Antalya ili örtüaltı alanlarında aşılı fidelerden yetiştirilen patlıcanlarda görülen vertıcıllıum dahlıae kleb. izolatlarının moleküler yöntemler kullanarak tespit ve tanımlanması
Detection and characterization of verticillium dahliae kleb. isolates from grafted eggplanst grown in the province of Antalya by molecular methods
- Tez No: 389649
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. MÜRSEL ÇATAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 71
Özet
Verticillium dahliae kleb. fungusunun sebep olduğu Verticillium solgunluğu patlıcanların en ciddi ve ekonomik yönden önemli hastalıklarından biridir. Hastalığı önlemenin en etkin yolu dayanıklı anaçlar üzerine aşılanmış patlıcan çeşitleri kullanmaktır. Bununla birlikte son yıllarda Antalya bölgesinde aşılı patlıcanlarda hastalığın yoğun olarak görüldüğü ve ciddi kayıplara sebep olduğu gözlemlenmiştir. Bu çalışmada Antalya ilinde yetiştirilen aşılı patlıcanlardan elde edilen V. dahliae izolatlarının populasyon ve bölgedeki yaygın veya muhtemel yeni ırk yapılarının moleküler yöntemler kullanılarak tespit ve tanımlanmasına çalışılmıştır. Bu amaçla Antalya, Alanya, Aksu, Finike, Gazipaşa, Konyaaltı, Kumluca ve Manavgat ilçelerinde 20 farklı yerde 54 seradan hastalıklı bitkilerden örnekler alınmış ve V.dahliae izolasyonları yapılmıştır. Elde edilen izolatların türe has (species-specific) markör genomik (SSMG) ve ribozomal DNA İntergenik Spacer (IGS) bölgeleri Polymeraze Zincir Reaksiyonu (PCR) ile çoğaltılarak DNA dizilimleri belirlenmiştir. Aşılı patlıcan izolatları DNA dizilim ve filogenetik analizleri kullanılarak kendi aralarında ve dünyanın diğer bölgelerinden farklı bitkilerden izole edilen ve gen bankasındaki dizilimleri bulunan V. dahliae izolatları ile karşılaştırılmış ve patojenin Antalya bölgesinde yaygın olan populasyon ve ırkları tespit edilmiştir. İzolasyon çalışmalarında hastalık örneklerinin toplandığı Manavgat ilçesi dışındaki ilçelerde bulunan 11 yerde toplam 30 serada V. dahliae tespit edilmiştir. Bu izolatlar 9 farklı anaç ve kalem kombinasyonlarından elde edilmiştir. V.dahliae'nin tespit edildiği 30 seranın her birinden alınan tek bir izolat PCR çoğaltmaları ve DNA dizilimlerini elde etmede kullanılmıştır. Japonyadan getirilen ve domateste ırk1 ve ırk2'yi temsil eden 4 izolatda PCR çoğaltmalarına dahil edilmiştir. Otuz aşılı patlıcan ve 4 domates V.dahliae izolatının bu türe has markör genomik bölgesi DB19/DB22 primer çifti kullanılarak yapılan PCR çogaltmaları beklenen520 ila 550 baz arasında bir PCR ürünü vermişlerdir. IGS bölgesi primer çifti VdIGSFI/VdIGSF2 ile çoğaltılan 10 patlıcan ve 3 domates izolatının PCR çoğaltmalarından ise 1800 ila 2000 baz arasında ürünler elde edilmiştir. V. dahliae'ye has markör gen bölgesi DNA dizilim analizleri 24 patlıcan izolatının 526 ve 6 izolatın ise 542 bazlık farklı bir bir dizilime sahip olarak iki farklı izolat grubunu temsil ettiğini göstermiştir. Grup 1 ve 2 olarak adlandırılan bu izolatlar % 100'lük bir benzerlikle V. dahliae'nin Dünyada bu zamana kadar belirlenen 7 seq grublarından seq2 ve seq4 içinde yer almıştır. Grup 1 izolatları, 2 domates ırk2 ve bir ırk1 ii izolatına %100 benzerken grup 2 izolatları % 98'den az benzemişlerdir. IGS DNA dizilimleride patlıcan izolatlarını A ve B grubu olarak ikiye ayırmıştır. Bu iki grup arasındaki benzerlik % 87 civarında bulunmuştur. A grubundaki izolatlar B grubundakilere kıyasla domates ırk2 izolatlarına daha fazla benzerlik göstermişlerdir (sırasıyla % 95 ve % 79). 