Geri Dön

Hepatit c virüs (HCV) genotiplerinin 'reverse hybridisation strip assay' ve DNA dizi analizi yöntemleriyle araştırılması

Investigation of hepatitis c virus (HCV) genotypes by 'reverse hybridisation strip assay' and DNA sequencing analysis methods

PDF İndir

  1. Tez No: 650334
  2. Yazar: PELİN ÖZMEN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SELMA GÖKAHMETOĞLU
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 92

Özet

Hepatit C Virüsü (HCV), tüm dünyada yaklaşık 185 milyon insanı enfekte ettiği tahmin edilen ve her yıl 350 bin kişinin ölümüne sebep olan bir virüstür. HCV'nin 7 genotipi ve 100'den fazla subtipi bulunmaktadır. HCV tedavisinde hedef, kalıcı virolojik yanıt (KVY) olup, KVY'yi belirleyen en önemli faktörler, genotip ve başlangıçtaki HCV-RNA düzeyleridir. HCV genotiplerinin belirlenmesinde LIPA, RFLP, RT PCR ve dizi analizi yöntemleri uygulanmaktadır. Bu araştırma ile, LIPA yöntemiyle saptanan HCV genotiplerinin ve subtiplerinin, dizi analiziyle karşılaştırılması amaçlanmıştır. Erciyes Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi poliklinik/kliniklerine başvuran Kronik HCV tanısı almış, HCV RNA viral yükü 10⁴ IU/ml ve üzeri olan 212 hasta örneğinde LIPA (NLM analytica, İtalya) ve dizi analizi yöntemleriyle HCV genotip ve subtipleri araştırıldı. LIPA yönteminde 5'UTR ve kor bölgeleri, dizi analizi yönteminde ise NS5B gen bölgesi çalışıldı. NS5B gen bölgesinde 340 bp'lik bölge heminested PCR yöntemiyle çoğaltıldıktan sonra, GENKÖK merkezinde (ABI 3500 Genetic Analyzer, Applied Biosystems, ABD) dizi analizi işlemleri yapıldı.İstatistiksel analizler, TURCOSA Analytics programı kullanılarak yapıldı. Çalışmada, LIPA yöntemiyle HCV genotip ve subtipleri araştırılan 212 hastanın 40 (%18,8)'ında Gn 1a, 97 (%45,75)'sinde Gn 1b, 7 (%3,3)'sinde Gn 2, 12 (%5,6)'sinde Gn 2a/c, 2(%0,94)'sinde Gn 2b,19 (%8,96)'unda Gn3, 16 (%7,55)'sında Gn 4, birinde (%0,47) Gn 4a, 15(%7,5)'inde Gn 4c/d, birinde (%0,47) Gn 4h ve 2 (%0,94)'sinde Gn 5 bulundu. Dizi analizi yöntemiyle değerlendirilen 212 hastanın 20 (%9,43)'sinde Gn1a, 118 (%55,6)'inde Gn 1b, 16 (%7,55)'sında Gn 2a, 4 (%1,89)'ünde Gn 2b, birinde (%0,47) Gn 2k, 21 (%9,91)'inde Gn 3a, 2 (%0,94)'sinde Gn 4a, 28 (%13,21)'inde Gn 4d ve 2 (%0,94)'sinde Gn 5a saptandı. İki yöntem arasındaki sonuç farklılığı istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p< 0.001 ). Viral yük- genotip ilişkisine göre, en yüksek viral yük Gn 1a hastalarında saptanmıştır (Shapiro Wilk normallik testi, p

Özet (Çeviri)

Hepatitis C Virus (HCV) is a virus that is estimated to infect approximately 185 million people worldwide and causes 350,000 deaths each year. HCV has 7 genotypes and more than 100 subtypes. The main target in HCV treatment is permanent virological response, the most important factors determining permanent virological response are genotype and initial HCV-RNA levels. LIPA, RFLP, real-time PCR and sequence analysis methods are used to identify HCV genotypes. In this research, it was aimed to compare HCV genotypes and subtypes determined by LIPA method with sequence analysis. HCV genotypes and subtypes were investigated by LIPA (NLM analytica, Italy) and sequence analysis methods in 212 patients with chronic HCV diagnosis and with HCV RNA viral load of 10⁴ IU / ml and above. 5'UTR and core regions were studied in LIPA method and NS5B gene region was studied in sequencing method. After amplifying340 bp region in the NS5B gene region with the heminested PCR method, sequence analysis (ABI 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, USA) was performed in GENKÖK center. Statistical analysis of the study was done by using TURCOSA Analytics program. In the study, HCV genotypes and subtypes were investigated by LIPA method as 40 (18.8%) of 212 patients were Gn 1a, 97 (45.75%) were Gn 1b, 7 (3.3%) were Gn 2, 12 (% 5,6) Gn 2a / c, 2 (0,94%) Gn 2b, 19 (8,96%) Gn3, 16 (7,55%) Gn 4, 1 (0% , 47) Gn 4a, Gn 4c/d in 15 (7.5%), Gn 4h in one (0.47%) and Gn 5 in 2 (0.94%). By sequencing; Gn1a was found in 20 (9.43%) of 212 patients, Gn 1b in 118 (55.6%), Gn 2a, in 16 (7.55%). Gn 2b in 4(1.89%), Gn 2k in one (0.47%), Gn 3a in 21 (9.91%), Gn 4a in 2 (0.94%), Gn4d in 28 (13.21%) Gn 5a in 2 (0.94%) was detected of 212 patients. The result difference between the two methods was found statistically significant (p

Benzer Tezler

  1. Tez No

    352934

    Kronik hepatit C hastalarında pyrosekanslama yöntemi ile hepatit C virusu (HCV) genotiplerinin belirlenmesi

    Detection of hepatitis c virus (HCV) genotypes by pyrosequencing in chronic HCV patients

    OĞUZHAN HANCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    MikrobiyolojiFırat Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YASEMİN BULUT

  2. Tez No

    248775

    Van yöresinde kronik HCV enfeksiyonlu hastalarda HCV genotip dağılımı

    Distribution of hepatitis C virus genotypes in patients with chronic hepatitis C infection in Eastern Turkey.

    TÜRKAN TOKA ÖZER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    MikrobiyolojiYüzüncü Yıl Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA BERKTAŞ

  3. Tez No

    131777

    Kronik hepatit C virüs infeksiyonlu hastalarda infeksiyon kaynakları ile hepatit C virüs genotipleri arasındaki ilişki

    Hepatitis C virus transmission routes in chronic hepatitis C patients and the relationship between the virus genotype and the transmission routes

    FAHRİYE KESKİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SALİH TÜRKOĞLU

  4. Tez No

    92011

    Malatya'da Hepatit C Virüs (HCV) infeksiyon prevalansı, virüsün aile içi bulaş insidansı ve HCV genotiplerinin belirlenmesi

    Determination of Hepatitis C Virus (HCV) seroprevalence, it's vertical transmission and genotypes in Malatya

    KAZIM ŞAHİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2000

    Mikrobiyolojiİnönü Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. RIZA DURMAZ

  5. Tez No

    301052

    Hepatit C virüsünün Türkiye'de dağılımı ve NS5b, E1 ve 5'UTR bölgelerine göre filogenetik analiz ile genotiplerinin belirlenmesi

    Molecular epidemiology and genotype distribution of hepatitis C virus of Turkey as reflected by phylogenetic analysis of the NS5b region, E1 region and 5'UTR region

    SALİHA GÖKÇE KABAKCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. A. MİTHAT BOZDAYI

Geri Dön