Domates (Solanum lycopersicum L.) bakteriyel öz nekrozu hastalık etmenleri Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea ve Pseudomonas viridiflava'nın lna probe kullanılarak real-tıme pcr ile tanısı ve hastalıklı bitki dokularından tespiti
Identification and detection by real-time pcr using lna probe of Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea and Pseudomonas viridiflava, casual agents of tomato (Solanum lycopersicum L.) pith necrosis disease
- Tez No: 389660
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN BASIM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 181
Özet
Bu çalışmada domates yetiştiriciliğinde önemli kalite ve ekonomik ürün kayıplarına sebep olan domates öz nekrozu hastalık etmenleri Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea ve Pseudomonas viridiflava'nın LNA (Locked Nucleic Acid) probu kullanılarak Real-Time PCR yöntemi ile hassas ve seçici olarak tanıları ve tespitleri yapılmıştır. Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea ve Pseudomonas viridiflava etmenlerin her birine özel hassas primer ve prob setleri geliştirilmiştir. Geliştirilen primer ve prob setlerinin spesifikliğinin belirlenmesi amacıyla farklı Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea, Pseudomonas viridiflava strainleri ve farklı bitki patojeni bakteriyel izolatlar kullanılmıştır. Farklı bitki patojeni bakterilerin genomlarından hiçbir amplifikasyon tespit edilmemesine rağmen, test edilen tüm yerli ve yabancı Dickeya chrysanthemi strainlerinden 65 bp, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum strainlerinden 63 bp, Pseudomonas cichorii strainlerinden 73 bp, Pseudomonas corrugata strainlerinden 70 bp, Pseudomonas fluorescens strainlerinden 70 bp, Pseudomonas mediterranea strainlerinden 73 bp ve Pseudomonas viridiflava strainlerinden 77 bp'lik amplifikasyonlar elde edilmiştir. Bu çalışmada geliştirilen yöntemin bakteriyel hücre hassasiyet sınırı Dickeya chrysanthemi için 2 hücre, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum için 4 hücre, Pseudomonas cichorii için 4 hücre, Pseudomonas corrugata için 4 hücre, Pseudomonas fluorescens için 5 hücre, Pseudomonas mediterranea için 5 hücre, Pseudomonas viridiflava için 2 hücre olarak tespit edilmiştir. Geliştirilen yöntemin DNA düzeyindeki hasasiyet sınırı ise Dickeya chrysanthemi için 12 pg, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum için 11 pg, Pseudomonas cichorii için 14 pg, Pseudomonas corrugata için 14 pg, Pseudomonas fluorescens için 14 pg, Pseudomonas mediterranea için 13 pg, Pseudomonas viridiflava için 12 pg olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak, Real-Time PCR yöntemini kullanarak her birine özel primer ve prob setleri geliştirilen domates bakteriyel öz nekrozu hastalığına sebep olan 7 farklı bakteriyel patojen; Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea ve Pseudomonas viridiflava'nın hem bakteriyel hücreden hem de hastalıklı bitki dokularından hızlı (17-27 dk) ve hassas bir düzeyde tanı ve tespitlerinin yapılabileceği ortaya çıkarılmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea and Pseudomonas viridiflava, causal agents of tomato pith necrosis disease causing serious economical yield losses on tomato, were sensitively and selectively identified and detected in short time by Real-Time PCR methods using LNA (Locked Nucleic Acid)probes. The sensitivity of primer and probe sets developed for Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea and Pseudomonas viridiflava. Primer and probe sets developed in this study were tested against different Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea and Pseudomonas viridiflava strains, other plant pathogenic bacteria from different genus and species. Although no amplication product was detected from genome of different species of plant pathogenic bacteria, 65 bp-amplification product of Dickeya chrysanthemi, 63 bp-amplification product of the Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, 73 bp-amplification product of Pseudomonas cichorii, 70 bp-amplification product were detected from different strains of Pseudomonas corrugata, 70 bp-amplification product of Pseudomonas fluorescens, 73 bp-amplification product of Pseudomonas mediterranea and 77 bp-amplification product of Pseudomonas viridiflava. In this study, the detection of bacterial pathogen causing pith necrosis by Real- Time PCR was carried out from bacterial cell suspension, genomic DNA and plant material. The detection from cell suspension was carried out with precision limits of 2 cell for Dickeya chrysanthemi, 4 cell for Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, 4 cell for Pseudomonas cichorii, 4 cell for Pseudomonas corrugata, 5 cell for Pseudomonas fluorescens, 5 cell for Pseudomonas mediterranea and 2 cell for Pseudomonas viridiflava. The detection of genomic DNA in pg (picogram) of the bacterial genome was also found to be 12 pg for Dickeya chrysanthemi, 11 pg for Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, 14 pg for Pseudomonas cichorii, 14 pg for Pseudomonas corrugata, 14 pg for Pseudomonas fluorescens and 13 pg for Pseudomonas mediterranea 12 pg for Pseudomonas viridiflava. In conclusion, Real-Time PCR method using primer and probe sets specific for each of 7 different tomato bacterial pith necrosis pathogens including Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea and Pseudomonas viridiflava were sensitive and quick (17-27 min.) for identification of the bacteria from the cells and for detection of the pathogens from the tomato diseased plant tissue.
Benzer Tezler
- Solanum lycopersicum (Domates) bitkisinde β-aminobutyric acid (BABA)'in tohum priming aktivitesinin ve Clavibacter michiganensis ssp. michiganensis (Cmm)'e karşı etkisinin tespit edilmesi
Determination of seed priming activity of β-aminobutyric acid (BABA) and its effect against Clavibacter michiganensis ssp michiganensis (Cmm) in tomato (Solanum lycopersicum L. )
NAZLI ÖZKURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiSiirt ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YASEMİN BEKTAŞ
- Domates bakteriyel benek hastalığı (Pseudomonas syringae pv. tomato)'nın biyolojik mücadelesinde bakteriyofajların kullanım olanakları
Possibilities of using bacteriophages for biological control of tomato bacterial speck disease (Pseudomonas syringae pv. tomato)
AZİZ ÇEMEN
- Türkiye'de ekimi yapılan bazı domates tohumları ile taşınan bakteriyel patojenlerin belirlenmesi ve en yaygın patojenin karakterizasyonu
Determination of seed-borne bacterial pathogens and characterization of the most common pathogen from some tomato seeds cultivated in Turkey
AYŞEGÜL GEDÜK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatSelçuk ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KUBİLAY KURTULUŞ BAŞTAŞ
- Farklı bitki besleme programlarının domates gövde çürüklüğü (Pectobacterium carotovorum) hastalığına etkisi
The effect of different plant nutrition programs on tomato stem rot (Pectobacterium carotovorum) disease
SEMA GAFFAROĞLU
- Domates bakteriyel hastalık etmelerine karşı yeni tip kimyasal formülasyonların antibakteriyel etkinliklerinin belirlenmesi
Determination of antibacterial activities of new type chemical formulations against some tomato disase agents
OKAN DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
ZiraatTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA MİRİK