30 patlıcan, 4 domates ve gen bankasından 46 farklı bitkiden alınan V. dahliae'ye has genomik markör bölgesinin DNA dizilimleri kullanılarak yapılan analizler patlıcan izolatları içinde birbirinden tamamen farklı iki filogenetik grup bulunduğunu göstermektedir. Özellikle birinci grup içindeki izolatlar domates ırk2 izolatlarına daha yakın grup içine girerken ikinci gruptakiler domates izolatlarından ayrı bir grup içinde yer almışlardır. Dünyanın değişik bölgelerinde değişik bitkilerden alınan 42 genbankası DNA diziliminin dâhil edildiği IGS bölgesi analizleride patlıcan izolatlarının 2 farklı fiogenetik grup içinde yer aldığını göstermiştir. Birinci grupta yer alan izolatlar diğer sebze ve domates ırk2 izolatı ile beraber ikinci grupta yer alanlar ise domates ırk1 ve ırk2 ile tamamen ayrı bir grubun içinde yer almışlardır. V. dahliae domates ırk1'e has primer çifti ile yapılan PCR analizleri 30 patlıcan izolatınında ırk1 olmadığını göstermiştir. Bu tez çalışmanın sonuçları V. dahliae'nin Antalya bölgesinde aşılı patlıcanlarda genetik olarak 2 farklı izolat grubu veya populasyonunun olduğunu ortaya çıkarmıştır. Moleküler analizler her iki grup içindeki izolatlarında ırk1 olmadığını teyit etmiştir. Analizler yine birinci gruptaki izolatların ırk2 olabileceğini 2. gruptakilerin ise yeni farklı bir grubu temsil edebileceğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Verticillium wilt caused by soil-borne pathogen Verticillium dahliae is one of the most destructive and economically important disease of eggplants in Antalya province. Growing eggplants varieties grafted onto resistant rootstocks is a common and efficient practice to control the disease in the greenhouses of the region. However, the disease has become serious and caused serious losses in the greenhouse-grown grafted eggplants. In this thesis research, the population and race structure of V. dahliae isolates from grafted eggplants were determined by molecular methods. The fungus were isolated from eggplants collected from 54 greenhouses at 20 different sites in Aksu, Alanya, Finike, Gazipaşa Konyaaltı, Kumluca, Manavgat districts. The pathogen were detected in 30 greenhouses in 11sites from all districts except Manavgat. The isolates were obtained from 9 different combination of eggplant root stock and scion. DNA were extracted from one single spore isolate representing each greenhouse. DNA were also extracted from 4 tomato isolates representing ırk1and ır2 from Japan. V. dahliae specific marker genomic (SSMG) and intergenic spacer (IGS) regions of the isolates were amplified and sequenced. While Amplifications of V. dahliae specific genomic region of the isolates with primers DB19 and DB22 produced PCR products of 520 to 550 bp, amplifications with with IGS regions with primers VdIGSFI/VdIGSR1 yielded products of 1800-2000 bp. The sequence analysis of V. dahliae SSMG regions revealed that the isolates from grafted eggplants had sequences of 526 and 542bp lengths and formed two different population groups named group1 and group2 respectively. The sequences of these groups were compared with the sequences of V. dahliae sequence groups previously described in V. dahliae isolates from different plants in the world and available in the genbank. Comparisons showed that twenty four V. dahliae isolates from eggplant had a sequence of 526 and shared % 100 sequence similarity with seq2 isolates from olive. Six isolates had a sequence of 542 and were % 100 similar to seq4 isolates from cotton. Group 1 eggplant isolates displayed % 100 seqeunce similarity with two race-2 and one race-1 tomato isolates from Japan. The similarity of the group2 isolates to race-1 and race-2 isolates were less than 98%. The IGS sequences analysis also divided grafted eggplants isolates into two groups named group A and group