph of DNA biosensors was linear between 0,05-0,75 µM. And detection limit was obtained 54.9 nM. In PGE coated with PGA-used studies, firstly, surfaces of PGE modified with PGA were coated by means of electropolymerization of L-glutamic acid in pH 7.0 phosphate buffer solution. The formation of PGE coated with PGA was investigated by using scanning electron microscope (SEM), Fourier-transformed infrared spectroscopy (FT-IR) and thermogravimetric analysis (TGA). Inosine-substituted DNA probes with modified amino groups were immobilized onto PGA surface by covalent attachment from amino link. Optimal conditions were determined for immobilization. After probe immobilization, the hybridization with complementary and noncomplementary sequences was performed, and optimal conditions were determined for hybridization. In the optimization studies of DNA biosensors prepared by PGA coated PGE, 1 µM was suitable concentration for both probe immobilization and and hybridization. Immobilization and hybridization time was found 30 minutes. Acetate buffer (pH: 4.8) was used as immobilization buffer and 2xSSC was used as hybridization buffer. Hybridization temperature was 60 ºC. The linear calibration graph of DNA biosensors was linear between 0,05-1,0 µM. And detection limit was obtained 40.7 nM. The hybridization event was monitored by square wave voltammetry using the guanine signal. In addition, the applications of these biosensors for synthetic PCR analogue of HCV1a were performed in optimal conditions.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    389407

    The effect of HLA DPB1 alleles on the immune response in chronic Hepatitis B

    Kronik Hepatit B hastalığında HLA DPB1 allelerin hastalığın immun yanıta etkisi

    NİLAY GURBET KARATAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Tıbbi Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. GİZEM DİNLER DOĞANAY

  2. Tez No

    352477

    HCV viral yükünün saptanmasında real time PZR temelinde bir yöntem geliştirilmesi

    Development of a new method based on real time PCR for assessment of HCV viral load.

    ABBAS ALİ HUSSEİNİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİTHAT BOZDAYİ

  3. Tez No

    248381

    Hepatit C enfeksiyonunun doğal seyrinde düşük dansiteli Lipoprotein ve Çöpçü Reseptör Class B Tip 1'in polimorfizmlerinin etkisi

    The impact of low density Lipoprotein, and Scaveger Receptor Class Type 1 polymorphisms in the course of hepatit C infection

    EBRU KELEBEK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    GastroenterolojiMersin Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ENGİN ALTINTAŞ

  4. Tez No

    650334

    Hepatit c virüs (HCV) genotiplerinin 'reverse hybridisation strip assay' ve DNA dizi analizi yöntemleriyle araştırılması

    Investigation of hepatitis c virus (HCV) genotypes by 'reverse hybridisation strip assay' and DNA sequencing analysis methods

    PELİN ÖZMEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    MikrobiyolojiErciyes Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SELMA GÖKAHMETOĞLU

  5. Tez No

    351112

    Hepatit c virüs (HCV) enfeksiyonlarında kemokinlerin rolü

    The role of chemokines in hepatitis c virus (HCV) infection

    ORÇUN ZORBOZAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    MikrobiyolojiPamukkale Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLKNUR KALELİ

Geri Dön