Identification of bacteria in a bacterial mixture using Raman spectroscopy
Raman tayfölçümünü kullanarak bakteri karışımından bakteri tespiti
- Tez No: 387944
- Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA ÇULHA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Mikrobiyoloji, Bioengineering, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Enterobacteriaceae, Raman, Raman spektroskopisi, Enterobacteriaceae, Raman, Raman spectroscopy
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Özellikle karışım halinde bulunan patojen bakterilerin hızlı, doğru ve güvenilir tespit yöntemine olan ihtiyaç her geçen gün artmaktadır. İlk mikroorganizmanın keşfinden bu yana, büyük kısmı onların biyokimyasal ve immünolojik özelliklerine dayanan birçok tespit yöntemi geliştirilmiştir. Buna karşın uzun test öncesi ve test süresi, pahalı ve ağır cihazlar, iyi eğitmli ve tecrübeli personel bulundurma zorunluluğu bu yöntemlerin dezavantajlarından bazısıdır.Raman tayfölçümü bakteri hücrelerinin hızlı tespit ve teşhisi için gelecek vadeden bir tekniktir. Bu yöntem, test öncesi işlemlerine gerek duymadan doğrudan örnek üzerine uygulanabilir.Bu çalışmanın amacı, Raman tayfölçümünün, karışım halinde bulunan bakteri hücrelerinin teşhisi için hızlı, güvenilir ve uygulanabilir bir yöntem olduğunu göstermektir. Bu amaca ulaşmak için model olarak beş farklı bakteri türü kullanıldı (Escherichia coli' nin BFK13, BHK7 and DH5alpha alt türleri, Proteus vulgaris ve Shigella sonnei). İlk olarak bu bakterilerin ikili ve üçlü karışımları hazırlandı, daha sonra her bir mikroorganizmadan ve onların ikili ve üçlü karışımlarından Raman tayfı elde edildi. Toplanan veriler işlendikten ve istatistiksel olarak SPSS yazılımında çözümlendikten sonra iki boyutlu Öklid uzaklığı haritalarını çizmek için uygulandı. Sonuç olarak her bakterinin ve onların karışımlarının Raman tayfının çok benzer olduğunu, bunun yanında türlerin tayfını temsil eden her noktanın iki boyutlu Öklid uzaklığı haritalarının farklı koordinatlarına denk geldiğini gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
The need for a quick, accurate and reliable method for detection of pathogenic bacteria, especially in mixture, is increasing day by day. A lot of detection methods have been developed since the discovery of the first microorganism, most of which are based on biochemical and immunological properties. However, their long sample preparation and procedure times, expensive and heavy instrumentation and need for both well- educated and trained staff are some of the disadvantages of these methods.Raman spectroscopy is a promising technique for fast detection and identification of bacterial cells. It can be applied directly on the sample and there is no need for pre- test procedures.Considering the facts about Raman spectrometry which is a fast, reliable and feasible method for identification of bacterial cells in a mixture was the goal of this study. To achieve this goal five different bacteria (BFK13, BHK7 and DH5alpha varieties of Escherichia coli, Proteus vulgaris and Shigella sonnei) were used together as a model. First, the binary and ternary mixtures of bacteria were prepared. Then, Raman spectra were obtained from particular microorganism and their binary and ternary mixtures. When collected data were processed and statistically analyzed using SPSS software they were applied to plot 2D charts of Euclidean distance. As a result, it was shown that Raman spectra of each bacterium and their mixtures are very similar. However, each spot representing spectra of species fall at different coordinate on 2D charts of Euclidean distance.
Benzer Tezler
- Hastane ortamından izole edilen bakterilerin mikrobiyolojik, moleküler yöntemlerle teşhisi ve bazı uçucu yağların dezenfektan potansiyellerinin belirlenmesi
The identification of bacteries isolated from hospital environment using microbiological, molecular methods and determination of disinfectant potential of some volatile oils
MURAT KİREÇCİ
Doktora
Türkçe
2019
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞENGÜL KARAMAN
- Farklı bitki dokularından izole edilen bakterilerin bazı bitki patojeni funguslara karşı in vitro antifungal etkinlikleri ve mekanizmalarının belirlenmesi
Determination of antifungal activities and mechanisms of bacteria isolated from different plants tissues against some fungal disease agents in vitro conditions
NURSEL EMDİRME
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİNE MİNE SOYLU
- Asidofilik bakteriler yardımıyla kalkopirit biyoliçinde katı oranının etkisi
Effect of solid ratio on chalcopyrite bioleaching by using acidophilic bacteria
HASAN ÇİFTÇİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Maden Mühendisliği ve MadencilikSüleyman Demirel ÜniversitesiMaden Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ATA UTKU AKÇIL
- Ege bölgesindeki çeşitli sıcak su kaynaklarından thermus genusu bakterilerin izolasyonu, moleküler yöntemlerle identifikasyonu ve ß-galaktosidaz aktivitesinin saptanması
Isolation and identification of the genus thermus from various hot springs in aegean region by molecular biology methods and determination of ß-galactosidase activity
NERMİN SARIGÜL
- Antibiofilm activity of biosynthesized silver nanoparticles against methicillin resistant Staphyloccoccus aureus isolated from hospitalized patients
Biyosentezli gümüş nanoparçacıkların metisilin dirençli hastanede yatan hastalardan izole edilen Staphyloccoccus aureus`a karşı antibiyofilm aktivitesi
MUSTAFA AHMED MAHMOOD AL-KUBAISI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR ARSLAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ MARWA HAMEED ALKHAFAJI