B. The sequence similarity between these two groups was % 87. The isolates in the group A shared more sequence homology (% 95) with race-2 tomato isolates than group B (% 79). Phylogenetic analysis of SSMG sequences from 30 eggplant, 4 tomato and 48 genbank sequences of the isolates also revealed that isolates from eggplants fall into 2 different groups. Group 1 isolates were found to be more closely related to race-2 tomato isolates and other isolates from vegetables. On the other hand group 2 isolates were iv phylogenetically distant from race-1 and race-2 tomato isolates. Phylogenetic analysis of IGS sequences were performed with the sequences of ten grafted eggplant, two race-2 and one race-1 tomato and 42 genbank isolates from different region and different plants around the world. The analysis showed again that graftedd eggplant isolates grouped in two different groups previosuly determined in sequence analysis as group A and group B. Group A isolates grouped together with tomato race-2 and other vegetable isolates. Group B isolates were in phylogenetically distant group with race-1 and race-2 tomato isolates. PCR analysis with V. dahliae race-1 specific primers VdTr1 ve VdTr2 didn't produce any PCR products with any of the 30 isolates from grafted eggplants. This showed that eggplant isolates didn't belong to race-1 isolates. The overall results of this thesis study indicated that there were two genetically different population and isolate groups of V. dahliae in the greenhouses of Antalya province. When sequence and phylogenetic analysis coupled with race-specific analysis, it can be assumed that the eggplant isolates especially first group most probably belonged to race-2 and second group to race-2 or an identified race group.
Benzer Tezler
- Örtü altı yetiştiricilikte bazı aşılı domates çeşitlerinin kök ur nematodlarına (Meloidogyne spp.) karşı dayanıklılıklarının ve nematod yoğunluğunun araştırılması
Investigation of nematode density and the resistance of some grafted tomato varieties against root knot nematodes (Meloidogyne spp.) in greenhouse
KÜBRA DUDU DEMİR ERGİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
ZiraatUşak ÜniversitesiTarım Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLCAN TARLA
- Antalya ili Elmalı ilçesinde örtü altı domates üretim alanlarında görülen Verticillium dahliae kleb. izolatlarının moleküler tanısı
Molecular characterization of Verticillium dahliae kleb. isolates from greenhouse tomato production areas of the Elmalı district in Antalya
HASAN AKAR
- Antalya ili örtüaltı domates alanlarında beyazsinek (Hemiptera: Aleyrodidae) popülasyonlarındaki endosimbiyont bakterilerin belirlenmesi
Determination of endosymbiont bacteria in whitefly (Hemiptera: Aleyrodidae) populations in greenhouse tomato fields in antalya province
ZÜLAL TAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatIsparta Uygulamalı Bilimler ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERHAN KOÇAK
- Antalya ili örtüaltı domates üretim alanlarında domates güvesi Tuta absoluta (Meyrick) (Lepidoptera: Gelechiidae)'nın parazitoitlerinin belirlenmesi
Determination of parasitoids of Tuta absoluta (Meyrick) (Lepidoptera: Gelechiidae) in greenhouse in Antalya, Turkey
YUSUF YÜKSEKYAYLA
- Thrips tabaci Lindeman ve Frankliniella occidentalis (Pergande) (Thysanoptera: Thripidae)'in Antalya ili sebze seralarındaki bulaşma oranları ve populasyon değişimleri üzerine araştırmalar
Infestation rate and population fluctuation ofThrips tabaci Lindeman and Frankliniella occidentalis (Pergande) (Thysanoptera: Thripidae) at vegetable greenhouses in Antalya province (Turkey)
SALİHA GÖKÇE ÖZOKCU