Geri Dön

Van gölü havzası domates ekiliş alanlarındaki viral hastalıkların RT-PCR yöntemi ile araştırılması

Investigation of the viral diseases using RT-PCR in the tomato growing areas of van lake basin

  1. Tez No: 390584
  2. Yazar: MERYEM ÖZER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. H. MURAT SİPAHİOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: TMV, TSWV, moleküler klonlama, RT-PCR, TMV, TSWV, molecular cloning, RT-PCR
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Yüzüncü Yıl Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 82

Özet

Moleküler teşhis yöntemi kullanılarak 2013 yılında Van Gölü havzası içerisinde belirlenen bölgelerden toplanan domates bitkisi yaprak örneklerine uygulanan RT-PCR ve PCR yöntemleri ile Tütün Mozaik Virüsü (tobaccomosaicvirus, TMV), Domates Lekeli Solgunluk Virüsü (tomatospottedwiltvirus, TSWV) ve Domates Sarı Yaprak Kıvırcıklık Virüsü (tomatoyellowleafcurlvirus, TYLCV)'nün varlığı araştırılmıştır. Van Gölü havzası içerisinde yürütülen surveyçalışmaları sonrasında testlenen 350 domates numunesinin hiçbirinde araştırılan virüslerin varlığına rastlanmamıştır. Çalışma kapsamında virüslerin moleküler yöntemler ile araştırılmasında pozitif kontrol olarak kullanılan TMV ve TSWVizolatlarınınmoleküler klonlamasıyapılmıştır. Bu virüsler için Vector NTI programyardımı ile genom spesifikprimerlerdizayn edilmiştir. Dizayn edilen primerler ile Tag DNA polymeraseenzimikullanılarak gerçekleştirilen RT-PCR çalışmaları sonucunda TMV virüsünün 480bp veTSWV virüsününise777bp büyüklüğündekifragmentleriçoğaltılmıştır. Çoğaltılan DNA fragmentleri ticari pGEM T-EasyVector kiti kullanılarak klonlanmıştır. DNA baz dizileri ile protein motifleri belirlenen DNA fragmentleriTMV için KM407602 ve TSWV KM407603erişim numaraları ile Gen Bankasına kayıtları yapılmıştır. Bilgisayar programı yardımı ile gerçekleştirilen filogenetik analiz çalışmaları sonucunda TMV Vanizolatının dünyadaki diğer izolatlar ile %96-%99 oranında benzerlik gösterdiği TSWV Antalya izolatınınise dünyadaki diğer izolatlar ile %95- %98oranında benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir.

Özet (Çeviri)

Molecular diagnostic methods (RT-PCR and PCR) were applied to the tomato leaf samples collected from Lake Van basin to detect the presence and the incidence of tomato mosaic virus (TMV), tomato spotted wilt virus (TSWV), and tomato yellow leaf curl virus(TYLCV) in the year 2013. At the end of the study none of the tested 350 samples were reacted positive for the investigated viruses. The isolates of tomato mosaic virus (TMV) and tomato spotted wilt virus (TSWV) used as positive virus source were characterized as molecularly. . For those isolates genome specific primers were designed by using Vector NTI software. The parcial genomes of the isolates were amplified by RT-PCR by using Taq DNA polymerase enzyme. The amplified products of 480 bp for TMV and 777 bp for TSWV were cloned using the commercial pGEM T-Easy Vector kit. After sequencing, TMV isolate was deposited as KM407602 and TSWV isolate was deposited as KM407603 in the NCBI database. TMV showed 96-98% similarity to the other world isolates while TSWV Antalya isolate showed 95-98% similarity in the phylogenetic analysis with the help of computer program.

Benzer Tezler

  1. Van Gölü Havzası'nda Tuta absoluta (Meyrick, 1917) (Lepidoptera:Gelechiidae)'nın domates alanlarındaki yayılışı, popülasyon gelişmesi, bulaşıklık ve zarar oranı ile doğal düşmanlarının saptanması

    Distribution, population development, infestation and damage rates, and identification of natural enemies of Tuta absoluta (Meyrick, 1917) (Lepidoptera: Gelechiidae) in tomato fields in the Van Lake Basin

    FUAT ARGIŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    ZiraatVan Yüzüncü Yıl Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. REMZİ ATLIHAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HİLMİ KARA

  2. Van Gölü havzasında domateste görülen fungal etmenler ve patojeniteleri

    Fungal agents and pathogenicity in tomatoes in Van Lake basin

    FATMA OK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    ZiraatVan Yüzüncü Yıl Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. EMRE DEMİRER DURAK

  3. Van Gölü havzası ornitofaunası üzerine araştırmalar

    Başlık çevirisi yok

    ÖZDEMİR ADIZEL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    BiyolojiYüzüncü Yıl Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLHAMİ KİZİROĞLU

  4. Selçuklular zamanında Van Gölü havzası (1018-1243)

    Thehe Van Lake basin in the period of the Seljuqs (1018-1021)

    KEMAL TAŞCI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    TarihAtatürk Üniversitesi

    Tarih Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HASAN GEYİKOĞLU

  5. Investigation of reactions of lake van basin' bean genotypes against some bcmv strains by molecular and classical methods

    Van gölü havzası fasulye genotiplerinin bazı bcmv ırklarına karşı reaksiyonunun moleküler ve klasik yöntemler ile araştırılması

    ABDULRAHMAN SMAIL IBRAHIM IBRAHIM

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    ZiraatVan Yüzüncü Yıl Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SUAT ŞENSOY

    DOÇ. DR. MUSTAFA USTA