Van gölü havzası domates ekiliş alanlarındaki viral hastalıkların RT-PCR yöntemi ile araştırılması
Investigation of the viral diseases using RT-PCR in the tomato growing areas of van lake basin
- Tez No: 390584
- Danışmanlar: PROF. DR. H. MURAT SİPAHİOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: TMV, TSWV, moleküler klonlama, RT-PCR, TMV, TSWV, molecular cloning, RT-PCR
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yüzüncü Yıl Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 82
Özet
Moleküler teşhis yöntemi kullanılarak 2013 yılında Van Gölü havzası içerisinde belirlenen bölgelerden toplanan domates bitkisi yaprak örneklerine uygulanan RT-PCR ve PCR yöntemleri ile Tütün Mozaik Virüsü (tobaccomosaicvirus, TMV), Domates Lekeli Solgunluk Virüsü (tomatospottedwiltvirus, TSWV) ve Domates Sarı Yaprak Kıvırcıklık Virüsü (tomatoyellowleafcurlvirus, TYLCV)'nün varlığı araştırılmıştır. Van Gölü havzası içerisinde yürütülen surveyçalışmaları sonrasında testlenen 350 domates numunesinin hiçbirinde araştırılan virüslerin varlığına rastlanmamıştır. Çalışma kapsamında virüslerin moleküler yöntemler ile araştırılmasında pozitif kontrol olarak kullanılan TMV ve TSWVizolatlarınınmoleküler klonlamasıyapılmıştır. Bu virüsler için Vector NTI programyardımı ile genom spesifikprimerlerdizayn edilmiştir. Dizayn edilen primerler ile Tag DNA polymeraseenzimikullanılarak gerçekleştirilen RT-PCR çalışmaları sonucunda TMV virüsünün 480bp veTSWV virüsününise777bp büyüklüğündekifragmentleriçoğaltılmıştır. Çoğaltılan DNA fragmentleri ticari pGEM T-EasyVector kiti kullanılarak klonlanmıştır. DNA baz dizileri ile protein motifleri belirlenen DNA fragmentleriTMV için KM407602 ve TSWV KM407603erişim numaraları ile Gen Bankasına kayıtları yapılmıştır. Bilgisayar programı yardımı ile gerçekleştirilen filogenetik analiz çalışmaları sonucunda TMV Vanizolatının dünyadaki diğer izolatlar ile %96-%99 oranında benzerlik gösterdiği TSWV Antalya izolatınınise dünyadaki diğer izolatlar ile %95- %98oranında benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Molecular diagnostic methods (RT-PCR and PCR) were applied to the tomato leaf samples collected from Lake Van basin to detect the presence and the incidence of tomato mosaic virus (TMV), tomato spotted wilt virus (TSWV), and tomato yellow leaf curl virus(TYLCV) in the year 2013. At the end of the study none of the tested 350 samples were reacted positive for the investigated viruses. The isolates of tomato mosaic virus (TMV) and tomato spotted wilt virus (TSWV) used as positive virus source were characterized as molecularly. . For those isolates genome specific primers were designed by using Vector NTI software. The parcial genomes of the isolates were amplified by RT-PCR by using Taq DNA polymerase enzyme. The amplified products of 480 bp for TMV and 777 bp for TSWV were cloned using the commercial pGEM T-Easy Vector kit. After sequencing, TMV isolate was deposited as KM407602 and TSWV isolate was deposited as KM407603 in the NCBI database. TMV showed 96-98% similarity to the other world isolates while TSWV Antalya isolate showed 95-98% similarity in the phylogenetic analysis with the help of computer program.
Benzer Tezler
- Van Gölü Havzası'nda Tuta absoluta (Meyrick, 1917) (Lepidoptera:Gelechiidae)'nın domates alanlarındaki yayılışı, popülasyon gelişmesi, bulaşıklık ve zarar oranı ile doğal düşmanlarının saptanması
Distribution, population development, infestation and damage rates, and identification of natural enemies of Tuta absoluta (Meyrick, 1917) (Lepidoptera: Gelechiidae) in tomato fields in the Van Lake Basin
FUAT ARGIŞ
Doktora
Türkçe
2023
ZiraatVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. REMZİ ATLIHAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ HİLMİ KARA
- Van Gölü havzasında domateste görülen fungal etmenler ve patojeniteleri
Fungal agents and pathogenicity in tomatoes in Van Lake basin
FATMA OK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
ZiraatVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. EMRE DEMİRER DURAK
- Selçuklular zamanında Van Gölü havzası (1018-1243)
Thehe Van Lake basin in the period of the Seljuqs (1018-1021)
KEMAL TAŞCI
- Investigation of reactions of lake van basin' bean genotypes against some bcmv strains by molecular and classical methods
Van gölü havzası fasulye genotiplerinin bazı bcmv ırklarına karşı reaksiyonunun moleküler ve klasik yöntemler ile araştırılması
ABDULRAHMAN SMAIL IBRAHIM IBRAHIM
Doktora
İngilizce
2021
ZiraatVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SUAT ŞENSOY
DOÇ. DR. MUSTAFA USTA